# TARGET T0480 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-pb-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 16 (1 pb ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0480.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 11.353 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N O P 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.072 0.079 0.287 0.255 0.007 0.024 0.019 0.010 0.008 0.002 0.034 0.034 0.126 0.004 0.013 0.027 2 Q 0.023 0.046 0.189 0.380 0.010 0.079 0.017 0.012 0.007 0.008 0.022 0.030 0.142 0.005 0.008 0.021 3 K 0.020 0.080 0.106 0.522 0.006 0.069 0.006 0.008 0.009 0.002 0.033 0.019 0.086 0.004 0.005 0.024 4 R 0.014 0.068 0.099 0.594 0.002 0.082 0.004 0.005 0.006 0.001 0.021 0.034 0.054 0.001 0.003 0.012 5 E 0.013 0.081 0.128 0.594 0.009 0.083 0.004 0.003 0.005 0.001 0.009 0.010 0.040 0.003 0.001 0.016 6 L 0.017 0.071 0.129 0.697 0.006 0.025 0.004 0.003 0.002 0.001 0.010 0.006 0.017 0.004 0.001 0.007 7 Y 0.003 0.052 0.207 0.715 0.001 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.001 0.003 0.003 8 E 0.003 0.004 0.137 0.772 0.023 0.047 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.008 9 I 0.004 0.002 0.004 0.039 0.736 0.170 0.005 0.003 0.001 0.001 0.028 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 10 A 0.001 0.057 0.002 0.012 0.592 0.019 0.023 0.186 0.001 0.001 0.051 0.014 0.001 0.039 0.002 0.001 11 D 0.001 0.009 0.001 0.008 0.001 0.003 0.001 0.457 0.022 0.015 0.011 0.012 0.002 0.001 0.455 0.002 12 G 0.012 0.016 0.030 0.008 0.001 0.002 0.001 0.001 0.480 0.038 0.010 0.011 0.005 0.001 0.001 0.384 13 K 0.964 0.002 0.021 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 14 L 0.007 0.001 0.818 0.011 0.001 0.154 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 15 V 0.002 0.473 0.041 0.402 0.005 0.050 0.002 0.002 0.001 0.001 0.007 0.006 0.010 0.001 0.001 0.001 16 R 0.001 0.016 0.006 0.846 0.024 0.038 0.004 0.004 0.002 0.001 0.021 0.009 0.027 0.001 0.001 0.001 17 K 0.005 0.060 0.226 0.397 0.017 0.103 0.005 0.025 0.006 0.001 0.041 0.052 0.048 0.003 0.005 0.006 18 H 0.010 0.031 0.044 0.321 0.007 0.312 0.007 0.013 0.021 0.008 0.044 0.071 0.097 0.001 0.007 0.008 19 R 0.031 0.148 0.046 0.240 0.033 0.082 0.015 0.012 0.008 0.004 0.163 0.041 0.145 0.008 0.005 0.018 20 F 0.017 0.294 0.082 0.363 0.006 0.021 0.004 0.018 0.013 0.001 0.017 0.071 0.047 0.004 0.014 0.029 21 C 0.022 0.019 0.177 0.107 0.035 0.167 0.093 0.008 0.012 0.012 0.011 0.019 0.252 0.018 0.016 0.032 22 P 0.024 0.056 0.140 0.084 0.020 0.079 0.017 0.086 0.003 0.002 0.238 0.014 0.175 0.014 0.028 0.021 23 R 0.014 0.083 0.014 0.083 0.104 0.056 0.114 0.023 0.049 0.014 0.058 0.112 0.041 0.194 0.015 0.025 24 C 0.066 0.070 0.255 0.079 0.003 0.034 0.011 0.127 0.010 0.003 0.016 0.031 0.052 0.001 0.218 0.024 25 G 0.027 0.018 0.057 0.028 0.047 0.147 0.119 0.003 0.062 0.244 0.066 0.024 0.067 0.028 0.001 0.059 26 P 0.176 0.067 0.047 0.121 0.001 0.047 0.001 0.179 0.002 0.001 0.177 0.057 0.071 0.001 0.051 0.001 27 G 0.005 0.105 0.090 0.365 0.001 0.021 0.002 0.001 0.107 0.028 0.024 0.159 0.048 0.001 0.001 0.042 28 V 0.194 0.005 0.161 0.501 0.002 0.014 0.002 0.001 0.001 0.001 0.012 0.012 0.091 0.001 0.001 0.002 29 F 0.001 0.015 0.187 0.463 0.004 0.139 0.003 0.001 0.001 0.001 0.009 0.024 0.148 0.001 0.001 0.002 30 L 0.001 0.024 0.008 0.615 0.005 0.079 0.005 0.003 0.001 0.001 0.015 0.014 0.227 0.001 0.001 0.002 31 A 0.001 0.022 0.014 0.368 0.031 0.071 0.014 0.012 0.003 0.002 0.040 0.025 0.383 0.008 0.003 0.003 32 E 0.004 0.072 0.039 0.323 0.012 0.061 0.009 0.020 0.008 0.002 0.037 0.039 0.326 0.010 0.010 0.029 33 H 0.020 0.035 0.064 0.127 0.016 0.120 0.028 0.010 0.022 0.007 0.036 0.051 0.384 0.017 0.014 0.048 34 A 0.033 0.100 0.134 0.080 0.010 0.049 0.023 0.026 0.004 0.004 0.136 0.035 0.262 0.023 0.041 0.039 35 D 0.022 0.093 0.053 0.058 0.006 0.113 0.024 0.011 0.017 0.009 0.053 0.135 0.307 0.023 0.025 0.054 36 R 0.043 0.045 0.114 0.070 0.008 0.020 0.033 0.011 0.007 0.002 0.122 0.038 0.380 0.019 0.037 0.055 37 Y 0.018 0.055 0.230 0.102 0.021 0.076 0.051 0.015 0.008 0.006 0.032 0.098 0.183 0.030 0.023 0.050 38 S 0.008 0.015 0.042 0.022 0.150 0.034 0.317 0.008 0.004 0.005 0.024 0.014 0.119 0.215 0.010 0.015 39 C 0.014 0.043 0.044 0.075 0.010 0.017 0.021 0.360 0.007 0.003 0.046 0.026 0.098 0.010 0.209 0.018 40 G 0.022 0.017 0.070 0.069 0.014 0.034 0.022 0.016 0.192 0.266 0.026 0.038 0.083 0.009 0.014 0.108 41 R 0.250 0.027 0.057 0.041 0.130 0.024 0.116 0.011 0.015 0.009 0.066 0.030 0.075 0.118 0.010 0.022 42 C 0.026 0.058 0.117 0.152 0.007 0.061 0.011 0.269 0.007 0.008 0.029 0.065 0.062 0.004 0.114 0.009 43 G 0.025 0.062 0.093 0.176 0.002 0.078 0.003 0.008 0.136 0.091 0.049 0.032 0.076 0.001 0.005 0.165 44 Y 0.257 0.044 0.047 0.215 0.004 0.070 0.004 0.002 0.008 0.003 0.111 0.086 0.136 0.002 0.001 0.010 45 T 0.012 0.100 0.339 0.200 0.003 0.052 0.005 0.003 0.001 0.001 0.020 0.107 0.150 0.002 0.002 0.004 46 E 0.004 0.020 0.099 0.509 0.006 0.046 0.007 0.002 0.001 0.001 0.037 0.027 0.228 0.002 0.002 0.010 47 F 0.004 0.020 0.063 0.285 0.014 0.091 0.029 0.003 0.002 0.001 0.039 0.064 0.364 0.009 0.003 0.007 48 K 0.003 0.032 0.024 0.181 0.005 0.074 0.014 0.015 0.002 0.001 0.047 0.043 0.533 0.003 0.014 0.008 49 K 0.006 0.045 0.025 0.180 0.010 0.098 0.014 0.009 0.018 0.005 0.067 0.065 0.409 0.009 0.007 0.032 50 A 0.033 0.052 0.055 0.094 0.006 0.054 0.015 0.010 0.007 0.002 0.085 0.073 0.450 0.015 0.021 0.027 51 K 0.015 0.056 0.086 0.074 0.005 0.058 0.016 0.009 0.007 0.003 0.049 0.070 0.459 0.015 0.027 0.051 52 K 0.029 0.069 0.125 0.094 0.005 0.044 0.021 0.008 0.008 0.002 0.054 0.047 0.370 0.016 0.026 0.082 53 S 0.036 0.056 0.146 0.077 0.010 0.076 0.041 0.009 0.008 0.003 0.049 0.063 0.318 0.023 0.025 0.061 54 K 0.025 0.063 0.157 0.080 0.029 0.069 0.082 0.018 0.007 0.003 0.070 0.046 0.224 0.054 0.028 0.045 55 S 0.030 0.092 0.127 0.129 0.011 0.081 0.033 0.054 0.014 0.005 0.063 0.066 0.160 0.014 0.073 0.047