# TARGET T0480 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_sep-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 20 (1 o_sep ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0480.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 11.353 # Pos AA G H I J K L M N P Q R S T U V W A B C D 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.091 0.075 0.029 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.068 0.052 0.116 0.552 2 Q 0.119 0.041 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.121 0.062 0.124 0.508 3 K 0.030 0.022 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.107 0.029 0.141 0.660 4 R 0.013 0.026 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.341 0.036 0.114 0.457 5 E 0.012 0.026 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.003 0.004 0.623 0.063 0.049 0.207 6 L 0.007 0.009 0.001 0.001 0.001 0.014 0.057 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.004 0.464 0.047 0.050 0.327 7 Y 0.003 0.008 0.002 0.002 0.025 0.167 0.027 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.004 0.578 0.035 0.027 0.110 8 E 0.003 0.001 0.012 0.002 0.792 0.014 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.081 0.024 0.010 0.059 9 I 0.304 0.001 0.006 0.001 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.202 0.068 0.040 0.359 10 A 0.431 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.035 0.078 0.043 0.410 11 D 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.031 0.005 0.155 0.806 12 G 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.059 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.296 0.018 0.093 0.521 13 K 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.496 0.427 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.006 0.007 0.026 14 L 0.007 0.021 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.030 0.056 0.007 0.113 0.027 0.005 0.003 0.217 0.050 0.056 0.390 15 V 0.006 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.471 0.335 0.054 0.003 0.049 0.013 0.009 0.049 16 R 0.075 0.027 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.150 0.193 0.017 0.118 0.067 0.054 0.277 17 K 0.154 0.040 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.251 0.113 0.068 0.365 18 H 0.234 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.113 0.067 0.105 0.471 19 R 0.016 0.005 0.001 0.001 0.002 0.003 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.095 0.028 0.150 0.692 20 F 0.017 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.043 0.028 0.106 0.793 21 C 0.298 0.009 0.004 0.001 0.004 0.007 0.004 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.034 0.175 0.092 0.365 22 P 0.116 0.009 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.051 0.150 0.644 23 R 0.014 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.040 0.024 0.124 0.787 24 C 0.080 0.028 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.053 0.043 0.146 0.639 25 G 0.085 0.113 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.097 0.096 0.126 0.464 26 P 0.020 0.168 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.007 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.084 0.047 0.152 0.506 27 G 0.018 0.187 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.002 0.005 0.003 0.003 0.004 0.005 0.003 0.377 0.092 0.071 0.222 28 V 0.036 0.184 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.009 0.006 0.004 0.009 0.011 0.011 0.008 0.310 0.156 0.058 0.177 29 F 0.030 0.179 0.006 0.001 0.002 0.003 0.003 0.002 0.002 0.002 0.003 0.002 0.012 0.010 0.014 0.007 0.395 0.111 0.039 0.178 30 L 0.102 0.157 0.006 0.002 0.003 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.005 0.008 0.005 0.339 0.103 0.047 0.210 31 A 0.061 0.071 0.006 0.001 0.004 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.296 0.093 0.091 0.367 32 E 0.058 0.091 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.210 0.059 0.138 0.434 33 H 0.247 0.110 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.079 0.132 0.100 0.322 34 A 0.090 0.041 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.084 0.110 0.125 0.542 35 D 0.062 0.062 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.105 0.122 0.123 0.513 36 R 0.089 0.032 0.006 0.001 0.002 0.003 0.003 0.002 0.006 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.131 0.126 0.129 0.461 37 Y 0.108 0.039 0.004 0.001 0.003 0.006 0.004 0.002 0.002 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.134 0.075 0.123 0.487 38 S 0.082 0.045 0.004 0.002 0.005 0.008 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.002 0.110 0.081 0.133 0.514 39 C 0.025 0.020 0.005 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.124 0.070 0.156 0.584 40 G 0.166 0.077 0.004 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.080 0.079 0.136 0.446 41 R 0.075 0.042 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.142 0.121 0.143 0.466 42 C 0.023 0.104 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.100 0.056 0.159 0.548 43 G 0.025 0.232 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.004 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.202 0.054 0.096 0.361 44 Y 0.030 0.327 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.010 0.004 0.002 0.002 0.001 0.002 0.003 0.113 0.084 0.078 0.327 45 T 0.033 0.454 0.004 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.003 0.002 0.003 0.001 0.005 0.002 0.004 0.003 0.163 0.063 0.046 0.208 46 E 0.043 0.480 0.006 0.001 0.002 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.005 0.005 0.003 0.108 0.084 0.045 0.204 47 F 0.078 0.354 0.016 0.002 0.005 0.004 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.001 0.100 0.125 0.054 0.248 48 K 0.119 0.263 0.008 0.002 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.095 0.081 0.064 0.359 49 K 0.145 0.119 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.045 0.139 0.075 0.465 50 A 0.089 0.077 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.034 0.120 0.100 0.568 51 K 0.145 0.030 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.106 0.090 0.597 52 K 0.082 0.016 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.084 0.097 0.688 53 S 0.078 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.038 0.101 0.742 54 K 0.037 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 0.029 0.112 0.779 55 S 0.032 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.058 0.046 0.132 0.702