# TARGET T0474 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0474.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 16.4906 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.056 0.290 0.008 0.022 0.024 0.023 0.061 0.009 0.003 0.060 0.444 2 N 0.046 0.414 0.010 0.017 0.025 0.029 0.064 0.011 0.004 0.059 0.320 3 S 0.058 0.553 0.004 0.010 0.015 0.025 0.047 0.010 0.002 0.057 0.218 4 L 0.053 0.545 0.008 0.015 0.018 0.018 0.037 0.011 0.004 0.092 0.200 5 A 0.030 0.591 0.023 0.020 0.023 0.019 0.037 0.007 0.007 0.064 0.179 6 G 0.079 0.308 0.034 0.019 0.023 0.052 0.051 0.019 0.014 0.169 0.231 7 I 0.112 0.163 0.050 0.020 0.048 0.039 0.083 0.016 0.017 0.169 0.283 8 D 0.113 0.150 0.018 0.039 0.056 0.074 0.090 0.010 0.006 0.117 0.327 9 M 0.037 0.073 0.009 0.048 0.055 0.075 0.116 0.006 0.002 0.067 0.510 10 G 0.016 0.034 0.004 0.089 0.122 0.310 0.096 0.004 0.001 0.057 0.266 11 R 0.009 0.008 0.001 0.081 0.130 0.276 0.065 0.002 0.001 0.094 0.334 12 I 0.005 0.007 0.001 0.198 0.300 0.212 0.053 0.001 0.001 0.049 0.173 13 L 0.005 0.002 0.001 0.185 0.154 0.217 0.075 0.001 0.001 0.091 0.268 14 L 0.005 0.009 0.002 0.220 0.175 0.121 0.073 0.001 0.001 0.041 0.352 15 D 0.041 0.062 0.002 0.147 0.070 0.096 0.084 0.005 0.002 0.042 0.449 16 L 0.075 0.370 0.002 0.021 0.015 0.014 0.048 0.009 0.001 0.037 0.407 17 S 0.039 0.819 0.001 0.003 0.001 0.002 0.015 0.005 0.001 0.012 0.102 18 N 0.016 0.936 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.012 0.030 19 E 0.018 0.822 0.003 0.001 0.002 0.002 0.008 0.005 0.001 0.064 0.075 20 V 0.020 0.909 0.007 0.001 0.001 0.001 0.004 0.004 0.003 0.020 0.030 21 I 0.099 0.687 0.009 0.002 0.003 0.003 0.012 0.009 0.006 0.066 0.103 22 K 0.046 0.613 0.011 0.002 0.004 0.004 0.024 0.009 0.010 0.075 0.203 23 Q 0.019 0.842 0.004 0.001 0.001 0.001 0.008 0.003 0.004 0.012 0.105 24 L 0.081 0.755 0.006 0.001 0.001 0.001 0.011 0.012 0.005 0.037 0.090 25 D 0.039 0.778 0.005 0.001 0.001 0.001 0.019 0.007 0.004 0.042 0.103 26 D 0.036 0.809 0.003 0.001 0.001 0.001 0.017 0.004 0.002 0.039 0.087 27 L 0.083 0.578 0.018 0.006 0.003 0.003 0.027 0.009 0.007 0.136 0.128 28 E 0.174 0.123 0.052 0.013 0.006 0.011 0.062 0.016 0.024 0.205 0.313 29 V 0.301 0.041 0.011 0.007 0.003 0.005 0.053 0.010 0.007 0.046 0.516 30 Q 0.134 0.008 0.002 0.011 0.004 0.004 0.055 0.006 0.002 0.033 0.743 31 R 0.010 0.004 0.001 0.009 0.002 0.003 0.116 0.001 0.001 0.014 0.841 32 N 0.012 0.052 0.001 0.009 0.003 0.003 0.094 0.002 0.001 0.011 0.814 33 L 0.059 0.194 0.001 0.007 0.004 0.004 0.126 0.011 0.001 0.041 0.552 34 P 0.039 0.803 0.001 0.003 0.001 0.001 0.015 0.005 0.001 0.015 0.115 35 R 0.027 0.923 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.006 0.036 36 A 0.016 0.896 0.001 0.002 0.001 0.001 0.006 0.004 0.001 0.024 0.048 37 D 0.010 0.926 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.001 0.025 0.029 38 L 0.004 0.971 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.013 39 L 0.003 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.007 40 R 0.005 0.955 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 0.010 41 E 0.005 0.926 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.053 0.010 42 A 0.003 0.962 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.020 0.007 43 V 0.008 0.962 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.011 0.010 44 D 0.007 0.959 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.016 45 Q 0.021 0.454 0.006 0.002 0.001 0.001 0.016 0.004 0.004 0.406 0.084 46 Y 0.037 0.375 0.041 0.007 0.002 0.002 0.031 0.006 0.021 0.394 0.084 47 L 0.226 0.140 0.035 0.015 0.003 0.004 0.049 0.014 0.025 0.206 0.282 48 I 0.112 0.054 0.009 0.017 0.004 0.005 0.067 0.008 0.007 0.066 0.651 49 N 0.050 0.021 0.002 0.014 0.003 0.005 0.087 0.004 0.002 0.067 0.746 50 Q 0.037 0.049 0.003 0.013 0.004 0.004 0.122 0.005 0.002 0.052 0.710 51 S 0.085 0.164 0.001 0.009 0.003 0.004 0.091 0.006 0.001 0.038 0.597 52 Q 0.092 0.063 0.001 0.012 0.005 0.007 0.090 0.006 0.001 0.223 0.501 53 T 0.053 0.053 0.009 0.030 0.012 0.013 0.128 0.006 0.003 0.267 0.427 54 A 0.211 0.089 0.007 0.033 0.013 0.026 0.079 0.008 0.003 0.074 0.457 55 R 0.162 0.014 0.003 0.038 0.017 0.022 0.065 0.006 0.002 0.074 0.598 56 T 0.014 0.011 0.003 0.027 0.017 0.024 0.128 0.002 0.001 0.028 0.743 57 S 0.064 0.028 0.002 0.017 0.013 0.022 0.119 0.006 0.001 0.037 0.690 58 V 0.173 0.045 0.002 0.029 0.019 0.019 0.185 0.011 0.001 0.048 0.468 59 P 0.023 0.052 0.001 0.042 0.016 0.022 0.150 0.002 0.001 0.039 0.653 60 G 0.043 0.066 0.005 0.082 0.044 0.089 0.108 0.006 0.001 0.101 0.455 61 I 0.149 0.043 0.010 0.090 0.063 0.090 0.102 0.017 0.002 0.093 0.342 62 W 0.228 0.017 0.005 0.073 0.045 0.058 0.065 0.011 0.002 0.072 0.426 63 Q 0.083 0.008 0.001 0.050 0.037 0.037 0.105 0.004 0.001 0.027 0.647 64 G 0.017 0.010 0.001 0.029 0.018 0.028 0.103 0.002 0.001 0.020 0.771 65 C 0.037 0.034 0.003 0.022 0.034 0.032 0.125 0.006 0.001 0.035 0.672 66 E 0.159 0.112 0.002 0.018 0.031 0.048 0.093 0.014 0.001 0.049 0.472 67 E 0.063 0.177 0.001 0.016 0.023 0.021 0.069 0.004 0.001 0.045 0.579 68 D 0.023 0.393 0.002 0.028 0.030 0.035 0.067 0.004 0.001 0.052 0.366 69 G 0.013 0.774 0.002 0.008 0.011 0.022 0.019 0.004 0.001 0.027 0.120 70 V 0.018 0.865 0.002 0.004 0.014 0.012 0.008 0.004 0.001 0.024 0.048 71 E 0.012 0.877 0.003 0.004 0.013 0.013 0.006 0.003 0.001 0.029 0.040 72 Y 0.011 0.895 0.004 0.002 0.005 0.006 0.007 0.002 0.002 0.022 0.043 73 Q 0.029 0.877 0.007 0.002 0.004 0.005 0.006 0.006 0.004 0.024 0.036 74 R 0.063 0.773 0.007 0.002 0.007 0.009 0.010 0.007 0.006 0.041 0.075 75 K 0.052 0.644 0.010 0.003 0.010 0.013 0.021 0.006 0.006 0.063 0.171 76 L 0.099 0.246 0.024 0.006 0.016 0.023 0.051 0.014 0.011 0.155 0.355 77 R 0.218 0.116 0.020 0.009 0.014 0.024 0.065 0.012 0.012 0.117 0.394 78 E 0.111 0.045 0.004 0.009 0.013 0.023 0.078 0.005 0.003 0.042 0.667 79 E 0.016 0.024 0.002 0.009 0.017 0.017 0.091 0.002 0.001 0.031 0.791 80 W 0.032 0.024 0.003 0.018 0.023 0.042 0.147 0.003 0.001 0.077 0.629 81 M 0.056 0.290 0.008 0.022 0.024 0.023 0.061 0.009 0.003 0.060 0.444 82 N 0.046 0.414 0.010 0.017 0.025 0.029 0.064 0.011 0.004 0.059 0.320 83 S 0.058 0.553 0.004 0.010 0.015 0.025 0.047 0.010 0.002 0.057 0.218 84 L 0.053 0.545 0.008 0.015 0.018 0.018 0.037 0.011 0.004 0.092 0.200 85 A 0.030 0.591 0.023 0.020 0.023 0.019 0.037 0.007 0.007 0.064 0.179 86 G 0.079 0.308 0.034 0.019 0.023 0.052 0.051 0.019 0.014 0.169 0.231 87 I 0.112 0.163 0.050 0.020 0.048 0.039 0.083 0.016 0.017 0.169 0.283 88 D 0.113 0.150 0.018 0.039 0.056 0.074 0.090 0.010 0.006 0.117 0.327 89 M 0.037 0.073 0.009 0.048 0.055 0.075 0.116 0.006 0.002 0.067 0.510 90 G 0.016 0.034 0.004 0.089 0.122 0.310 0.096 0.004 0.001 0.057 0.266 91 R 0.009 0.008 0.001 0.081 0.130 0.276 0.065 0.002 0.001 0.094 0.334 92 I 0.005 0.007 0.001 0.198 0.300 0.212 0.053 0.001 0.001 0.049 0.173 93 L 0.005 0.002 0.001 0.185 0.154 0.217 0.075 0.001 0.001 0.091 0.268 94 L 0.005 0.009 0.002 0.220 0.175 0.121 0.073 0.001 0.001 0.041 0.352 95 D 0.041 0.062 0.002 0.147 0.070 0.096 0.084 0.005 0.002 0.042 0.449 96 L 0.075 0.370 0.002 0.021 0.015 0.014 0.048 0.009 0.001 0.037 0.407 97 S 0.039 0.819 0.001 0.003 0.001 0.002 0.015 0.005 0.001 0.012 0.102 98 N 0.016 0.936 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.012 0.030 99 E 0.018 0.822 0.003 0.001 0.002 0.002 0.008 0.005 0.001 0.064 0.075 100 V 0.020 0.909 0.007 0.001 0.001 0.001 0.004 0.004 0.003 0.020 0.030 101 I 0.099 0.687 0.009 0.002 0.003 0.003 0.012 0.009 0.006 0.066 0.103 102 K 0.046 0.613 0.011 0.002 0.004 0.004 0.024 0.009 0.010 0.075 0.203 103 Q 0.019 0.842 0.004 0.001 0.001 0.001 0.008 0.003 0.004 0.012 0.105 104 L 0.081 0.755 0.006 0.001 0.001 0.001 0.011 0.012 0.005 0.037 0.090 105 D 0.039 0.778 0.005 0.001 0.001 0.001 0.019 0.007 0.004 0.042 0.103 106 D 0.036 0.809 0.003 0.001 0.001 0.001 0.017 0.004 0.002 0.039 0.087 107 L 0.083 0.578 0.018 0.006 0.003 0.003 0.027 0.009 0.007 0.136 0.128 108 E 0.174 0.123 0.052 0.013 0.006 0.011 0.062 0.016 0.024 0.205 0.313 109 V 0.301 0.041 0.011 0.007 0.003 0.005 0.053 0.010 0.007 0.046 0.516 110 Q 0.134 0.008 0.002 0.011 0.004 0.004 0.055 0.006 0.002 0.033 0.743 111 R 0.010 0.004 0.001 0.009 0.002 0.003 0.116 0.001 0.001 0.014 0.841 112 N 0.012 0.052 0.001 0.009 0.003 0.003 0.094 0.002 0.001 0.011 0.814 113 L 0.059 0.194 0.001 0.007 0.004 0.004 0.126 0.011 0.001 0.041 0.552 114 P 0.039 0.803 0.001 0.003 0.001 0.001 0.015 0.005 0.001 0.015 0.115 115 R 0.027 0.923 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.006 0.036 116 A 0.016 0.896 0.001 0.002 0.001 0.001 0.006 0.004 0.001 0.024 0.048 117 D 0.010 0.926 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.001 0.025 0.029 118 L 0.004 0.971 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.013 119 L 0.003 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.007 120 R 0.005 0.955 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 0.010 121 E 0.005 0.926 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.053 0.010 122 A 0.003 0.962 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.020 0.007 123 V 0.008 0.962 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.011 0.010 124 D 0.007 0.959 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.016 125 Q 0.021 0.454 0.006 0.002 0.001 0.001 0.016 0.004 0.004 0.406 0.084 126 Y 0.037 0.375 0.041 0.007 0.002 0.002 0.031 0.006 0.021 0.394 0.084 127 L 0.226 0.140 0.035 0.015 0.003 0.004 0.049 0.014 0.025 0.206 0.282 128 I 0.112 0.054 0.009 0.017 0.004 0.005 0.067 0.008 0.007 0.066 0.651 129 N 0.050 0.021 0.002 0.014 0.003 0.005 0.087 0.004 0.002 0.067 0.746 130 Q 0.037 0.049 0.003 0.013 0.004 0.004 0.122 0.005 0.002 0.052 0.710 131 S 0.085 0.164 0.001 0.009 0.003 0.004 0.091 0.006 0.001 0.038 0.597 132 Q 0.092 0.063 0.001 0.012 0.005 0.007 0.090 0.006 0.001 0.223 0.501 133 T 0.053 0.053 0.009 0.030 0.012 0.013 0.128 0.006 0.003 0.267 0.427 134 A 0.211 0.089 0.007 0.033 0.013 0.026 0.079 0.008 0.003 0.074 0.457 135 R 0.162 0.014 0.003 0.038 0.017 0.022 0.065 0.006 0.002 0.074 0.598 136 T 0.014 0.011 0.003 0.027 0.017 0.024 0.128 0.002 0.001 0.028 0.743 137 S 0.064 0.028 0.002 0.017 0.013 0.022 0.119 0.006 0.001 0.037 0.690 138 V 0.173 0.045 0.002 0.029 0.019 0.019 0.185 0.011 0.001 0.048 0.468 139 P 0.023 0.052 0.001 0.042 0.016 0.022 0.150 0.002 0.001 0.039 0.653 140 G 0.043 0.066 0.005 0.082 0.044 0.089 0.108 0.006 0.001 0.101 0.455 141 I 0.149 0.043 0.010 0.090 0.063 0.090 0.102 0.017 0.002 0.093 0.342 142 W 0.228 0.017 0.005 0.073 0.045 0.058 0.065 0.011 0.002 0.072 0.426 143 Q 0.083 0.008 0.001 0.050 0.037 0.037 0.105 0.004 0.001 0.027 0.647 144 G 0.017 0.010 0.001 0.029 0.018 0.028 0.103 0.002 0.001 0.020 0.771 145 C 0.037 0.034 0.003 0.022 0.034 0.032 0.125 0.006 0.001 0.035 0.672 146 E 0.159 0.112 0.002 0.018 0.031 0.048 0.093 0.014 0.001 0.049 0.472 147 E 0.063 0.177 0.001 0.016 0.023 0.021 0.069 0.004 0.001 0.045 0.579 148 D 0.023 0.393 0.002 0.028 0.030 0.035 0.067 0.004 0.001 0.052 0.366 149 G 0.013 0.774 0.002 0.008 0.011 0.022 0.019 0.004 0.001 0.027 0.120 150 V 0.018 0.865 0.002 0.004 0.014 0.012 0.008 0.004 0.001 0.024 0.048 151 E 0.012 0.877 0.003 0.004 0.013 0.013 0.006 0.003 0.001 0.029 0.040 152 Y 0.011 0.895 0.004 0.002 0.005 0.006 0.007 0.002 0.002 0.022 0.043 153 Q 0.029 0.877 0.007 0.002 0.004 0.005 0.006 0.006 0.004 0.024 0.036 154 R 0.063 0.773 0.007 0.002 0.007 0.009 0.010 0.007 0.006 0.041 0.075 155 K 0.052 0.644 0.010 0.003 0.010 0.013 0.021 0.006 0.006 0.063 0.171 156 L 0.099 0.246 0.024 0.006 0.016 0.023 0.051 0.014 0.011 0.155 0.355 157 R 0.218 0.116 0.020 0.009 0.014 0.024 0.065 0.012 0.012 0.117 0.394 158 E 0.111 0.045 0.004 0.009 0.013 0.023 0.078 0.005 0.003 0.042 0.667 159 E 0.016 0.024 0.002 0.009 0.017 0.017 0.091 0.002 0.001 0.031 0.791 160 W 0.032 0.024 0.003 0.018 0.023 0.042 0.147 0.003 0.001 0.077 0.629