# TARGET T0480 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB8-sep9-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 14 (1 CB8-sep9 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0480.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 11.8323 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.284 0.137 0.139 0.124 0.111 0.081 0.056 0.032 0.017 0.011 0.005 0.002 0.001 0.001 2 Q 0.258 0.160 0.147 0.136 0.121 0.079 0.046 0.027 0.013 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 3 K 0.138 0.103 0.113 0.161 0.179 0.108 0.076 0.054 0.035 0.021 0.008 0.003 0.001 0.001 4 R 0.188 0.112 0.121 0.131 0.125 0.118 0.078 0.059 0.032 0.021 0.011 0.004 0.002 0.001 5 E 0.265 0.169 0.128 0.145 0.118 0.066 0.041 0.031 0.017 0.009 0.007 0.002 0.001 0.001 6 L 0.039 0.037 0.065 0.115 0.152 0.165 0.148 0.127 0.081 0.043 0.017 0.007 0.003 0.001 7 Y 0.075 0.059 0.079 0.141 0.176 0.183 0.109 0.090 0.041 0.027 0.012 0.005 0.002 0.001 8 E 0.317 0.226 0.175 0.131 0.071 0.034 0.022 0.011 0.008 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 9 I 0.113 0.072 0.091 0.192 0.177 0.172 0.084 0.041 0.035 0.016 0.006 0.001 0.001 0.001 10 A 0.444 0.287 0.136 0.072 0.034 0.014 0.007 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 11 D 0.535 0.264 0.124 0.044 0.018 0.007 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 12 G 0.610 0.234 0.093 0.032 0.017 0.009 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 13 K 0.297 0.173 0.191 0.120 0.123 0.050 0.026 0.011 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 14 L 0.099 0.053 0.065 0.117 0.206 0.180 0.132 0.088 0.033 0.019 0.005 0.002 0.001 0.001 15 V 0.274 0.158 0.140 0.152 0.134 0.064 0.036 0.022 0.010 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 16 R 0.365 0.130 0.127 0.124 0.103 0.057 0.040 0.025 0.014 0.011 0.004 0.002 0.001 0.001 17 K 0.193 0.102 0.132 0.159 0.175 0.110 0.056 0.030 0.022 0.014 0.004 0.002 0.001 0.001 18 H 0.374 0.122 0.138 0.121 0.101 0.061 0.034 0.024 0.012 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 19 R 0.402 0.150 0.109 0.125 0.100 0.050 0.026 0.018 0.010 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 20 F 0.218 0.119 0.112 0.161 0.158 0.102 0.052 0.037 0.022 0.013 0.004 0.001 0.001 0.001 21 C 0.155 0.104 0.132 0.180 0.167 0.108 0.064 0.047 0.024 0.013 0.005 0.002 0.001 0.001 22 P 0.312 0.135 0.115 0.136 0.101 0.079 0.051 0.033 0.018 0.010 0.005 0.002 0.001 0.001 23 R 0.186 0.151 0.136 0.154 0.132 0.096 0.057 0.039 0.025 0.012 0.008 0.003 0.001 0.001 24 C 0.088 0.066 0.078 0.117 0.132 0.153 0.129 0.108 0.055 0.037 0.022 0.010 0.004 0.002 25 G 0.114 0.108 0.113 0.125 0.127 0.127 0.105 0.076 0.045 0.025 0.021 0.008 0.004 0.002 26 P 0.049 0.050 0.065 0.098 0.124 0.143 0.133 0.103 0.093 0.058 0.044 0.023 0.011 0.006 27 G 0.019 0.019 0.033 0.055 0.090 0.113 0.149 0.127 0.136 0.098 0.080 0.046 0.022 0.014 28 V 0.014 0.013 0.020 0.033 0.055 0.086 0.116 0.141 0.141 0.122 0.122 0.064 0.045 0.029 29 F 0.015 0.007 0.012 0.023 0.034 0.059 0.081 0.077 0.116 0.141 0.154 0.134 0.080 0.068 30 L 0.014 0.008 0.013 0.026 0.051 0.066 0.096 0.115 0.152 0.139 0.120 0.096 0.064 0.041 31 A 0.033 0.015 0.015 0.032 0.041 0.074 0.092 0.105 0.113 0.125 0.149 0.106 0.077 0.023 32 E 0.066 0.086 0.098 0.181 0.150 0.109 0.132 0.069 0.050 0.024 0.020 0.009 0.003 0.003 33 H 0.052 0.046 0.056 0.097 0.122 0.175 0.147 0.111 0.091 0.053 0.033 0.010 0.003 0.001 34 A 0.135 0.125 0.159 0.145 0.152 0.119 0.071 0.049 0.027 0.011 0.005 0.002 0.001 0.001 35 D 0.244 0.179 0.138 0.138 0.126 0.066 0.040 0.036 0.018 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 36 R 0.166 0.137 0.155 0.147 0.151 0.103 0.061 0.040 0.022 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 37 Y 0.161 0.092 0.103 0.122 0.138 0.116 0.102 0.083 0.043 0.024 0.011 0.004 0.002 0.001 38 S 0.173 0.094 0.094 0.122 0.136 0.124 0.092 0.065 0.044 0.026 0.017 0.007 0.003 0.002 39 C 0.166 0.081 0.088 0.114 0.138 0.124 0.090 0.057 0.057 0.034 0.026 0.016 0.006 0.003 40 G 0.219 0.084 0.078 0.100 0.090 0.096 0.094 0.068 0.058 0.046 0.038 0.019 0.009 0.003 41 R 0.203 0.136 0.120 0.115 0.111 0.093 0.079 0.048 0.039 0.020 0.023 0.008 0.003 0.002 42 C 0.084 0.046 0.058 0.085 0.108 0.135 0.122 0.092 0.085 0.074 0.062 0.029 0.014 0.005 43 G 0.128 0.089 0.098 0.128 0.136 0.116 0.112 0.069 0.056 0.029 0.023 0.012 0.004 0.003 44 Y 0.064 0.050 0.061 0.092 0.122 0.134 0.121 0.119 0.092 0.071 0.046 0.017 0.008 0.003 45 T 0.153 0.099 0.092 0.127 0.127 0.120 0.096 0.071 0.048 0.030 0.021 0.009 0.004 0.002 46 E 0.161 0.134 0.151 0.155 0.137 0.086 0.075 0.045 0.028 0.014 0.010 0.004 0.001 0.001 47 F 0.106 0.061 0.085 0.126 0.157 0.155 0.119 0.088 0.052 0.030 0.013 0.004 0.001 0.001 48 K 0.293 0.177 0.175 0.149 0.104 0.050 0.026 0.013 0.008 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 49 K 0.567 0.158 0.101 0.080 0.052 0.020 0.010 0.006 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 50 A 0.468 0.184 0.117 0.116 0.070 0.025 0.010 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 51 K 0.647 0.162 0.088 0.056 0.027 0.011 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 52 K 0.646 0.152 0.095 0.056 0.032 0.011 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 53 S 0.610 0.135 0.094 0.073 0.051 0.021 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 54 K 0.522 0.163 0.113 0.091 0.064 0.025 0.011 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 55 S 0.504 0.154 0.114 0.090 0.066 0.036 0.019 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001