# TARGET T0480 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0480.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 11.353 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.164 0.059 0.013 0.028 0.038 0.065 0.064 0.002 0.001 0.005 0.562 2 Q 0.030 0.027 0.003 0.029 0.049 0.067 0.098 0.001 0.001 0.002 0.694 3 K 0.058 0.036 0.005 0.063 0.093 0.127 0.076 0.002 0.001 0.003 0.538 4 R 0.067 0.078 0.008 0.057 0.182 0.246 0.045 0.003 0.001 0.004 0.310 5 E 0.033 0.067 0.005 0.076 0.218 0.241 0.074 0.002 0.001 0.003 0.281 6 L 0.035 0.049 0.008 0.081 0.131 0.330 0.034 0.002 0.001 0.003 0.327 7 Y 0.017 0.021 0.003 0.089 0.428 0.361 0.014 0.002 0.001 0.002 0.063 8 E 0.003 0.004 0.002 0.013 0.228 0.299 0.012 0.001 0.001 0.001 0.437 9 I 0.001 0.002 0.003 0.014 0.287 0.629 0.005 0.001 0.001 0.001 0.058 10 A 0.006 0.002 0.002 0.015 0.202 0.381 0.068 0.001 0.001 0.002 0.322 11 D 0.007 0.001 0.001 0.009 0.007 0.013 0.027 0.001 0.001 0.002 0.935 12 G 0.252 0.001 0.004 0.018 0.025 0.039 0.146 0.001 0.001 0.045 0.470 13 K 0.609 0.002 0.002 0.008 0.016 0.006 0.185 0.001 0.001 0.008 0.165 14 L 0.020 0.005 0.002 0.018 0.120 0.199 0.052 0.001 0.001 0.001 0.583 15 V 0.003 0.002 0.001 0.014 0.204 0.658 0.034 0.001 0.001 0.001 0.084 16 R 0.008 0.006 0.001 0.030 0.128 0.341 0.059 0.001 0.001 0.001 0.427 17 K 0.027 0.011 0.001 0.025 0.228 0.447 0.029 0.001 0.001 0.002 0.230 18 H 0.105 0.037 0.004 0.037 0.135 0.325 0.071 0.002 0.001 0.007 0.279 19 R 0.132 0.052 0.005 0.035 0.081 0.174 0.107 0.003 0.001 0.008 0.405 20 F 0.157 0.053 0.012 0.026 0.040 0.117 0.089 0.006 0.001 0.006 0.495 21 C 0.142 0.045 0.014 0.031 0.071 0.115 0.058 0.004 0.001 0.003 0.516 22 P 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.988 23 R 0.038 0.004 0.003 0.012 0.017 0.044 0.070 0.001 0.001 0.001 0.810 24 C 0.400 0.020 0.019 0.013 0.009 0.020 0.046 0.003 0.001 0.010 0.461 25 G 0.158 0.027 0.007 0.017 0.024 0.031 0.085 0.001 0.001 0.002 0.648 26 P 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.006 0.001 0.001 0.001 0.986 27 G 0.073 0.018 0.002 0.054 0.090 0.184 0.075 0.001 0.001 0.004 0.499 28 V 0.310 0.125 0.012 0.082 0.046 0.057 0.135 0.002 0.001 0.008 0.225 29 F 0.030 0.181 0.003 0.131 0.168 0.256 0.050 0.002 0.001 0.001 0.178 30 L 0.023 0.103 0.008 0.078 0.203 0.377 0.030 0.002 0.001 0.002 0.174 31 A 0.033 0.146 0.002 0.123 0.156 0.331 0.020 0.003 0.001 0.002 0.185 32 E 0.059 0.117 0.005 0.058 0.107 0.213 0.072 0.004 0.001 0.002 0.363 33 H 0.136 0.149 0.012 0.058 0.103 0.199 0.052 0.009 0.001 0.003 0.278 34 A 0.062 0.063 0.007 0.026 0.053 0.123 0.035 0.004 0.001 0.002 0.624 35 D 0.058 0.044 0.005 0.031 0.039 0.080 0.095 0.004 0.001 0.003 0.640 36 R 0.283 0.080 0.017 0.025 0.031 0.057 0.088 0.008 0.001 0.013 0.399 37 Y 0.190 0.152 0.020 0.045 0.043 0.066 0.147 0.007 0.001 0.009 0.323 38 S 0.075 0.079 0.013 0.047 0.057 0.077 0.152 0.006 0.001 0.006 0.489 39 C 0.087 0.092 0.017 0.068 0.061 0.096 0.056 0.006 0.001 0.008 0.510 40 G 0.074 0.066 0.015 0.094 0.106 0.142 0.067 0.005 0.001 0.009 0.422 41 R 0.059 0.032 0.009 0.053 0.065 0.080 0.107 0.002 0.001 0.004 0.591 42 C 0.031 0.024 0.006 0.058 0.093 0.144 0.076 0.001 0.001 0.004 0.563 43 G 0.046 0.017 0.004 0.040 0.204 0.261 0.075 0.001 0.001 0.005 0.346 44 Y 0.045 0.033 0.008 0.049 0.098 0.146 0.088 0.001 0.001 0.004 0.528 45 T 0.024 0.035 0.004 0.065 0.225 0.285 0.075 0.001 0.001 0.003 0.283 46 E 0.018 0.037 0.002 0.030 0.174 0.211 0.101 0.001 0.001 0.003 0.423 47 F 0.018 0.063 0.002 0.027 0.166 0.301 0.090 0.001 0.001 0.003 0.327 48 K 0.031 0.074 0.004 0.026 0.167 0.322 0.111 0.002 0.001 0.004 0.260 49 K 0.046 0.196 0.006 0.019 0.103 0.150 0.089 0.004 0.001 0.004 0.382 50 A 0.077 0.220 0.006 0.016 0.082 0.161 0.064 0.006 0.001 0.005 0.363 51 K 0.120 0.171 0.008 0.014 0.046 0.091 0.104 0.008 0.001 0.007 0.433 52 K 0.190 0.153 0.012 0.011 0.031 0.048 0.098 0.010 0.001 0.008 0.439 53 S 0.188 0.135 0.023 0.012 0.029 0.046 0.083 0.010 0.001 0.008 0.465 54 K 0.173 0.095 0.019 0.012 0.024 0.036 0.078 0.008 0.001 0.006 0.548 55 S 0.100 0.058 0.011 0.016 0.024 0.035 0.130 0.005 0.001 0.006 0.613