# TARGET T0480 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB8-sep9-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 14 (1 CB8-sep9 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0480.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 11.353 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.198 0.114 0.104 0.135 0.145 0.114 0.079 0.055 0.027 0.015 0.008 0.004 0.002 0.001 2 Q 0.331 0.160 0.172 0.117 0.082 0.053 0.039 0.019 0.015 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 3 K 0.129 0.097 0.108 0.143 0.157 0.133 0.097 0.053 0.047 0.021 0.009 0.004 0.001 0.001 4 R 0.126 0.114 0.127 0.145 0.152 0.119 0.079 0.052 0.046 0.020 0.015 0.005 0.002 0.001 5 E 0.263 0.198 0.174 0.114 0.083 0.080 0.035 0.023 0.016 0.007 0.005 0.001 0.001 0.001 6 L 0.042 0.055 0.069 0.133 0.145 0.164 0.116 0.099 0.096 0.043 0.017 0.014 0.007 0.002 7 Y 0.067 0.059 0.060 0.138 0.170 0.160 0.140 0.106 0.055 0.022 0.014 0.006 0.002 0.001 8 E 0.278 0.225 0.232 0.109 0.059 0.051 0.019 0.009 0.011 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 9 I 0.122 0.111 0.109 0.186 0.214 0.123 0.060 0.043 0.019 0.006 0.003 0.002 0.001 0.001 10 A 0.334 0.201 0.233 0.112 0.056 0.030 0.019 0.006 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 11 D 0.629 0.175 0.087 0.043 0.023 0.022 0.016 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 12 G 0.639 0.115 0.150 0.041 0.025 0.012 0.014 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 13 K 0.293 0.188 0.211 0.123 0.093 0.052 0.021 0.008 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 14 L 0.133 0.085 0.072 0.153 0.187 0.143 0.109 0.069 0.026 0.015 0.005 0.002 0.001 0.001 15 V 0.260 0.134 0.138 0.149 0.139 0.074 0.050 0.026 0.018 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 16 R 0.368 0.136 0.107 0.110 0.097 0.071 0.052 0.026 0.016 0.011 0.004 0.002 0.001 0.001 17 K 0.267 0.128 0.125 0.130 0.126 0.086 0.072 0.028 0.021 0.011 0.005 0.001 0.001 0.001 18 H 0.258 0.143 0.129 0.133 0.123 0.097 0.055 0.029 0.017 0.011 0.003 0.001 0.001 0.001 19 R 0.419 0.171 0.107 0.103 0.074 0.056 0.035 0.016 0.010 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 20 F 0.199 0.140 0.121 0.152 0.148 0.111 0.059 0.033 0.020 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 21 C 0.136 0.114 0.122 0.161 0.163 0.123 0.077 0.051 0.029 0.014 0.006 0.003 0.001 0.001 22 P 0.268 0.182 0.149 0.147 0.101 0.068 0.039 0.019 0.015 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 23 R 0.200 0.193 0.171 0.147 0.111 0.085 0.040 0.023 0.018 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 24 C 0.056 0.066 0.080 0.130 0.174 0.157 0.133 0.092 0.052 0.029 0.019 0.008 0.004 0.002 25 G 0.084 0.092 0.120 0.143 0.151 0.125 0.103 0.070 0.056 0.030 0.017 0.006 0.002 0.002 26 P 0.038 0.036 0.045 0.078 0.112 0.128 0.145 0.140 0.104 0.077 0.049 0.028 0.015 0.007 27 G 0.015 0.015 0.021 0.040 0.074 0.106 0.132 0.144 0.145 0.126 0.075 0.065 0.028 0.014 28 V 0.012 0.009 0.015 0.023 0.044 0.065 0.107 0.127 0.157 0.153 0.124 0.089 0.051 0.025 29 F 0.013 0.010 0.012 0.020 0.038 0.059 0.096 0.123 0.146 0.152 0.152 0.105 0.050 0.025 30 L 0.010 0.014 0.018 0.033 0.063 0.088 0.127 0.140 0.150 0.126 0.103 0.063 0.037 0.027 31 A 0.015 0.015 0.016 0.031 0.057 0.086 0.124 0.140 0.147 0.136 0.122 0.061 0.035 0.015 32 E 0.060 0.079 0.105 0.134 0.151 0.136 0.115 0.095 0.058 0.032 0.021 0.007 0.003 0.003 33 H 0.047 0.051 0.065 0.115 0.159 0.148 0.131 0.108 0.085 0.046 0.023 0.013 0.006 0.003 34 A 0.095 0.108 0.108 0.166 0.171 0.140 0.089 0.058 0.038 0.016 0.006 0.003 0.001 0.001 35 D 0.286 0.188 0.148 0.113 0.083 0.087 0.040 0.022 0.019 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 36 R 0.155 0.119 0.102 0.133 0.160 0.132 0.089 0.050 0.032 0.017 0.007 0.004 0.001 0.001 37 Y 0.157 0.104 0.106 0.119 0.140 0.125 0.098 0.062 0.042 0.024 0.013 0.005 0.002 0.001 38 S 0.173 0.093 0.100 0.113 0.132 0.122 0.087 0.074 0.045 0.029 0.019 0.008 0.003 0.002 39 C 0.124 0.077 0.080 0.108 0.120 0.119 0.091 0.093 0.074 0.049 0.031 0.021 0.010 0.004 40 G 0.167 0.099 0.101 0.129 0.119 0.104 0.087 0.069 0.049 0.037 0.021 0.011 0.004 0.002 41 R 0.164 0.120 0.135 0.133 0.128 0.101 0.076 0.058 0.039 0.021 0.017 0.005 0.002 0.002 42 C 0.087 0.057 0.064 0.080 0.122 0.127 0.122 0.106 0.084 0.060 0.052 0.020 0.012 0.005 43 G 0.107 0.091 0.111 0.142 0.150 0.123 0.096 0.073 0.051 0.033 0.014 0.006 0.002 0.001 44 Y 0.069 0.057 0.069 0.103 0.140 0.127 0.126 0.115 0.082 0.055 0.033 0.015 0.006 0.003 45 T 0.128 0.093 0.105 0.121 0.131 0.118 0.091 0.078 0.062 0.037 0.022 0.009 0.003 0.002 46 E 0.146 0.123 0.133 0.159 0.142 0.109 0.079 0.053 0.029 0.015 0.008 0.003 0.001 0.001 47 F 0.114 0.091 0.089 0.141 0.165 0.135 0.105 0.074 0.049 0.020 0.011 0.004 0.002 0.001 48 K 0.274 0.187 0.175 0.142 0.094 0.062 0.033 0.016 0.011 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 49 K 0.538 0.183 0.115 0.071 0.039 0.027 0.017 0.004 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 50 A 0.519 0.178 0.133 0.075 0.047 0.024 0.017 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 51 K 0.672 0.143 0.104 0.038 0.022 0.010 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 52 K 0.706 0.147 0.075 0.034 0.018 0.009 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 53 S 0.669 0.138 0.079 0.047 0.033 0.014 0.015 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 54 K 0.551 0.162 0.142 0.058 0.040 0.024 0.015 0.003 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 55 S 0.600 0.153 0.096 0.055 0.041 0.026 0.019 0.003 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001