# TARGET T0480 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_sep-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 20 (1 n_sep ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0480.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 11.353 # Pos AA G H I J K L M N P Q R S T U V W A B C D 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.149 0.053 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.112 0.014 0.041 0.607 2 Q 0.042 0.034 0.007 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.274 0.006 0.176 0.448 3 K 0.042 0.015 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.206 0.005 0.058 0.665 4 R 0.069 0.046 0.004 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.576 0.012 0.054 0.226 5 E 0.047 0.038 0.006 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.488 0.013 0.109 0.289 6 L 0.048 0.035 0.008 0.001 0.002 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.004 0.386 0.010 0.063 0.428 7 Y 0.006 0.010 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.153 0.071 0.007 0.659 0.002 0.018 0.052 8 E 0.005 0.008 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.042 0.001 0.406 0.099 0.044 0.012 0.136 0.002 0.026 0.213 9 I 0.003 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.384 0.012 0.003 0.009 0.002 0.001 0.002 0.484 0.002 0.008 0.076 10 A 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.749 0.014 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.038 0.001 0.066 0.120 11 D 0.004 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.040 0.002 0.094 0.850 12 G 0.064 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.144 0.187 0.106 0.484 13 K 0.673 0.002 0.079 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.028 0.107 0.085 14 L 0.003 0.010 0.005 0.004 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.420 0.001 0.099 0.443 15 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.696 0.148 0.016 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.091 0.001 0.014 0.024 16 R 0.005 0.008 0.001 0.001 0.010 0.086 0.023 0.011 0.010 0.003 0.002 0.002 0.005 0.004 0.003 0.008 0.388 0.004 0.055 0.373 17 K 0.007 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.002 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.648 0.002 0.072 0.221 18 H 0.051 0.035 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.002 0.002 0.444 0.017 0.071 0.360 19 R 0.136 0.034 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.005 0.002 0.212 0.020 0.070 0.502 20 F 0.125 0.039 0.013 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.001 0.184 0.019 0.099 0.504 21 C 0.102 0.039 0.020 0.004 0.006 0.001 0.001 0.001 0.004 0.006 0.009 0.003 0.009 0.007 0.003 0.003 0.200 0.018 0.095 0.470 22 P 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.009 0.969 23 R 0.040 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.064 0.005 0.096 0.766 24 C 0.329 0.017 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.082 0.019 0.047 0.475 25 G 0.138 0.024 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.084 0.008 0.110 0.617 26 P 0.022 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.001 0.048 0.897 27 G 0.076 0.020 0.007 0.001 0.003 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.343 0.006 0.072 0.464 28 V 0.125 0.064 0.014 0.003 0.016 0.006 0.011 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.326 0.005 0.112 0.310 29 F 0.015 0.208 0.003 0.001 0.013 0.010 0.013 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.463 0.003 0.049 0.207 30 L 0.017 0.293 0.002 0.001 0.007 0.009 0.014 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.009 0.007 0.004 0.352 0.005 0.049 0.218 31 A 0.023 0.380 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.002 0.001 0.008 0.009 0.007 0.002 0.293 0.006 0.101 0.158 32 E 0.110 0.349 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.182 0.018 0.083 0.246 33 H 0.219 0.383 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.161 0.047 0.023 0.148 34 A 0.178 0.273 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.081 0.040 0.036 0.372 35 D 0.079 0.107 0.026 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.036 0.057 0.051 0.640 36 R 0.313 0.079 0.085 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.043 0.074 0.050 0.344 37 Y 0.127 0.217 0.031 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.061 0.015 0.195 0.335 38 S 0.126 0.097 0.013 0.006 0.008 0.003 0.001 0.001 0.005 0.002 0.002 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.092 0.019 0.151 0.466 39 C 0.118 0.127 0.017 0.005 0.003 0.004 0.003 0.002 0.004 0.003 0.006 0.002 0.004 0.003 0.001 0.002 0.140 0.024 0.078 0.454 40 G 0.076 0.080 0.012 0.003 0.001 0.001 0.003 0.002 0.004 0.005 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.119 0.026 0.103 0.557 41 R 0.146 0.040 0.024 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.128 0.014 0.142 0.486 42 C 0.060 0.089 0.007 0.002 0.002 0.002 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.232 0.012 0.105 0.480 43 G 0.061 0.050 0.008 0.002 0.008 0.005 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.245 0.016 0.112 0.480 44 Y 0.080 0.027 0.033 0.003 0.005 0.003 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.226 0.009 0.154 0.444 45 T 0.024 0.036 0.004 0.002 0.003 0.001 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.003 0.003 0.468 0.005 0.107 0.330 46 E 0.035 0.063 0.002 0.001 0.008 0.004 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.007 0.006 0.003 0.222 0.006 0.120 0.507 47 F 0.039 0.135 0.005 0.001 0.003 0.003 0.004 0.003 0.003 0.002 0.005 0.002 0.014 0.016 0.008 0.006 0.222 0.012 0.176 0.340 48 K 0.075 0.198 0.005 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.006 0.004 0.004 0.002 0.007 0.005 0.004 0.003 0.214 0.015 0.162 0.292 49 K 0.071 0.343 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.005 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.080 0.025 0.100 0.351 50 A 0.161 0.261 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.075 0.056 0.058 0.362 51 K 0.074 0.191 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.036 0.066 0.591 52 K 0.161 0.114 0.047 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 0.057 0.088 0.500 53 S 0.175 0.197 0.046 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.029 0.043 0.057 0.443 54 K 0.141 0.135 0.024 0.004 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.046 0.028 0.070 0.542 55 S 0.094 0.094 0.027 0.004 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.038 0.017 0.097 0.617