# TARGET T0472 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0472.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 12.8112 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.543 0.230 0.104 0.074 0.037 0.011 0.001 2 S 0.690 0.210 0.064 0.025 0.009 0.002 0.001 3 G 0.559 0.288 0.099 0.042 0.009 0.002 0.001 4 W 0.264 0.312 0.242 0.128 0.044 0.010 0.001 5 Y 0.066 0.082 0.165 0.279 0.309 0.095 0.004 6 E 0.132 0.350 0.280 0.153 0.070 0.015 0.001 7 L 0.050 0.104 0.219 0.303 0.241 0.082 0.002 8 S 0.242 0.369 0.257 0.099 0.029 0.003 0.001 9 K 0.488 0.344 0.117 0.043 0.007 0.001 0.001 10 S 0.618 0.244 0.095 0.035 0.007 0.001 0.001 11 S 0.720 0.225 0.042 0.011 0.002 0.001 0.001 12 N 0.736 0.224 0.031 0.007 0.001 0.001 0.001 13 D 0.629 0.303 0.053 0.013 0.002 0.001 0.001 14 Q 0.218 0.436 0.240 0.080 0.023 0.003 0.001 15 F 0.014 0.050 0.128 0.290 0.383 0.129 0.007 16 K 0.008 0.079 0.266 0.408 0.179 0.057 0.003 17 F 0.003 0.011 0.020 0.049 0.217 0.600 0.101 18 V 0.004 0.033 0.144 0.339 0.279 0.177 0.024 19 L 0.004 0.013 0.027 0.088 0.255 0.493 0.121 20 K 0.011 0.073 0.217 0.310 0.246 0.128 0.015 21 A 0.036 0.082 0.152 0.277 0.294 0.146 0.013 22 G 0.183 0.336 0.258 0.139 0.062 0.021 0.002 23 N 0.194 0.261 0.213 0.190 0.098 0.040 0.005 24 G 0.153 0.196 0.200 0.208 0.166 0.068 0.009 25 E 0.147 0.237 0.206 0.195 0.132 0.073 0.010 26 V 0.064 0.095 0.129 0.192 0.250 0.216 0.053 27 I 0.064 0.061 0.091 0.168 0.215 0.273 0.127 28 L 0.051 0.067 0.104 0.158 0.222 0.270 0.127 29 T 0.077 0.111 0.141 0.192 0.223 0.179 0.078 30 S 0.103 0.139 0.145 0.180 0.204 0.181 0.049 31 E 0.154 0.272 0.206 0.179 0.126 0.056 0.007 32 L 0.091 0.169 0.204 0.240 0.195 0.092 0.009 33 Y 0.083 0.116 0.214 0.276 0.237 0.070 0.004 34 T 0.449 0.341 0.133 0.055 0.018 0.004 0.001 35 G 0.319 0.247 0.218 0.148 0.054 0.013 0.001 36 K 0.348 0.283 0.209 0.120 0.032 0.007 0.001 37 S 0.472 0.295 0.139 0.068 0.021 0.004 0.001 38 G 0.275 0.341 0.207 0.119 0.046 0.011 0.001 39 A 0.063 0.092 0.162 0.264 0.287 0.123 0.009 40 M 0.119 0.262 0.286 0.214 0.091 0.027 0.001 41 N 0.125 0.283 0.280 0.195 0.089 0.027 0.003 42 G 0.020 0.046 0.098 0.218 0.281 0.277 0.060 43 I 0.008 0.018 0.035 0.082 0.265 0.465 0.126 44 E 0.034 0.168 0.270 0.269 0.150 0.092 0.016 45 S 0.013 0.043 0.102 0.212 0.343 0.234 0.053 46 V 0.007 0.017 0.029 0.074 0.224 0.526 0.122 47 Q 0.049 0.145 0.253 0.295 0.184 0.069 0.006 48 T 0.174 0.331 0.262 0.163 0.049 0.019 0.001 49 N 0.107 0.160 0.261 0.263 0.159 0.049 0.002 50 S 0.185 0.160 0.183 0.230 0.176 0.064 0.003 51 P 0.417 0.308 0.164 0.074 0.031 0.007 0.001 52 I 0.674 0.230 0.063 0.025 0.007 0.001 0.001 53 E 0.797 0.169 0.024 0.007 0.002 0.001 0.001 54 A 0.738 0.178 0.052 0.024 0.007 0.001 0.001 55 R 0.680 0.193 0.077 0.035 0.012 0.003 0.001