# TARGET T0480 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_sep-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 20 (1 n_sep ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0480.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 11.8323 # Pos AA G H I J K L M N P Q R S T U V W A B C D 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.188 0.096 0.017 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.062 0.028 0.103 0.496 2 Q 0.047 0.063 0.007 0.001 0.003 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.111 0.014 0.129 0.617 3 K 0.043 0.067 0.012 0.002 0.008 0.006 0.005 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.112 0.009 0.090 0.641 4 R 0.069 0.141 0.005 0.001 0.003 0.007 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.423 0.018 0.056 0.262 5 E 0.050 0.093 0.003 0.001 0.003 0.004 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.478 0.012 0.070 0.267 6 L 0.037 0.091 0.012 0.001 0.003 0.002 0.005 0.006 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.016 0.043 0.027 0.355 0.012 0.043 0.341 7 Y 0.020 0.058 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 0.004 0.076 0.333 0.055 0.018 0.321 0.008 0.018 0.076 8 E 0.006 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.030 0.002 0.595 0.257 0.024 0.003 0.019 0.002 0.005 0.042 9 I 0.007 0.030 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.462 0.020 0.002 0.012 0.003 0.002 0.001 0.268 0.006 0.011 0.154 10 A 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.953 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.004 0.013 11 D 0.009 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.035 0.010 0.071 0.846 12 G 0.102 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.045 0.203 0.070 0.572 13 K 0.767 0.001 0.045 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.028 0.095 0.051 14 L 0.002 0.008 0.006 0.009 0.022 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.193 0.002 0.086 0.668 15 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.773 0.178 0.025 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.001 0.004 0.003 16 R 0.004 0.006 0.001 0.001 0.010 0.264 0.177 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.004 0.130 0.001 0.026 0.353 17 K 0.007 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.007 0.689 0.002 0.057 0.207 18 H 0.031 0.033 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.001 0.003 0.005 0.008 0.018 0.007 0.006 0.404 0.008 0.091 0.377 19 R 0.067 0.023 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.011 0.018 0.008 0.003 0.301 0.012 0.066 0.482 20 F 0.063 0.040 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.002 0.001 0.003 0.003 0.003 0.004 0.365 0.019 0.072 0.413 21 C 0.135 0.055 0.005 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.015 0.012 0.003 0.006 0.003 0.007 0.009 0.009 0.149 0.022 0.057 0.504 22 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.989 23 R 0.013 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.026 0.005 0.060 0.880 24 C 0.298 0.016 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.053 0.023 0.034 0.555 25 G 0.040 0.010 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.031 0.003 0.091 0.809 26 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.004 0.991 27 G 0.044 0.007 0.001 0.001 0.002 0.024 0.003 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.288 0.012 0.163 0.450 28 V 0.434 0.025 0.004 0.001 0.002 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.180 0.015 0.073 0.258 29 F 0.010 0.050 0.002 0.001 0.013 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.768 0.002 0.025 0.116 30 L 0.011 0.066 0.002 0.001 0.012 0.032 0.007 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.005 0.007 0.005 0.006 0.632 0.006 0.043 0.151 31 A 0.010 0.060 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.006 0.002 0.003 0.800 0.003 0.022 0.080 32 E 0.015 0.090 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.004 0.001 0.004 0.002 0.002 0.002 0.545 0.013 0.094 0.223 33 H 0.125 0.149 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.007 0.004 0.001 0.003 0.002 0.002 0.002 0.252 0.046 0.080 0.302 34 A 0.063 0.119 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.137 0.018 0.114 0.533 35 D 0.056 0.082 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.055 0.039 0.112 0.641 36 R 0.339 0.084 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.077 0.065 0.058 0.351 37 Y 0.173 0.153 0.017 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.003 0.003 0.002 0.002 0.134 0.028 0.139 0.332 38 S 0.074 0.112 0.019 0.004 0.010 0.003 0.005 0.003 0.006 0.002 0.001 0.002 0.002 0.003 0.004 0.002 0.202 0.034 0.102 0.408 39 C 0.068 0.093 0.010 0.003 0.003 0.007 0.007 0.003 0.009 0.002 0.004 0.002 0.003 0.003 0.002 0.002 0.155 0.030 0.093 0.499 40 G 0.075 0.032 0.015 0.002 0.001 0.001 0.003 0.002 0.003 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.135 0.025 0.127 0.567 41 R 0.033 0.018 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.116 0.008 0.138 0.666 42 C 0.033 0.027 0.006 0.002 0.002 0.001 0.002 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.257 0.012 0.094 0.554 43 G 0.065 0.029 0.004 0.001 0.003 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.244 0.020 0.121 0.502 44 Y 0.062 0.032 0.013 0.001 0.005 0.003 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.165 0.012 0.166 0.531 45 T 0.046 0.054 0.004 0.001 0.002 0.002 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.339 0.014 0.106 0.418 46 E 0.039 0.098 0.006 0.001 0.003 0.003 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.002 0.271 0.009 0.081 0.475 47 F 0.040 0.218 0.006 0.001 0.004 0.002 0.003 0.002 0.003 0.001 0.002 0.001 0.004 0.005 0.004 0.004 0.272 0.014 0.096 0.317 48 K 0.076 0.368 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.001 0.002 0.259 0.014 0.062 0.199 49 K 0.052 0.447 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.083 0.017 0.041 0.341 50 A 0.089 0.408 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.085 0.035 0.035 0.333 51 K 0.105 0.333 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.048 0.037 0.063 0.399 52 K 0.136 0.183 0.024 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.035 0.042 0.083 0.489 53 S 0.149 0.240 0.015 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.056 0.035 0.058 0.437 54 K 0.187 0.149 0.014 0.002 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.060 0.036 0.053 0.488 55 S 0.086 0.111 0.016 0.002 0.002 0.002 0.003 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.066 0.023 0.102 0.576