# TARGET T0480 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0480.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 11.353 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.095 0.075 0.043 0.067 0.106 0.047 0.015 0.552 2 Q 0.031 0.021 0.020 0.040 0.063 0.081 0.006 0.739 3 K 0.036 0.021 0.025 0.077 0.119 0.055 0.005 0.661 4 R 0.053 0.047 0.079 0.207 0.275 0.051 0.008 0.279 5 E 0.062 0.035 0.051 0.215 0.277 0.075 0.009 0.275 6 L 0.054 0.030 0.059 0.189 0.306 0.037 0.011 0.314 7 Y 0.020 0.009 0.057 0.483 0.363 0.015 0.002 0.050 8 E 0.007 0.003 0.027 0.217 0.270 0.020 0.002 0.452 9 I 0.002 0.002 0.028 0.331 0.489 0.011 0.001 0.135 10 A 0.006 0.004 0.038 0.193 0.358 0.143 0.003 0.256 11 D 0.005 0.001 0.006 0.015 0.035 0.030 0.002 0.907 12 G 0.179 0.005 0.026 0.066 0.130 0.094 0.131 0.368 13 K 0.363 0.002 0.014 0.044 0.026 0.396 0.017 0.139 14 L 0.005 0.002 0.012 0.078 0.106 0.019 0.001 0.778 15 V 0.002 0.002 0.010 0.247 0.654 0.039 0.001 0.047 16 R 0.009 0.004 0.008 0.190 0.313 0.031 0.001 0.443 17 K 0.012 0.047 0.018 0.134 0.478 0.076 0.002 0.234 18 H 0.072 0.096 0.012 0.126 0.313 0.054 0.007 0.319 19 R 0.093 0.177 0.018 0.080 0.157 0.068 0.016 0.391 20 F 0.148 0.145 0.016 0.034 0.087 0.071 0.034 0.465 21 C 0.254 0.186 0.045 0.042 0.099 0.051 0.025 0.298 22 P 0.014 0.026 0.007 0.006 0.013 0.010 0.002 0.923 23 R 0.070 0.051 0.015 0.014 0.030 0.057 0.012 0.752 24 C 0.388 0.057 0.021 0.007 0.013 0.051 0.025 0.438 25 G 0.211 0.088 0.035 0.024 0.030 0.100 0.018 0.493 26 P 0.005 0.010 0.008 0.002 0.004 0.016 0.001 0.954 27 G 0.083 0.084 0.048 0.026 0.049 0.187 0.017 0.506 28 V 0.337 0.117 0.060 0.032 0.036 0.073 0.010 0.334 29 F 0.032 0.341 0.150 0.104 0.113 0.068 0.004 0.187 30 L 0.031 0.366 0.069 0.111 0.222 0.042 0.005 0.155 31 A 0.040 0.493 0.063 0.094 0.176 0.016 0.005 0.113 32 E 0.032 0.471 0.026 0.043 0.094 0.072 0.027 0.236 33 H 0.229 0.288 0.020 0.038 0.067 0.048 0.066 0.244 34 A 0.091 0.249 0.050 0.033 0.045 0.069 0.040 0.424 35 D 0.076 0.130 0.029 0.049 0.047 0.188 0.042 0.441 36 R 0.335 0.084 0.028 0.020 0.022 0.056 0.038 0.416 37 Y 0.110 0.151 0.070 0.039 0.042 0.109 0.022 0.456 38 S 0.112 0.090 0.039 0.054 0.060 0.303 0.022 0.320 39 C 0.158 0.072 0.050 0.028 0.047 0.054 0.017 0.574 40 G 0.072 0.052 0.082 0.084 0.105 0.088 0.013 0.505 41 R 0.055 0.023 0.047 0.060 0.058 0.189 0.007 0.561 42 C 0.036 0.030 0.045 0.071 0.126 0.063 0.006 0.623 43 G 0.042 0.035 0.049 0.072 0.157 0.129 0.008 0.507 44 Y 0.053 0.039 0.048 0.082 0.120 0.090 0.005 0.565 45 T 0.035 0.061 0.039 0.098 0.181 0.084 0.005 0.497 46 E 0.044 0.091 0.032 0.112 0.187 0.085 0.005 0.445 47 F 0.044 0.207 0.037 0.106 0.225 0.088 0.007 0.285 48 K 0.061 0.320 0.021 0.077 0.161 0.106 0.010 0.243 49 K 0.086 0.368 0.017 0.048 0.111 0.067 0.016 0.287 50 A 0.094 0.403 0.018 0.028 0.058 0.071 0.023 0.305 51 K 0.111 0.326 0.016 0.023 0.037 0.064 0.032 0.390 52 K 0.116 0.296 0.018 0.018 0.029 0.076 0.031 0.415 53 S 0.133 0.269 0.025 0.021 0.029 0.092 0.036 0.396 54 K 0.194 0.153 0.028 0.018 0.024 0.052 0.034 0.496 55 S 0.103 0.099 0.037 0.021 0.024 0.084 0.018 0.615