# TARGET T0480 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0480.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 11.8323 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.137 0.124 0.051 0.023 0.190 0.025 0.030 0.196 0.102 0.079 0.043 2 Q 0.108 0.166 0.070 0.016 0.260 0.025 0.039 0.183 0.059 0.045 0.029 3 K 0.204 0.094 0.023 0.009 0.207 0.014 0.046 0.214 0.083 0.052 0.054 4 R 0.149 0.190 0.048 0.014 0.253 0.027 0.035 0.131 0.068 0.040 0.044 5 E 0.156 0.123 0.021 0.011 0.380 0.029 0.086 0.107 0.038 0.027 0.021 6 L 0.428 0.047 0.007 0.004 0.362 0.003 0.007 0.027 0.017 0.014 0.085 7 Y 0.107 0.258 0.068 0.008 0.476 0.012 0.013 0.017 0.007 0.011 0.022 8 E 0.180 0.152 0.010 0.002 0.613 0.002 0.004 0.005 0.001 0.004 0.026 9 I 0.222 0.156 0.159 0.060 0.106 0.021 0.019 0.055 0.041 0.034 0.126 10 A 0.004 0.003 0.013 0.057 0.004 0.170 0.442 0.237 0.058 0.007 0.004 11 D 0.018 0.285 0.130 0.281 0.034 0.046 0.070 0.032 0.032 0.061 0.011 12 G 0.010 0.009 0.020 0.098 0.008 0.023 0.004 0.013 0.017 0.619 0.180 13 K 0.024 0.573 0.121 0.004 0.228 0.002 0.009 0.010 0.008 0.013 0.009 14 L 0.453 0.077 0.007 0.002 0.403 0.003 0.003 0.006 0.007 0.004 0.036 15 V 0.124 0.235 0.064 0.049 0.314 0.051 0.039 0.047 0.021 0.015 0.041 16 R 0.292 0.136 0.052 0.009 0.355 0.009 0.012 0.046 0.017 0.022 0.050 17 K 0.115 0.186 0.075 0.023 0.200 0.028 0.041 0.127 0.087 0.072 0.047 18 H 0.133 0.195 0.091 0.017 0.332 0.013 0.019 0.061 0.045 0.053 0.042 19 R 0.082 0.136 0.044 0.014 0.173 0.017 0.055 0.254 0.140 0.060 0.026 20 F 0.097 0.126 0.047 0.020 0.146 0.029 0.060 0.149 0.104 0.163 0.060 21 C 0.155 0.211 0.094 0.016 0.354 0.013 0.016 0.051 0.033 0.029 0.029 22 P 0.054 0.103 0.050 0.021 0.078 0.047 0.099 0.254 0.172 0.086 0.036 23 R 0.118 0.137 0.103 0.039 0.168 0.029 0.089 0.089 0.046 0.140 0.043 24 C 0.081 0.195 0.159 0.099 0.134 0.051 0.038 0.036 0.029 0.122 0.056 25 G 0.047 0.090 0.210 0.283 0.062 0.083 0.051 0.057 0.038 0.053 0.026 26 P 0.032 0.040 0.028 0.079 0.037 0.045 0.071 0.218 0.208 0.195 0.046 27 G 0.051 0.157 0.088 0.064 0.097 0.038 0.041 0.157 0.085 0.178 0.044 28 V 0.213 0.130 0.020 0.005 0.438 0.006 0.012 0.077 0.028 0.028 0.043 29 F 0.214 0.158 0.021 0.004 0.436 0.011 0.015 0.068 0.024 0.015 0.034 30 L 0.266 0.099 0.017 0.009 0.300 0.018 0.020 0.102 0.039 0.036 0.095 31 A 0.134 0.102 0.041 0.019 0.217 0.027 0.036 0.237 0.089 0.053 0.044 32 E 0.077 0.100 0.042 0.020 0.112 0.034 0.113 0.295 0.090 0.086 0.030 33 H 0.103 0.081 0.048 0.026 0.140 0.018 0.033 0.221 0.110 0.163 0.057 34 A 0.041 0.118 0.051 0.043 0.074 0.044 0.063 0.306 0.171 0.065 0.023 35 D 0.054 0.111 0.080 0.037 0.090 0.036 0.060 0.187 0.099 0.191 0.056 36 R 0.105 0.154 0.047 0.011 0.206 0.013 0.031 0.159 0.101 0.126 0.048 37 Y 0.093 0.125 0.061 0.012 0.159 0.022 0.049 0.230 0.116 0.090 0.045 38 S 0.113 0.123 0.081 0.032 0.150 0.049 0.097 0.166 0.065 0.079 0.045 39 C 0.071 0.221 0.100 0.107 0.121 0.058 0.075 0.081 0.052 0.076 0.039 40 G 0.038 0.066 0.126 0.199 0.045 0.062 0.041 0.090 0.059 0.212 0.063 41 R 0.095 0.157 0.100 0.043 0.176 0.019 0.038 0.124 0.069 0.115 0.064 42 C 0.089 0.232 0.105 0.047 0.175 0.052 0.037 0.069 0.058 0.082 0.055 43 G 0.084 0.151 0.105 0.087 0.134 0.055 0.054 0.101 0.061 0.116 0.054 44 Y 0.193 0.122 0.039 0.017 0.233 0.010 0.014 0.123 0.085 0.087 0.077 45 T 0.094 0.188 0.065 0.012 0.239 0.026 0.027 0.196 0.090 0.033 0.028 46 E 0.130 0.120 0.032 0.007 0.235 0.011 0.034 0.262 0.089 0.043 0.038 47 F 0.132 0.085 0.027 0.014 0.166 0.016 0.036 0.273 0.115 0.081 0.056 48 K 0.057 0.169 0.076 0.028 0.136 0.039 0.062 0.266 0.088 0.053 0.026 49 K 0.069 0.132 0.090 0.024 0.123 0.020 0.050 0.237 0.105 0.109 0.040 50 A 0.052 0.174 0.091 0.018 0.123 0.018 0.045 0.263 0.122 0.070 0.025 51 K 0.050 0.127 0.056 0.018 0.092 0.023 0.061 0.298 0.151 0.088 0.035 52 K 0.059 0.100 0.047 0.020 0.096 0.023 0.059 0.273 0.135 0.136 0.052 53 S 0.080 0.181 0.069 0.017 0.165 0.017 0.041 0.197 0.087 0.100 0.045 54 K 0.092 0.143 0.072 0.020 0.152 0.026 0.044 0.172 0.090 0.129 0.059 55 S 0.097 0.246 0.110 0.020 0.222 0.020 0.034 0.113 0.052 0.053 0.034