# TARGET T0480 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0480.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 11.8323 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.235 0.171 0.241 0.171 0.048 0.039 0.056 0.008 0.026 0.003 0.001 2 Q 0.171 0.293 0.319 0.087 0.049 0.037 0.022 0.002 0.018 0.002 0.001 3 K 0.100 0.366 0.397 0.046 0.030 0.028 0.006 0.001 0.025 0.001 0.001 4 R 0.069 0.483 0.247 0.045 0.111 0.020 0.006 0.001 0.017 0.001 0.001 5 E 0.026 0.674 0.140 0.026 0.105 0.016 0.004 0.001 0.009 0.001 0.001 6 L 0.012 0.786 0.136 0.009 0.032 0.011 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 7 Y 0.005 0.836 0.059 0.003 0.080 0.006 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 8 E 0.011 0.702 0.182 0.006 0.041 0.044 0.002 0.001 0.013 0.001 0.001 9 I 0.025 0.611 0.279 0.009 0.026 0.029 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 10 A 0.327 0.255 0.155 0.101 0.065 0.044 0.017 0.006 0.020 0.009 0.002 11 D 0.016 0.024 0.031 0.523 0.017 0.012 0.355 0.008 0.012 0.002 0.001 12 G 0.005 0.004 0.010 0.004 0.028 0.002 0.109 0.769 0.002 0.067 0.001 13 K 0.058 0.380 0.460 0.029 0.028 0.024 0.006 0.001 0.013 0.001 0.001 14 L 0.028 0.334 0.559 0.016 0.012 0.032 0.001 0.001 0.015 0.001 0.002 15 V 0.082 0.518 0.275 0.016 0.054 0.034 0.003 0.001 0.017 0.001 0.001 16 R 0.140 0.396 0.251 0.032 0.080 0.056 0.005 0.001 0.037 0.001 0.002 17 K 0.280 0.283 0.244 0.080 0.043 0.034 0.011 0.002 0.020 0.002 0.002 18 H 0.188 0.244 0.211 0.147 0.069 0.039 0.047 0.014 0.035 0.005 0.001 19 R 0.237 0.272 0.260 0.076 0.059 0.039 0.025 0.005 0.021 0.004 0.002 20 F 0.172 0.275 0.233 0.147 0.039 0.079 0.013 0.003 0.034 0.003 0.002 21 C 0.018 0.167 0.471 0.004 0.042 0.029 0.005 0.001 0.259 0.003 0.001 22 P 0.370 0.002 0.537 0.013 0.001 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 0.064 23 R 0.385 0.076 0.185 0.234 0.023 0.023 0.030 0.019 0.018 0.005 0.001 24 C 0.130 0.051 0.236 0.460 0.025 0.028 0.034 0.010 0.017 0.007 0.001 25 G 0.042 0.061 0.254 0.010 0.165 0.007 0.037 0.027 0.024 0.373 0.001 26 P 0.319 0.007 0.590 0.039 0.005 0.010 0.002 0.001 0.001 0.001 0.024 27 G 0.193 0.065 0.172 0.036 0.160 0.016 0.051 0.217 0.011 0.079 0.001 28 V 0.268 0.372 0.247 0.025 0.033 0.033 0.002 0.001 0.019 0.001 0.001 29 F 0.178 0.518 0.160 0.027 0.035 0.059 0.002 0.001 0.020 0.001 0.001 30 L 0.335 0.338 0.141 0.069 0.038 0.056 0.003 0.001 0.018 0.001 0.001 31 A 0.457 0.215 0.143 0.044 0.054 0.036 0.007 0.001 0.039 0.002 0.001 32 E 0.578 0.094 0.132 0.120 0.024 0.028 0.012 0.002 0.008 0.001 0.001 33 H 0.277 0.149 0.188 0.175 0.064 0.044 0.049 0.009 0.039 0.006 0.001 34 A 0.604 0.050 0.180 0.080 0.023 0.018 0.023 0.007 0.010 0.005 0.001 35 D 0.393 0.063 0.142 0.229 0.027 0.042 0.072 0.010 0.020 0.002 0.001 36 R 0.422 0.142 0.141 0.172 0.039 0.038 0.023 0.008 0.011 0.003 0.001 37 Y 0.360 0.257 0.200 0.105 0.026 0.026 0.007 0.001 0.018 0.001 0.001 38 S 0.274 0.229 0.144 0.167 0.101 0.034 0.023 0.004 0.020 0.006 0.001 39 C 0.104 0.241 0.175 0.230 0.128 0.026 0.063 0.004 0.023 0.006 0.001 40 G 0.049 0.031 0.112 0.017 0.148 0.015 0.067 0.225 0.008 0.326 0.001 41 R 0.161 0.326 0.310 0.057 0.076 0.037 0.008 0.002 0.019 0.004 0.001 42 C 0.145 0.172 0.370 0.155 0.056 0.043 0.027 0.002 0.021 0.005 0.003 43 G 0.148 0.051 0.114 0.050 0.226 0.022 0.080 0.197 0.008 0.104 0.001 44 Y 0.214 0.309 0.215 0.104 0.077 0.040 0.014 0.002 0.023 0.002 0.001 45 T 0.145 0.523 0.164 0.037 0.086 0.025 0.005 0.001 0.014 0.001 0.001 46 E 0.286 0.359 0.173 0.038 0.061 0.058 0.006 0.001 0.016 0.001 0.001 47 F 0.279 0.331 0.198 0.056 0.041 0.057 0.005 0.001 0.031 0.001 0.001 48 K 0.392 0.284 0.142 0.068 0.043 0.039 0.006 0.001 0.024 0.001 0.001 49 K 0.384 0.120 0.198 0.115 0.048 0.062 0.033 0.005 0.030 0.003 0.001 50 A 0.495 0.095 0.155 0.138 0.037 0.029 0.024 0.006 0.016 0.004 0.001 51 K 0.462 0.074 0.166 0.182 0.025 0.031 0.033 0.006 0.017 0.003 0.001 52 K 0.357 0.125 0.182 0.193 0.039 0.028 0.042 0.009 0.017 0.005 0.001 53 S 0.291 0.158 0.247 0.154 0.050 0.036 0.034 0.007 0.018 0.005 0.001 54 K 0.279 0.170 0.288 0.134 0.042 0.035 0.023 0.005 0.019 0.005 0.001 55 S 0.231 0.191 0.293 0.117 0.057 0.037 0.032 0.007 0.025 0.008 0.001