# TARGET T0480 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0480.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 11.353 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.010 0.016 0.599 0.010 0.025 0.033 0.001 0.001 0.012 0.110 0.041 0.037 0.106 2 Q 0.022 0.010 0.472 0.017 0.040 0.043 0.001 0.001 0.016 0.075 0.032 0.144 0.127 3 K 0.042 0.011 0.135 0.026 0.090 0.084 0.005 0.001 0.024 0.024 0.082 0.040 0.436 4 R 0.093 0.007 0.183 0.072 0.068 0.053 0.011 0.004 0.034 0.023 0.039 0.181 0.232 5 E 0.150 0.004 0.089 0.040 0.028 0.056 0.026 0.004 0.054 0.020 0.027 0.303 0.199 6 L 0.345 0.007 0.042 0.035 0.010 0.023 0.053 0.007 0.033 0.013 0.020 0.101 0.311 7 Y 0.363 0.008 0.037 0.045 0.002 0.008 0.033 0.005 0.019 0.010 0.006 0.341 0.124 8 E 0.417 0.006 0.039 0.006 0.002 0.004 0.013 0.007 0.030 0.007 0.003 0.195 0.271 9 I 0.117 0.015 0.107 0.009 0.002 0.002 0.010 0.005 0.014 0.013 0.015 0.076 0.617 10 A 0.021 0.004 0.136 0.109 0.007 0.003 0.002 0.001 0.007 0.105 0.356 0.225 0.025 11 D 0.001 0.001 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.052 0.934 0.001 0.003 12 G 0.005 0.008 0.152 0.003 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.401 0.390 0.012 0.022 13 K 0.024 0.026 0.208 0.004 0.002 0.006 0.005 0.001 0.007 0.045 0.009 0.586 0.077 14 L 0.089 0.017 0.024 0.003 0.001 0.004 0.011 0.001 0.004 0.003 0.002 0.016 0.826 15 V 0.091 0.004 0.029 0.061 0.001 0.007 0.005 0.001 0.005 0.004 0.002 0.756 0.034 16 R 0.098 0.006 0.040 0.018 0.010 0.017 0.013 0.001 0.008 0.014 0.010 0.064 0.699 17 K 0.110 0.007 0.134 0.040 0.043 0.050 0.019 0.001 0.012 0.026 0.078 0.214 0.265 18 H 0.099 0.013 0.160 0.043 0.118 0.051 0.011 0.002 0.020 0.065 0.096 0.150 0.175 19 R 0.059 0.015 0.192 0.011 0.090 0.040 0.005 0.001 0.013 0.092 0.104 0.232 0.144 20 F 0.028 0.075 0.322 0.010 0.042 0.038 0.006 0.002 0.018 0.131 0.103 0.049 0.176 21 C 0.003 0.013 0.766 0.004 0.012 0.008 0.001 0.001 0.004 0.104 0.013 0.054 0.018 22 P 0.001 0.011 0.317 0.005 0.125 0.068 0.001 0.001 0.004 0.126 0.307 0.006 0.028 23 R 0.001 0.015 0.149 0.002 0.156 0.045 0.001 0.001 0.004 0.141 0.465 0.013 0.007 24 C 0.001 0.030 0.404 0.006 0.116 0.050 0.001 0.001 0.004 0.178 0.179 0.006 0.024 25 G 0.001 0.016 0.473 0.005 0.039 0.029 0.001 0.001 0.007 0.277 0.115 0.025 0.012 26 P 0.002 0.019 0.244 0.018 0.051 0.082 0.001 0.001 0.014 0.199 0.336 0.006 0.028 27 G 0.015 0.032 0.221 0.020 0.043 0.120 0.004 0.003 0.019 0.235 0.194 0.059 0.035 28 V 0.130 0.030 0.174 0.019 0.025 0.182 0.037 0.024 0.063 0.043 0.029 0.043 0.202 29 F 0.213 0.020 0.044 0.013 0.019 0.179 0.096 0.064 0.071 0.015 0.020 0.159 0.088 30 L 0.260 0.021 0.033 0.023 0.018 0.154 0.082 0.061 0.044 0.010 0.019 0.070 0.205 31 A 0.153 0.018 0.066 0.050 0.036 0.250 0.041 0.019 0.023 0.038 0.035 0.183 0.087 32 E 0.102 0.017 0.100 0.028 0.060 0.285 0.012 0.008 0.026 0.065 0.120 0.057 0.120 33 H 0.034 0.017 0.190 0.021 0.104 0.264 0.003 0.002 0.013 0.096 0.151 0.048 0.057 34 A 0.018 0.014 0.254 0.023 0.082 0.161 0.002 0.001 0.008 0.132 0.238 0.029 0.040 35 D 0.007 0.008 0.322 0.014 0.056 0.096 0.001 0.001 0.006 0.196 0.247 0.022 0.024 36 R 0.008 0.016 0.250 0.006 0.108 0.104 0.001 0.001 0.006 0.177 0.264 0.016 0.041 37 Y 0.011 0.033 0.308 0.009 0.060 0.119 0.003 0.003 0.012 0.170 0.177 0.038 0.057 38 S 0.024 0.034 0.266 0.011 0.095 0.130 0.006 0.004 0.018 0.129 0.152 0.063 0.068 39 C 0.023 0.027 0.290 0.017 0.063 0.080 0.004 0.004 0.020 0.112 0.209 0.036 0.115 40 G 0.019 0.022 0.275 0.030 0.036 0.057 0.003 0.002 0.014 0.186 0.202 0.097 0.058 41 R 0.040 0.019 0.288 0.011 0.026 0.047 0.003 0.002 0.015 0.189 0.139 0.109 0.112 42 C 0.040 0.019 0.281 0.043 0.025 0.042 0.003 0.001 0.012 0.123 0.169 0.038 0.202 43 G 0.063 0.008 0.197 0.052 0.016 0.047 0.003 0.001 0.010 0.091 0.174 0.272 0.065 44 Y 0.170 0.006 0.136 0.014 0.011 0.055 0.008 0.001 0.013 0.031 0.035 0.030 0.489 45 T 0.307 0.007 0.062 0.021 0.007 0.080 0.018 0.002 0.014 0.015 0.012 0.337 0.118 46 E 0.332 0.005 0.025 0.009 0.006 0.095 0.023 0.002 0.010 0.006 0.008 0.109 0.370 47 F 0.375 0.007 0.028 0.019 0.008 0.133 0.019 0.002 0.009 0.009 0.009 0.155 0.228 48 K 0.254 0.008 0.050 0.021 0.010 0.132 0.008 0.001 0.011 0.018 0.018 0.161 0.310 49 K 0.087 0.006 0.116 0.021 0.029 0.214 0.003 0.001 0.008 0.032 0.068 0.104 0.311 50 A 0.021 0.006 0.119 0.023 0.088 0.324 0.001 0.001 0.005 0.044 0.204 0.051 0.114 51 K 0.007 0.005 0.120 0.012 0.154 0.296 0.001 0.001 0.003 0.060 0.257 0.030 0.056 52 K 0.005 0.008 0.135 0.007 0.175 0.289 0.001 0.001 0.003 0.083 0.223 0.025 0.045 53 S 0.004 0.018 0.341 0.005 0.077 0.169 0.001 0.001 0.006 0.131 0.155 0.038 0.055 54 K 0.003 0.023 0.523 0.005 0.037 0.101 0.001 0.001 0.008 0.130 0.104 0.026 0.042 55 S 0.001 0.009 0.739 0.003 0.021 0.037 0.001 0.001 0.006 0.093 0.040 0.022 0.027