# TARGET T0480 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0480.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 11.8323 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.499 0.216 0.144 0.097 0.037 0.006 0.001 2 Q 0.595 0.291 0.080 0.024 0.009 0.001 0.001 3 K 0.322 0.303 0.211 0.122 0.033 0.007 0.001 4 R 0.145 0.202 0.335 0.218 0.085 0.015 0.001 5 E 0.288 0.444 0.153 0.087 0.024 0.004 0.001 6 L 0.043 0.117 0.274 0.325 0.184 0.056 0.001 7 Y 0.032 0.072 0.180 0.271 0.318 0.125 0.002 8 E 0.270 0.543 0.153 0.028 0.006 0.001 0.001 9 I 0.062 0.119 0.257 0.423 0.128 0.011 0.001 10 A 0.640 0.314 0.035 0.007 0.003 0.001 0.001 11 D 0.754 0.225 0.016 0.004 0.001 0.001 0.001 12 G 0.627 0.303 0.056 0.013 0.002 0.001 0.001 13 K 0.236 0.439 0.240 0.075 0.008 0.001 0.001 14 L 0.075 0.076 0.189 0.318 0.289 0.050 0.002 15 V 0.201 0.339 0.273 0.136 0.044 0.007 0.001 16 R 0.217 0.300 0.244 0.155 0.067 0.017 0.001 17 K 0.186 0.261 0.251 0.186 0.095 0.019 0.001 18 H 0.179 0.215 0.224 0.220 0.130 0.030 0.002 19 R 0.425 0.314 0.160 0.064 0.029 0.008 0.001 20 F 0.326 0.267 0.197 0.140 0.053 0.016 0.001 21 C 0.214 0.169 0.201 0.202 0.156 0.053 0.004 22 P 0.415 0.262 0.162 0.102 0.046 0.012 0.001 23 R 0.557 0.291 0.092 0.039 0.016 0.005 0.001 24 C 0.290 0.208 0.184 0.178 0.101 0.035 0.004 25 G 0.367 0.251 0.179 0.121 0.057 0.021 0.003 26 P 0.364 0.286 0.194 0.102 0.034 0.017 0.004 27 G 0.129 0.135 0.178 0.224 0.193 0.114 0.027 28 V 0.039 0.046 0.067 0.122 0.243 0.354 0.129 29 F 0.018 0.028 0.042 0.081 0.166 0.385 0.280 30 L 0.016 0.029 0.049 0.093 0.155 0.329 0.328 31 A 0.021 0.038 0.067 0.130 0.234 0.318 0.192 32 E 0.073 0.163 0.217 0.233 0.164 0.113 0.038 33 H 0.053 0.086 0.140 0.211 0.242 0.219 0.049 34 A 0.197 0.225 0.231 0.187 0.099 0.052 0.011 35 D 0.365 0.268 0.142 0.106 0.071 0.041 0.007 36 R 0.218 0.202 0.184 0.187 0.122 0.072 0.016 37 Y 0.230 0.153 0.155 0.178 0.159 0.103 0.021 38 S 0.320 0.251 0.164 0.124 0.079 0.049 0.013 39 C 0.229 0.146 0.141 0.164 0.158 0.121 0.041 40 G 0.264 0.208 0.141 0.135 0.128 0.093 0.030 41 R 0.195 0.175 0.164 0.175 0.144 0.107 0.041 42 C 0.194 0.130 0.134 0.162 0.174 0.148 0.057 43 G 0.225 0.206 0.161 0.161 0.128 0.090 0.029 44 Y 0.167 0.127 0.141 0.181 0.197 0.151 0.036 45 T 0.225 0.240 0.190 0.158 0.118 0.061 0.008 46 E 0.208 0.224 0.210 0.182 0.120 0.052 0.004 47 F 0.170 0.169 0.245 0.228 0.141 0.045 0.002 48 K 0.457 0.280 0.167 0.072 0.021 0.003 0.001 49 K 0.712 0.208 0.057 0.019 0.004 0.001 0.001 50 A 0.722 0.189 0.062 0.022 0.004 0.001 0.001 51 K 0.826 0.147 0.021 0.005 0.001 0.001 0.001 52 K 0.849 0.137 0.012 0.002 0.001 0.001 0.001 53 S 0.798 0.162 0.031 0.007 0.001 0.001 0.001 54 K 0.796 0.157 0.037 0.009 0.002 0.001 0.001 55 S 0.801 0.159 0.031 0.007 0.002 0.001 0.001