# TARGET T0480 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str4-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 21 (1 str4 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0480.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 11.353 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M P Q R S T U V W 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.016 0.021 0.069 0.054 0.210 0.003 0.114 0.026 0.004 0.002 0.002 0.002 0.004 0.002 0.039 0.034 0.133 0.068 0.092 0.103 0.001 2 Q 0.029 0.033 0.167 0.106 0.141 0.003 0.049 0.030 0.002 0.001 0.002 0.002 0.005 0.003 0.048 0.023 0.064 0.041 0.074 0.174 0.002 3 K 0.035 0.064 0.038 0.068 0.418 0.002 0.037 0.014 0.003 0.002 0.003 0.004 0.009 0.008 0.035 0.051 0.078 0.043 0.038 0.046 0.006 4 R 0.122 0.161 0.118 0.092 0.152 0.002 0.055 0.026 0.002 0.001 0.010 0.009 0.020 0.015 0.076 0.046 0.024 0.012 0.022 0.030 0.007 5 E 0.173 0.231 0.122 0.170 0.097 0.002 0.010 0.011 0.001 0.001 0.013 0.011 0.029 0.013 0.039 0.019 0.011 0.011 0.009 0.011 0.016 6 L 0.177 0.273 0.009 0.011 0.376 0.001 0.005 0.005 0.001 0.001 0.012 0.014 0.029 0.010 0.008 0.042 0.002 0.003 0.002 0.002 0.019 7 Y 0.262 0.306 0.195 0.136 0.013 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.011 0.008 0.026 0.004 0.024 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 8 E 0.234 0.324 0.011 0.030 0.314 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.015 0.011 0.021 0.002 0.003 0.013 0.001 0.002 0.002 0.001 0.012 9 I 0.205 0.181 0.167 0.304 0.058 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.008 0.016 0.002 0.026 0.003 0.001 0.001 0.010 0.005 0.002 10 A 0.094 0.058 0.107 0.272 0.239 0.001 0.003 0.003 0.003 0.003 0.005 0.004 0.010 0.001 0.018 0.009 0.079 0.004 0.025 0.063 0.002 11 D 0.016 0.025 0.011 0.045 0.351 0.002 0.298 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.006 0.008 0.125 0.048 0.014 0.038 0.001 12 G 0.007 0.010 0.026 0.020 0.079 0.003 0.631 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.007 0.014 0.009 0.143 0.025 0.020 0.001 13 K 0.021 0.017 0.420 0.184 0.084 0.002 0.010 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.001 0.021 0.005 0.012 0.077 0.089 0.048 0.002 14 L 0.028 0.027 0.030 0.024 0.707 0.001 0.004 0.003 0.001 0.001 0.004 0.004 0.008 0.001 0.013 0.020 0.010 0.013 0.062 0.037 0.005 15 V 0.043 0.045 0.353 0.286 0.026 0.001 0.003 0.005 0.001 0.001 0.006 0.004 0.011 0.002 0.151 0.004 0.008 0.004 0.021 0.026 0.002 16 R 0.044 0.061 0.024 0.083 0.435 0.006 0.009 0.022 0.002 0.001 0.013 0.010 0.019 0.008 0.020 0.087 0.059 0.013 0.034 0.043 0.006 17 K 0.027 0.043 0.037 0.105 0.221 0.008 0.114 0.072 0.003 0.003 0.010 0.010 0.025 0.014 0.087 0.031 0.106 0.031 0.028 0.023 0.004 18 H 0.027 0.039 0.075 0.105 0.099 0.011 0.227 0.066 0.005 0.003 0.004 0.004 0.017 0.005 0.059 0.019 0.080 0.039 0.063 0.048 0.003 19 R 0.022 0.025 0.090 0.068 0.160 0.008 0.088 0.025 0.003 0.002 0.003 0.003 0.006 0.003 0.044 0.021 0.202 0.049 0.053 0.122 0.003 20 F 0.009 0.013 0.035 0.053 0.171 0.008 0.196 0.020 0.004 0.002 0.002 0.002 0.006 0.003 0.041 0.025 0.139 0.075 0.079 0.117 0.002 21 C 0.004 0.004 0.055 0.057 0.065 0.002 0.019 0.007 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.052 0.016 0.068 0.042 0.220 0.379 0.001 22 P 0.002 0.002 0.033 0.023 0.085 0.003 0.026 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.030 0.017 0.429 0.026 0.070 0.240 0.001 23 R 0.002 0.002 0.024 0.029 0.070 0.010 0.346 0.010 0.003 0.002 0.001 0.001 0.003 0.004 0.025 0.029 0.141 0.090 0.088 0.121 0.001 24 C 0.002 0.002 0.032 0.020 0.042 0.001 0.113 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.066 0.034 0.135 0.095 0.169 0.278 0.001 25 G 0.001 0.001 0.028 0.018 0.036 0.001 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.025 0.035 0.060 0.030 0.210 0.537 0.001 26 P 0.003 0.004 0.023 0.012 0.065 0.002 0.036 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.019 0.081 0.064 0.468 0.024 0.040 0.141 0.002 27 G 0.018 0.025 0.064 0.046 0.038 0.008 0.230 0.106 0.001 0.001 0.009 0.007 0.020 0.041 0.093 0.038 0.097 0.042 0.050 0.060 0.007 28 V 0.055 0.051 0.042 0.028 0.097 0.006 0.062 0.123 0.001 0.001 0.015 0.017 0.047 0.099 0.082 0.072 0.095 0.035 0.032 0.025 0.017 29 F 0.074 0.114 0.059 0.056 0.076 0.003 0.025 0.160 0.001 0.001 0.018 0.026 0.043 0.101 0.089 0.055 0.029 0.013 0.018 0.031 0.009 30 L 0.107 0.140 0.024 0.033 0.139 0.004 0.042 0.124 0.004 0.001 0.015 0.017 0.036 0.066 0.083 0.054 0.055 0.018 0.012 0.016 0.009 31 A 0.089 0.082 0.071 0.131 0.048 0.014 0.057 0.127 0.021 0.005 0.017 0.014 0.029 0.031 0.080 0.024 0.068 0.020 0.033 0.033 0.005 32 E 0.026 0.033 0.017 0.027 0.163 0.009 0.171 0.087 0.018 0.005 0.003 0.004 0.010 0.011 0.025 0.040 0.226 0.046 0.027 0.047 0.003 33 H 0.011 0.015 0.037 0.041 0.036 0.013 0.241 0.083 0.012 0.004 0.002 0.002 0.004 0.003 0.043 0.021 0.114 0.122 0.099 0.097 0.001 34 A 0.006 0.006 0.028 0.016 0.069 0.007 0.066 0.070 0.008 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.025 0.026 0.330 0.118 0.075 0.140 0.001 35 D 0.006 0.006 0.038 0.033 0.058 0.024 0.163 0.167 0.011 0.004 0.003 0.002 0.004 0.002 0.027 0.018 0.169 0.066 0.101 0.097 0.002 36 R 0.006 0.007 0.035 0.032 0.075 0.015 0.114 0.165 0.010 0.005 0.003 0.002 0.003 0.003 0.038 0.021 0.227 0.100 0.056 0.078 0.001 37 Y 0.011 0.017 0.056 0.049 0.086 0.028 0.149 0.173 0.011 0.005 0.004 0.003 0.006 0.003 0.031 0.024 0.132 0.063 0.072 0.074 0.002 38 S 0.013 0.011 0.048 0.070 0.112 0.023 0.089 0.077 0.021 0.010 0.005 0.004 0.008 0.006 0.045 0.023 0.208 0.089 0.074 0.061 0.003 39 C 0.012 0.022 0.046 0.046 0.165 0.004 0.120 0.052 0.006 0.003 0.002 0.003 0.004 0.005 0.036 0.034 0.117 0.049 0.066 0.206 0.002 40 G 0.015 0.020 0.074 0.061 0.102 0.008 0.099 0.039 0.006 0.003 0.003 0.003 0.005 0.006 0.061 0.029 0.144 0.106 0.088 0.124 0.003 41 R 0.017 0.017 0.076 0.100 0.101 0.012 0.049 0.035 0.014 0.005 0.005 0.004 0.008 0.008 0.039 0.026 0.203 0.053 0.099 0.123 0.004 42 C 0.025 0.040 0.049 0.038 0.216 0.003 0.127 0.045 0.003 0.001 0.003 0.004 0.010 0.009 0.039 0.047 0.126 0.044 0.064 0.100 0.006 43 G 0.039 0.049 0.143 0.104 0.095 0.004 0.064 0.048 0.002 0.001 0.008 0.007 0.014 0.013 0.084 0.040 0.060 0.075 0.060 0.085 0.006 44 Y 0.060 0.079 0.048 0.057 0.259 0.003 0.031 0.055 0.002 0.001 0.010 0.011 0.025 0.019 0.047 0.060 0.075 0.038 0.049 0.059 0.012 45 T 0.096 0.127 0.097 0.095 0.129 0.005 0.029 0.133 0.002 0.001 0.015 0.014 0.028 0.016 0.061 0.033 0.032 0.016 0.029 0.037 0.008 46 E 0.100 0.131 0.070 0.099 0.170 0.007 0.020 0.166 0.002 0.001 0.011 0.010 0.028 0.012 0.038 0.028 0.043 0.018 0.017 0.023 0.007 47 F 0.058 0.094 0.024 0.046 0.227 0.004 0.042 0.290 0.003 0.001 0.010 0.009 0.022 0.010 0.027 0.030 0.032 0.020 0.022 0.022 0.005 48 K 0.043 0.052 0.071 0.106 0.073 0.008 0.069 0.317 0.008 0.003 0.006 0.005 0.013 0.005 0.049 0.012 0.075 0.023 0.026 0.033 0.003 49 K 0.019 0.026 0.027 0.051 0.161 0.014 0.091 0.288 0.013 0.004 0.003 0.002 0.004 0.001 0.012 0.014 0.118 0.041 0.040 0.068 0.001 50 A 0.006 0.008 0.020 0.032 0.088 0.012 0.135 0.287 0.011 0.005 0.001 0.001 0.002 0.001 0.011 0.006 0.180 0.066 0.049 0.082 0.001 51 K 0.002 0.003 0.015 0.018 0.043 0.011 0.148 0.336 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.004 0.190 0.064 0.061 0.083 0.001 52 K 0.001 0.002 0.013 0.015 0.051 0.015 0.162 0.270 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.004 0.230 0.073 0.058 0.088 0.001 53 S 0.001 0.002 0.014 0.018 0.062 0.013 0.201 0.249 0.009 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.007 0.164 0.072 0.078 0.098 0.001 54 K 0.001 0.002 0.019 0.023 0.075 0.009 0.184 0.140 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.009 0.226 0.083 0.080 0.124 0.001 55 S 0.002 0.003 0.022 0.025 0.098 0.010 0.177 0.101 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.016 0.138 0.096 0.119 0.165 0.001