# TARGET T0480 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0480.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 11.353 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.510 0.206 0.160 0.083 0.032 0.008 0.001 2 Q 0.563 0.246 0.135 0.042 0.011 0.003 0.001 3 K 0.340 0.242 0.182 0.134 0.076 0.025 0.002 4 R 0.308 0.229 0.230 0.178 0.045 0.010 0.001 5 E 0.484 0.303 0.167 0.035 0.008 0.003 0.001 6 L 0.077 0.149 0.232 0.288 0.198 0.054 0.001 7 Y 0.035 0.061 0.115 0.320 0.338 0.128 0.003 8 E 0.238 0.477 0.224 0.047 0.013 0.002 0.001 9 I 0.075 0.110 0.211 0.493 0.096 0.014 0.001 10 A 0.676 0.217 0.092 0.012 0.003 0.001 0.001 11 D 0.754 0.189 0.045 0.011 0.001 0.001 0.001 12 G 0.797 0.153 0.043 0.005 0.001 0.001 0.001 13 K 0.327 0.468 0.151 0.046 0.007 0.001 0.001 14 L 0.047 0.071 0.162 0.318 0.344 0.058 0.001 15 V 0.178 0.381 0.229 0.165 0.041 0.007 0.001 16 R 0.228 0.270 0.225 0.171 0.092 0.014 0.001 17 K 0.283 0.283 0.217 0.142 0.061 0.014 0.001 18 H 0.212 0.224 0.215 0.225 0.097 0.025 0.001 19 R 0.472 0.286 0.161 0.059 0.017 0.004 0.001 20 F 0.326 0.274 0.196 0.126 0.060 0.017 0.001 21 C 0.235 0.190 0.186 0.211 0.129 0.046 0.003 22 P 0.437 0.255 0.158 0.098 0.036 0.014 0.001 23 R 0.542 0.235 0.138 0.050 0.023 0.009 0.002 24 C 0.200 0.192 0.189 0.219 0.130 0.059 0.012 25 G 0.252 0.249 0.202 0.143 0.083 0.056 0.015 26 P 0.133 0.175 0.174 0.176 0.173 0.128 0.041 27 G 0.020 0.046 0.074 0.154 0.256 0.292 0.158 28 V 0.007 0.012 0.031 0.051 0.121 0.411 0.367 29 F 0.005 0.010 0.021 0.054 0.128 0.395 0.386 30 L 0.005 0.006 0.012 0.035 0.107 0.330 0.505 31 A 0.004 0.006 0.013 0.033 0.130 0.404 0.410 32 E 0.016 0.067 0.165 0.288 0.207 0.165 0.092 33 H 0.020 0.041 0.074 0.174 0.296 0.309 0.085 34 A 0.095 0.177 0.200 0.226 0.157 0.112 0.033 35 D 0.240 0.261 0.197 0.147 0.089 0.054 0.011 36 R 0.141 0.167 0.184 0.222 0.174 0.095 0.017 37 Y 0.174 0.173 0.180 0.198 0.151 0.105 0.019 38 S 0.283 0.250 0.181 0.134 0.083 0.055 0.014 39 C 0.236 0.162 0.156 0.172 0.142 0.101 0.030 40 G 0.203 0.187 0.155 0.173 0.135 0.110 0.037 41 R 0.232 0.218 0.194 0.162 0.102 0.068 0.023 42 C 0.169 0.140 0.146 0.196 0.181 0.127 0.040 43 G 0.162 0.189 0.176 0.186 0.151 0.106 0.031 44 Y 0.115 0.106 0.150 0.205 0.223 0.172 0.029 45 T 0.202 0.221 0.207 0.182 0.116 0.064 0.008 46 E 0.194 0.270 0.260 0.161 0.078 0.034 0.003 47 F 0.144 0.147 0.209 0.252 0.185 0.060 0.002 48 K 0.306 0.326 0.220 0.114 0.029 0.005 0.001 49 K 0.705 0.224 0.057 0.012 0.002 0.001 0.001 50 A 0.743 0.197 0.049 0.010 0.002 0.001 0.001 51 K 0.693 0.248 0.046 0.011 0.001 0.001 0.001 52 K 0.709 0.225 0.055 0.009 0.001 0.001 0.001 53 S 0.663 0.269 0.052 0.015 0.002 0.001 0.001 54 K 0.664 0.259 0.055 0.020 0.002 0.001 0.001 55 S 0.729 0.191 0.065 0.013 0.002 0.001 0.001