# TARGET T0480 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0480.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 11.353 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.076 0.120 0.017 0.024 0.037 0.039 0.096 0.010 0.005 0.102 0.475 2 Q 0.099 0.101 0.012 0.021 0.042 0.060 0.101 0.013 0.004 0.061 0.486 3 K 0.092 0.075 0.007 0.019 0.045 0.076 0.072 0.009 0.002 0.037 0.565 4 R 0.059 0.040 0.003 0.033 0.087 0.097 0.092 0.005 0.001 0.047 0.534 5 E 0.043 0.035 0.002 0.060 0.094 0.257 0.096 0.007 0.001 0.052 0.354 6 L 0.017 0.032 0.001 0.077 0.129 0.137 0.099 0.002 0.001 0.036 0.468 7 Y 0.003 0.010 0.002 0.168 0.254 0.291 0.044 0.001 0.001 0.030 0.198 8 E 0.011 0.008 0.005 0.081 0.099 0.266 0.190 0.002 0.001 0.107 0.230 9 I 0.262 0.008 0.008 0.047 0.080 0.135 0.041 0.006 0.002 0.062 0.350 10 A 0.679 0.002 0.001 0.016 0.010 0.010 0.030 0.002 0.001 0.009 0.242 11 D 0.005 0.003 0.001 0.006 0.005 0.013 0.029 0.001 0.001 0.004 0.936 12 G 0.001 0.005 0.001 0.008 0.036 0.053 0.150 0.001 0.001 0.015 0.731 13 K 0.015 0.016 0.001 0.039 0.126 0.585 0.039 0.003 0.001 0.033 0.144 14 L 0.014 0.031 0.001 0.012 0.215 0.119 0.061 0.001 0.001 0.023 0.523 15 V 0.029 0.080 0.001 0.036 0.315 0.254 0.035 0.001 0.001 0.036 0.212 16 R 0.060 0.113 0.002 0.029 0.098 0.276 0.051 0.002 0.001 0.056 0.312 17 K 0.136 0.086 0.002 0.018 0.119 0.253 0.036 0.006 0.001 0.048 0.294 18 H 0.111 0.015 0.001 0.022 0.098 0.203 0.074 0.003 0.001 0.052 0.420 19 R 0.010 0.009 0.002 0.039 0.060 0.131 0.115 0.001 0.001 0.035 0.597 20 F 0.013 0.012 0.002 0.022 0.037 0.038 0.150 0.003 0.001 0.028 0.694 21 C 0.442 0.025 0.002 0.013 0.021 0.027 0.058 0.020 0.002 0.064 0.327 22 P 0.185 0.007 0.001 0.013 0.011 0.010 0.096 0.002 0.001 0.065 0.610 23 R 0.009 0.009 0.002 0.018 0.007 0.011 0.126 0.001 0.001 0.025 0.792 24 C 0.027 0.025 0.003 0.015 0.009 0.016 0.122 0.004 0.001 0.054 0.725 25 G 0.175 0.060 0.003 0.025 0.033 0.055 0.132 0.009 0.001 0.181 0.326 26 P 0.010 0.108 0.002 0.058 0.064 0.060 0.106 0.001 0.001 0.041 0.550 27 G 0.009 0.095 0.001 0.134 0.133 0.334 0.058 0.003 0.001 0.076 0.157 28 V 0.009 0.060 0.004 0.126 0.214 0.279 0.059 0.003 0.001 0.086 0.160 29 F 0.010 0.065 0.006 0.159 0.272 0.249 0.048 0.003 0.001 0.064 0.122 30 L 0.045 0.082 0.005 0.117 0.201 0.236 0.057 0.007 0.002 0.069 0.179 31 A 0.065 0.055 0.011 0.095 0.171 0.161 0.064 0.012 0.006 0.084 0.276 32 E 0.086 0.122 0.011 0.040 0.051 0.062 0.073 0.013 0.006 0.048 0.487 33 H 0.312 0.172 0.007 0.021 0.025 0.040 0.051 0.030 0.004 0.050 0.289 34 A 0.109 0.057 0.004 0.025 0.032 0.036 0.111 0.010 0.002 0.097 0.516 35 D 0.033 0.067 0.006 0.045 0.043 0.070 0.121 0.006 0.002 0.104 0.502 36 R 0.038 0.043 0.010 0.071 0.085 0.094 0.124 0.008 0.002 0.088 0.436 37 Y 0.051 0.019 0.007 0.066 0.098 0.123 0.117 0.005 0.002 0.095 0.417 38 S 0.055 0.015 0.002 0.054 0.051 0.080 0.109 0.004 0.001 0.074 0.553 39 C 0.035 0.015 0.003 0.056 0.052 0.048 0.094 0.003 0.001 0.052 0.640 40 G 0.055 0.021 0.001 0.035 0.053 0.069 0.111 0.003 0.001 0.061 0.590 41 R 0.033 0.011 0.001 0.035 0.033 0.069 0.110 0.003 0.001 0.122 0.583 42 C 0.011 0.034 0.002 0.056 0.106 0.078 0.124 0.001 0.001 0.065 0.522 43 G 0.026 0.123 0.001 0.057 0.104 0.236 0.060 0.004 0.001 0.039 0.349 44 Y 0.027 0.188 0.001 0.039 0.133 0.159 0.049 0.004 0.001 0.056 0.343 45 T 0.018 0.304 0.002 0.038 0.166 0.201 0.041 0.002 0.001 0.054 0.173 46 E 0.029 0.352 0.004 0.025 0.101 0.160 0.044 0.004 0.001 0.078 0.203 47 F 0.094 0.331 0.008 0.019 0.077 0.096 0.048 0.009 0.003 0.084 0.232 48 K 0.170 0.264 0.007 0.014 0.054 0.072 0.041 0.008 0.004 0.070 0.295 49 K 0.127 0.125 0.005 0.010 0.032 0.049 0.061 0.007 0.003 0.080 0.501 50 A 0.128 0.081 0.005 0.009 0.025 0.040 0.082 0.006 0.003 0.081 0.541 51 K 0.146 0.024 0.004 0.008 0.019 0.029 0.091 0.005 0.002 0.092 0.581 52 K 0.078 0.010 0.002 0.008 0.015 0.022 0.095 0.003 0.001 0.046 0.720 53 S 0.049 0.007 0.001 0.008 0.014 0.023 0.092 0.001 0.001 0.025 0.780 54 K 0.025 0.006 0.001 0.011 0.019 0.030 0.115 0.001 0.001 0.026 0.768 55 S 0.019 0.009 0.001 0.017 0.029 0.046 0.128 0.001 0.001 0.033 0.717