# TARGET T0480 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0480.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 11.353 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.077 0.140 0.017 0.043 0.047 0.093 0.075 0.508 2 Q 0.187 0.163 0.018 0.032 0.081 0.072 0.079 0.369 3 K 0.137 0.108 0.018 0.063 0.106 0.083 0.073 0.411 4 R 0.032 0.040 0.035 0.094 0.269 0.091 0.095 0.344 5 E 0.014 0.029 0.035 0.186 0.391 0.053 0.065 0.226 6 L 0.006 0.007 0.047 0.222 0.450 0.040 0.025 0.202 7 Y 0.005 0.002 0.087 0.409 0.376 0.022 0.034 0.067 8 E 0.023 0.001 0.037 0.226 0.196 0.060 0.060 0.397 9 I 0.280 0.001 0.027 0.103 0.120 0.050 0.036 0.382 10 A 0.216 0.002 0.017 0.017 0.060 0.069 0.017 0.603 11 D 0.004 0.001 0.002 0.017 0.021 0.111 0.005 0.838 12 G 0.003 0.001 0.002 0.068 0.099 0.100 0.010 0.716 13 K 0.012 0.011 0.027 0.408 0.353 0.031 0.042 0.115 14 L 0.027 0.005 0.012 0.179 0.101 0.049 0.032 0.593 15 V 0.041 0.009 0.037 0.447 0.192 0.042 0.051 0.181 16 R 0.155 0.010 0.027 0.117 0.206 0.041 0.026 0.417 17 K 0.136 0.012 0.021 0.098 0.147 0.050 0.022 0.515 18 H 0.183 0.008 0.007 0.048 0.084 0.071 0.028 0.571 19 R 0.009 0.004 0.023 0.079 0.139 0.110 0.017 0.619 20 F 0.026 0.008 0.025 0.036 0.063 0.104 0.017 0.721 21 C 0.218 0.014 0.021 0.052 0.030 0.090 0.126 0.449 22 P 0.139 0.005 0.028 0.012 0.015 0.118 0.061 0.622 23 R 0.008 0.004 0.024 0.006 0.012 0.126 0.030 0.791 24 C 0.011 0.008 0.050 0.007 0.011 0.162 0.025 0.726 25 G 0.133 0.125 0.033 0.026 0.025 0.123 0.164 0.371 26 P 0.024 0.072 0.057 0.019 0.031 0.154 0.082 0.561 27 G 0.030 0.171 0.120 0.046 0.108 0.076 0.114 0.334 28 V 0.018 0.112 0.110 0.102 0.134 0.084 0.074 0.366 29 F 0.035 0.145 0.150 0.136 0.244 0.044 0.094 0.153 30 L 0.075 0.080 0.047 0.148 0.231 0.060 0.130 0.229 31 A 0.045 0.053 0.076 0.133 0.263 0.076 0.113 0.242 32 E 0.070 0.083 0.037 0.081 0.165 0.083 0.049 0.431 33 H 0.330 0.144 0.013 0.028 0.041 0.061 0.097 0.286 34 A 0.091 0.055 0.012 0.027 0.027 0.111 0.101 0.577 35 D 0.052 0.054 0.016 0.023 0.044 0.107 0.070 0.634 36 R 0.049 0.030 0.019 0.036 0.052 0.107 0.093 0.613 37 Y 0.076 0.036 0.034 0.072 0.083 0.098 0.079 0.521 38 S 0.118 0.028 0.035 0.043 0.096 0.101 0.078 0.502 39 C 0.030 0.007 0.041 0.043 0.074 0.121 0.040 0.645 40 G 0.074 0.016 0.048 0.055 0.115 0.106 0.061 0.524 41 R 0.060 0.010 0.036 0.051 0.064 0.130 0.084 0.566 42 C 0.015 0.014 0.039 0.052 0.081 0.145 0.044 0.610 43 G 0.030 0.048 0.054 0.078 0.146 0.124 0.065 0.454 44 Y 0.025 0.060 0.033 0.139 0.127 0.101 0.054 0.461 45 T 0.028 0.113 0.071 0.178 0.234 0.057 0.113 0.205 46 E 0.047 0.093 0.055 0.147 0.228 0.052 0.107 0.271 47 F 0.057 0.078 0.055 0.198 0.225 0.056 0.110 0.221 48 K 0.114 0.086 0.024 0.114 0.193 0.054 0.050 0.364 49 K 0.147 0.040 0.016 0.061 0.113 0.063 0.086 0.474 50 A 0.093 0.032 0.019 0.074 0.093 0.084 0.075 0.531 51 K 0.158 0.009 0.017 0.037 0.071 0.070 0.093 0.543 52 K 0.093 0.004 0.010 0.042 0.035 0.075 0.040 0.702 53 S 0.106 0.003 0.011 0.016 0.037 0.086 0.025 0.716 54 K 0.030 0.002 0.011 0.025 0.031 0.114 0.017 0.770 55 S 0.035 0.003 0.008 0.023 0.039 0.112 0.019 0.761