# TARGET T0480 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0480.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 11.353 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.388 0.102 0.054 0.090 0.078 0.058 0.084 0.056 0.042 0.029 0.019 2 Q 0.226 0.167 0.085 0.163 0.120 0.071 0.072 0.043 0.027 0.016 0.009 3 K 0.050 0.086 0.063 0.144 0.141 0.125 0.158 0.102 0.070 0.042 0.018 4 R 0.046 0.033 0.050 0.108 0.143 0.165 0.198 0.118 0.074 0.043 0.022 5 E 0.070 0.146 0.296 0.262 0.121 0.050 0.033 0.013 0.006 0.003 0.001 6 L 0.006 0.007 0.025 0.044 0.064 0.108 0.186 0.154 0.172 0.166 0.068 7 Y 0.009 0.007 0.016 0.023 0.034 0.089 0.204 0.147 0.202 0.197 0.074 8 E 0.017 0.123 0.364 0.304 0.120 0.041 0.018 0.007 0.004 0.002 0.001 9 I 0.013 0.012 0.033 0.027 0.053 0.092 0.187 0.174 0.143 0.142 0.125 10 A 0.152 0.454 0.078 0.124 0.069 0.045 0.041 0.018 0.010 0.006 0.002 11 D 0.591 0.148 0.038 0.093 0.055 0.030 0.023 0.012 0.006 0.002 0.002 12 G 0.857 0.064 0.020 0.025 0.012 0.007 0.007 0.004 0.002 0.001 0.001 13 K 0.108 0.209 0.060 0.235 0.147 0.095 0.086 0.033 0.018 0.006 0.003 14 L 0.009 0.008 0.011 0.011 0.022 0.040 0.099 0.138 0.202 0.205 0.255 15 V 0.034 0.120 0.246 0.310 0.178 0.064 0.028 0.012 0.005 0.002 0.001 16 R 0.054 0.056 0.174 0.166 0.143 0.117 0.127 0.084 0.041 0.025 0.011 17 K 0.071 0.077 0.094 0.199 0.155 0.113 0.120 0.083 0.047 0.029 0.013 18 H 0.047 0.059 0.080 0.123 0.107 0.133 0.192 0.112 0.077 0.051 0.019 19 R 0.089 0.113 0.287 0.223 0.133 0.071 0.041 0.022 0.012 0.007 0.003 20 F 0.162 0.128 0.146 0.147 0.107 0.088 0.107 0.059 0.031 0.018 0.008 21 C 0.036 0.038 0.034 0.057 0.065 0.095 0.172 0.146 0.152 0.129 0.077 22 P 0.251 0.162 0.118 0.154 0.102 0.064 0.062 0.038 0.026 0.016 0.008 23 R 0.244 0.212 0.129 0.185 0.095 0.059 0.040 0.018 0.010 0.005 0.003 24 C 0.069 0.057 0.032 0.075 0.092 0.086 0.159 0.149 0.115 0.086 0.080 25 G 0.237 0.149 0.042 0.129 0.109 0.084 0.101 0.065 0.042 0.027 0.015 26 P 0.095 0.093 0.058 0.178 0.152 0.112 0.120 0.083 0.057 0.034 0.019 27 G 0.023 0.027 0.023 0.059 0.074 0.101 0.189 0.146 0.160 0.128 0.071 28 V 0.003 0.007 0.010 0.035 0.054 0.077 0.148 0.162 0.196 0.168 0.140 29 F 0.002 0.005 0.010 0.015 0.023 0.045 0.094 0.123 0.234 0.254 0.196 30 L 0.001 0.002 0.007 0.015 0.028 0.036 0.091 0.133 0.222 0.222 0.243 31 A 0.002 0.002 0.006 0.010 0.019 0.034 0.086 0.133 0.243 0.244 0.223 32 E 0.021 0.054 0.091 0.179 0.177 0.140 0.158 0.075 0.057 0.030 0.018 33 H 0.013 0.025 0.040 0.065 0.085 0.107 0.200 0.164 0.135 0.097 0.068 34 A 0.153 0.125 0.070 0.166 0.120 0.105 0.112 0.061 0.044 0.028 0.015 35 D 0.331 0.198 0.116 0.158 0.073 0.041 0.040 0.020 0.013 0.007 0.004 36 R 0.047 0.057 0.060 0.122 0.130 0.157 0.164 0.101 0.075 0.054 0.033 37 Y 0.061 0.080 0.085 0.121 0.116 0.120 0.145 0.103 0.079 0.055 0.035 38 S 0.075 0.115 0.121 0.149 0.122 0.122 0.134 0.071 0.046 0.028 0.016 39 C 0.069 0.050 0.067 0.103 0.103 0.092 0.136 0.120 0.112 0.084 0.063 40 G 0.228 0.097 0.063 0.112 0.085 0.080 0.116 0.080 0.069 0.048 0.022 41 R 0.059 0.116 0.097 0.203 0.153 0.113 0.109 0.062 0.045 0.027 0.015 42 C 0.041 0.034 0.036 0.065 0.086 0.109 0.164 0.167 0.128 0.106 0.064 43 G 0.120 0.147 0.090 0.181 0.124 0.098 0.100 0.062 0.042 0.024 0.012 44 Y 0.031 0.028 0.034 0.065 0.081 0.094 0.189 0.170 0.140 0.103 0.065 45 T 0.116 0.089 0.097 0.156 0.135 0.105 0.118 0.071 0.057 0.037 0.020 46 E 0.144 0.117 0.124 0.198 0.141 0.091 0.098 0.044 0.025 0.012 0.006 47 F 0.039 0.034 0.052 0.071 0.084 0.111 0.204 0.143 0.121 0.093 0.047 48 K 0.076 0.097 0.115 0.173 0.144 0.120 0.143 0.062 0.040 0.022 0.009 49 K 0.148 0.194 0.257 0.194 0.090 0.052 0.039 0.014 0.007 0.004 0.001 50 A 0.149 0.149 0.165 0.177 0.120 0.088 0.084 0.036 0.018 0.010 0.004 51 K 0.335 0.220 0.122 0.139 0.070 0.042 0.038 0.019 0.008 0.005 0.002 52 K 0.243 0.170 0.178 0.184 0.096 0.053 0.040 0.020 0.009 0.005 0.002 53 S 0.136 0.192 0.221 0.154 0.094 0.079 0.065 0.031 0.015 0.009 0.003 54 K 0.117 0.193 0.194 0.200 0.126 0.074 0.053 0.026 0.011 0.005 0.002 55 S 0.381 0.158 0.140 0.113 0.072 0.047 0.046 0.026 0.010 0.005 0.003