# TARGET T0472 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str4-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 21 (1 str4 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0472.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 12.8112 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M P Q R S T U V W 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.027 0.035 0.066 0.095 0.112 0.010 0.137 0.066 0.014 0.006 0.006 0.005 0.010 0.009 0.039 0.019 0.096 0.083 0.090 0.073 0.003 2 S 0.026 0.033 0.049 0.066 0.128 0.006 0.128 0.046 0.007 0.002 0.004 0.005 0.009 0.008 0.032 0.033 0.149 0.031 0.070 0.164 0.005 3 G 0.034 0.050 0.082 0.096 0.113 0.008 0.134 0.050 0.004 0.002 0.004 0.005 0.009 0.009 0.053 0.026 0.073 0.064 0.054 0.125 0.006 4 W 0.044 0.097 0.046 0.071 0.230 0.005 0.085 0.058 0.004 0.002 0.012 0.010 0.024 0.016 0.030 0.070 0.074 0.032 0.041 0.036 0.014 5 Y 0.105 0.161 0.176 0.103 0.104 0.004 0.028 0.074 0.003 0.001 0.010 0.010 0.025 0.018 0.088 0.019 0.011 0.012 0.017 0.015 0.016 6 E 0.197 0.263 0.053 0.112 0.223 0.002 0.008 0.022 0.003 0.001 0.010 0.010 0.024 0.015 0.013 0.015 0.004 0.004 0.007 0.004 0.013 7 L 0.246 0.253 0.045 0.111 0.203 0.002 0.006 0.012 0.002 0.001 0.007 0.010 0.026 0.011 0.025 0.008 0.003 0.003 0.004 0.003 0.016 8 S 0.177 0.220 0.124 0.185 0.167 0.002 0.008 0.009 0.001 0.001 0.006 0.006 0.014 0.005 0.027 0.007 0.004 0.007 0.009 0.012 0.008 9 K 0.106 0.118 0.063 0.103 0.467 0.002 0.011 0.006 0.001 0.001 0.003 0.003 0.008 0.001 0.016 0.010 0.016 0.018 0.019 0.024 0.006 10 S 0.063 0.058 0.198 0.174 0.176 0.002 0.030 0.007 0.001 0.003 0.002 0.001 0.003 0.001 0.040 0.004 0.039 0.044 0.047 0.104 0.002 11 S 0.009 0.008 0.146 0.181 0.154 0.001 0.103 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.003 0.191 0.019 0.035 0.130 0.001 12 N 0.004 0.008 0.052 0.046 0.070 0.001 0.573 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 0.127 0.038 0.012 0.060 0.001 13 D 0.026 0.021 0.206 0.067 0.160 0.001 0.248 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.007 0.004 0.040 0.125 0.023 0.069 0.001 14 Q 0.058 0.082 0.158 0.068 0.538 0.001 0.019 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.006 0.001 0.009 0.004 0.013 0.015 0.006 0.015 0.003 15 F 0.198 0.298 0.089 0.058 0.278 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.005 0.007 0.019 0.003 0.016 0.004 0.001 0.003 0.003 0.003 0.008 16 K 0.275 0.370 0.044 0.069 0.131 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.013 0.045 0.006 0.018 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 17 F 0.384 0.442 0.014 0.039 0.060 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.008 0.023 0.005 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 18 V 0.363 0.445 0.012 0.038 0.075 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.009 0.020 0.007 0.012 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 19 L 0.408 0.386 0.021 0.052 0.050 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.010 0.021 0.009 0.016 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 20 K 0.340 0.286 0.040 0.063 0.179 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.008 0.020 0.007 0.022 0.009 0.001 0.003 0.003 0.002 0.009 21 A 0.250 0.260 0.055 0.099 0.157 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.007 0.007 0.015 0.012 0.065 0.010 0.008 0.012 0.013 0.012 0.007 22 G 0.109 0.054 0.153 0.131 0.200 0.001 0.030 0.001 0.001 0.002 0.006 0.006 0.009 0.008 0.129 0.013 0.035 0.015 0.027 0.068 0.002 23 N 0.016 0.026 0.057 0.149 0.105 0.001 0.115 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.004 0.047 0.047 0.123 0.034 0.060 0.204 0.005 24 G 0.029 0.041 0.033 0.014 0.242 0.002 0.218 0.002 0.001 0.001 0.006 0.010 0.015 0.011 0.063 0.057 0.087 0.108 0.019 0.032 0.009 25 E 0.116 0.104 0.278 0.077 0.061 0.002 0.019 0.004 0.001 0.001 0.018 0.020 0.038 0.050 0.104 0.025 0.009 0.015 0.018 0.021 0.018 26 V 0.123 0.124 0.013 0.013 0.430 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.018 0.025 0.048 0.082 0.024 0.055 0.003 0.003 0.009 0.003 0.022 27 I 0.119 0.163 0.054 0.058 0.022 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.036 0.038 0.114 0.132 0.213 0.007 0.002 0.001 0.004 0.002 0.026 28 L 0.136 0.138 0.016 0.032 0.092 0.001 0.004 0.004 0.007 0.001 0.053 0.074 0.173 0.171 0.023 0.038 0.004 0.002 0.005 0.006 0.020 29 T 0.158 0.182 0.032 0.051 0.105 0.001 0.010 0.008 0.004 0.001 0.023 0.030 0.052 0.134 0.112 0.036 0.018 0.007 0.011 0.012 0.012 30 S 0.061 0.079 0.038 0.056 0.104 0.006 0.040 0.038 0.003 0.002 0.012 0.017 0.023 0.053 0.157 0.095 0.057 0.029 0.045 0.078 0.007 31 E 0.037 0.043 0.056 0.055 0.083 0.011 0.075 0.063 0.003 0.003 0.008 0.008 0.015 0.020 0.116 0.055 0.188 0.040 0.054 0.066 0.002 32 L 0.017 0.026 0.036 0.036 0.072 0.016 0.220 0.135 0.003 0.002 0.005 0.005 0.012 0.010 0.046 0.031 0.158 0.053 0.055 0.060 0.002 33 Y 0.018 0.017 0.049 0.036 0.061 0.015 0.137 0.207 0.006 0.003 0.003 0.003 0.005 0.005 0.040 0.012 0.127 0.092 0.093 0.072 0.001 34 T 0.007 0.009 0.038 0.052 0.073 0.009 0.087 0.190 0.006 0.001 0.003 0.003 0.007 0.004 0.021 0.017 0.300 0.027 0.048 0.097 0.001 35 G 0.016 0.017 0.025 0.045 0.081 0.010 0.122 0.246 0.006 0.002 0.001 0.001 0.003 0.003 0.017 0.015 0.138 0.060 0.075 0.117 0.001 36 K 0.004 0.004 0.013 0.030 0.030 0.006 0.041 0.256 0.004 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.014 0.008 0.487 0.025 0.032 0.040 0.001 37 S 0.007 0.006 0.013 0.013 0.020 0.017 0.138 0.557 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.009 0.005 0.101 0.035 0.027 0.042 0.001 38 G 0.006 0.006 0.008 0.006 0.021 0.021 0.078 0.647 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.002 0.053 0.062 0.051 0.023 0.001 39 A 0.003 0.003 0.008 0.009 0.017 0.009 0.048 0.704 0.009 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.006 0.003 0.137 0.010 0.014 0.013 0.001 40 M 0.002 0.003 0.024 0.027 0.013 0.015 0.188 0.345 0.069 0.014 0.001 0.001 0.002 0.002 0.019 0.003 0.214 0.015 0.022 0.021 0.001 41 N 0.002 0.002 0.004 0.006 0.014 0.011 0.510 0.244 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.004 0.100 0.018 0.015 0.052 0.001 42 G 0.004 0.004 0.012 0.015 0.024 0.009 0.056 0.314 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 0.010 0.059 0.343 0.067 0.064 0.001 43 I 0.004 0.006 0.013 0.010 0.038 0.005 0.017 0.409 0.006 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.011 0.021 0.298 0.024 0.084 0.046 0.001 44 E 0.003 0.003 0.025 0.013 0.009 0.013 0.033 0.687 0.005 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.042 0.004 0.121 0.006 0.011 0.013 0.001 45 S 0.007 0.006 0.004 0.007 0.032 0.018 0.071 0.720 0.004 0.002 0.001 0.001 0.002 0.006 0.008 0.010 0.032 0.027 0.032 0.013 0.001 46 V 0.003 0.003 0.010 0.009 0.010 0.007 0.025 0.659 0.011 0.005 0.001 0.001 0.003 0.007 0.041 0.006 0.149 0.021 0.020 0.009 0.001 47 Q 0.003 0.003 0.013 0.011 0.017 0.018 0.125 0.510 0.016 0.005 0.002 0.001 0.003 0.006 0.020 0.013 0.172 0.015 0.025 0.023 0.001 48 T 0.003 0.003 0.012 0.014 0.015 0.032 0.330 0.189 0.012 0.003 0.001 0.001 0.002 0.006 0.021 0.008 0.203 0.069 0.037 0.038 0.001 49 N 0.002 0.002 0.009 0.010 0.050 0.010 0.152 0.104 0.013 0.003 0.001 0.001 0.003 0.006 0.013 0.036 0.223 0.160 0.100 0.102 0.001 50 S 0.001 0.001 0.022 0.015 0.007 0.002 0.012 0.035 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.011 0.200 0.045 0.244 0.379 0.001 51 P 0.001 0.001 0.005 0.006 0.039 0.005 0.035 0.079 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.024 0.430 0.046 0.105 0.216 0.001 52 I 0.001 0.001 0.008 0.011 0.010 0.017 0.187 0.160 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.020 0.004 0.391 0.046 0.065 0.072 0.001 53 E 0.001 0.001 0.013 0.011 0.016 0.012 0.325 0.137 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.008 0.307 0.046 0.055 0.053 0.001 54 A 0.002 0.002 0.025 0.015 0.034 0.012 0.359 0.100 0.006 0.002 0.001 0.001 0.002 0.003 0.015 0.012 0.201 0.065 0.059 0.084 0.001 55 R 0.004 0.004 0.044 0.041 0.048 0.006 0.130 0.060 0.004 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.017 0.015 0.225 0.094 0.129 0.171 0.001