# TARGET T0480 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0480.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 11.8323 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.074 0.016 0.030 0.034 0.058 0.085 0.010 0.694 2 Q 0.057 0.014 0.026 0.082 0.091 0.132 0.012 0.587 3 K 0.041 0.009 0.022 0.039 0.079 0.074 0.007 0.728 4 R 0.090 0.021 0.049 0.178 0.258 0.155 0.008 0.239 5 E 0.067 0.015 0.048 0.327 0.303 0.083 0.009 0.147 6 L 0.040 0.009 0.034 0.196 0.429 0.046 0.003 0.244 7 Y 0.008 0.003 0.051 0.532 0.376 0.009 0.001 0.020 8 E 0.006 0.004 0.016 0.308 0.316 0.016 0.002 0.333 9 I 0.003 0.002 0.046 0.307 0.584 0.009 0.002 0.047 10 A 0.004 0.003 0.018 0.113 0.191 0.056 0.003 0.611 11 D 0.009 0.002 0.009 0.028 0.049 0.070 0.015 0.821 12 G 0.237 0.009 0.026 0.070 0.025 0.087 0.092 0.453 13 K 0.687 0.001 0.009 0.008 0.028 0.223 0.003 0.041 14 L 0.009 0.001 0.012 0.157 0.120 0.041 0.001 0.659 15 V 0.005 0.002 0.020 0.268 0.621 0.022 0.001 0.061 16 R 0.007 0.004 0.017 0.225 0.333 0.031 0.001 0.381 17 K 0.009 0.016 0.018 0.171 0.497 0.047 0.002 0.240 18 H 0.048 0.037 0.018 0.136 0.328 0.120 0.009 0.305 19 R 0.122 0.072 0.036 0.110 0.136 0.126 0.024 0.373 20 F 0.102 0.048 0.027 0.035 0.068 0.095 0.026 0.601 21 C 0.161 0.076 0.052 0.080 0.121 0.081 0.014 0.414 22 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.995 23 R 0.022 0.017 0.013 0.019 0.053 0.195 0.011 0.671 24 C 0.377 0.019 0.012 0.006 0.007 0.050 0.037 0.493 25 G 0.199 0.048 0.049 0.021 0.019 0.121 0.014 0.530 26 P 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.005 0.001 0.992 27 G 0.053 0.024 0.059 0.034 0.071 0.185 0.007 0.566 28 V 0.214 0.092 0.151 0.056 0.087 0.072 0.007 0.322 29 F 0.028 0.204 0.140 0.126 0.192 0.070 0.007 0.233 30 L 0.066 0.253 0.079 0.067 0.284 0.053 0.005 0.192 31 A 0.045 0.491 0.048 0.088 0.125 0.041 0.012 0.150 32 E 0.201 0.339 0.029 0.042 0.059 0.086 0.057 0.187 33 H 0.469 0.205 0.033 0.027 0.032 0.022 0.062 0.149 34 A 0.163 0.203 0.090 0.033 0.057 0.078 0.033 0.343 35 D 0.089 0.117 0.045 0.039 0.058 0.081 0.044 0.527 36 R 0.172 0.086 0.052 0.020 0.034 0.072 0.031 0.533 37 Y 0.098 0.135 0.097 0.038 0.048 0.209 0.025 0.350 38 S 0.082 0.094 0.108 0.045 0.052 0.231 0.029 0.358 39 C 0.076 0.123 0.089 0.056 0.057 0.067 0.017 0.517 40 G 0.071 0.081 0.141 0.081 0.080 0.087 0.032 0.427 41 R 0.070 0.024 0.098 0.036 0.051 0.124 0.012 0.584 42 C 0.020 0.023 0.050 0.057 0.075 0.078 0.007 0.690 43 G 0.071 0.025 0.068 0.100 0.158 0.134 0.012 0.432 44 Y 0.047 0.027 0.109 0.083 0.105 0.096 0.008 0.524 45 T 0.037 0.036 0.070 0.147 0.185 0.116 0.006 0.405 46 E 0.031 0.035 0.032 0.070 0.146 0.083 0.003 0.599 47 F 0.029 0.136 0.047 0.127 0.243 0.113 0.005 0.298 48 K 0.055 0.256 0.037 0.090 0.157 0.103 0.011 0.291 49 K 0.058 0.388 0.019 0.045 0.084 0.057 0.014 0.335 50 A 0.100 0.330 0.018 0.020 0.051 0.074 0.020 0.387 51 K 0.122 0.294 0.009 0.014 0.021 0.069 0.030 0.442 52 K 0.196 0.253 0.015 0.011 0.017 0.086 0.040 0.382 53 S 0.210 0.290 0.019 0.014 0.018 0.082 0.035 0.332 54 K 0.175 0.164 0.026 0.012 0.020 0.056 0.025 0.521 55 S 0.064 0.106 0.024 0.017 0.023 0.103 0.016 0.648