# TARGET T0472 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0472.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 15.5899 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.167 0.159 0.006 0.016 0.028 0.033 0.065 0.013 0.002 0.048 0.464 2 S 0.038 0.110 0.002 0.014 0.045 0.062 0.096 0.004 0.001 0.057 0.570 3 G 0.037 0.188 0.003 0.025 0.079 0.153 0.072 0.006 0.001 0.074 0.363 4 W 0.028 0.075 0.003 0.030 0.177 0.180 0.075 0.006 0.001 0.092 0.332 5 Y 0.022 0.052 0.003 0.038 0.202 0.296 0.059 0.004 0.001 0.081 0.244 6 E 0.020 0.024 0.002 0.043 0.223 0.263 0.051 0.002 0.001 0.073 0.299 7 L 0.017 0.010 0.002 0.059 0.234 0.275 0.049 0.002 0.001 0.076 0.276 8 S 0.038 0.008 0.003 0.051 0.135 0.224 0.097 0.002 0.002 0.081 0.358 9 K 0.055 0.011 0.004 0.023 0.060 0.088 0.112 0.003 0.002 0.040 0.602 10 S 0.285 0.010 0.003 0.011 0.024 0.038 0.102 0.004 0.002 0.056 0.465 11 S 0.152 0.009 0.001 0.007 0.012 0.019 0.095 0.002 0.001 0.030 0.672 12 N 0.021 0.008 0.001 0.007 0.014 0.024 0.128 0.001 0.001 0.030 0.765 13 D 0.008 0.010 0.001 0.017 0.066 0.130 0.136 0.001 0.001 0.048 0.584 14 Q 0.004 0.009 0.001 0.029 0.183 0.350 0.064 0.001 0.001 0.046 0.314 15 F 0.002 0.006 0.001 0.035 0.309 0.495 0.030 0.001 0.001 0.026 0.095 16 K 0.001 0.011 0.001 0.064 0.444 0.385 0.016 0.001 0.001 0.018 0.061 17 F 0.001 0.008 0.001 0.053 0.267 0.622 0.009 0.001 0.001 0.017 0.023 18 V 0.003 0.016 0.001 0.077 0.334 0.483 0.016 0.001 0.001 0.029 0.041 19 L 0.011 0.021 0.003 0.063 0.328 0.441 0.018 0.001 0.001 0.047 0.068 20 K 0.058 0.019 0.008 0.061 0.187 0.277 0.080 0.003 0.003 0.132 0.173 21 A 0.082 0.018 0.007 0.054 0.096 0.145 0.089 0.004 0.003 0.080 0.421 22 G 0.105 0.019 0.002 0.031 0.058 0.076 0.111 0.004 0.001 0.040 0.554 23 N 0.024 0.016 0.001 0.021 0.055 0.133 0.096 0.002 0.001 0.036 0.616 24 G 0.006 0.012 0.001 0.042 0.158 0.277 0.084 0.001 0.001 0.036 0.384 25 E 0.004 0.003 0.001 0.054 0.220 0.488 0.041 0.001 0.001 0.069 0.121 26 V 0.003 0.004 0.001 0.057 0.356 0.229 0.072 0.001 0.001 0.064 0.214 27 I 0.004 0.004 0.001 0.125 0.275 0.284 0.053 0.001 0.001 0.093 0.161 28 L 0.010 0.019 0.001 0.092 0.201 0.306 0.057 0.001 0.001 0.055 0.257 29 T 0.079 0.120 0.001 0.045 0.121 0.179 0.054 0.005 0.001 0.051 0.344 30 S 0.131 0.080 0.001 0.028 0.058 0.090 0.073 0.004 0.001 0.255 0.278 31 E 0.027 0.136 0.003 0.046 0.044 0.073 0.108 0.004 0.001 0.173 0.387 32 L 0.055 0.177 0.004 0.047 0.058 0.074 0.065 0.006 0.001 0.110 0.403 33 Y 0.074 0.089 0.004 0.031 0.069 0.069 0.088 0.008 0.002 0.183 0.382 34 T 0.021 0.248 0.005 0.017 0.032 0.033 0.112 0.004 0.002 0.082 0.443 35 G 0.039 0.764 0.002 0.005 0.010 0.013 0.021 0.006 0.001 0.025 0.115 36 K 0.072 0.821 0.002 0.003 0.007 0.006 0.009 0.005 0.001 0.023 0.052 37 S 0.043 0.434 0.005 0.006 0.007 0.010 0.041 0.005 0.002 0.271 0.175 38 G 0.057 0.446 0.037 0.007 0.008 0.011 0.043 0.010 0.013 0.243 0.125 39 A 0.179 0.599 0.010 0.004 0.006 0.006 0.027 0.013 0.007 0.037 0.113 40 M 0.092 0.462 0.006 0.008 0.011 0.010 0.022 0.010 0.003 0.053 0.325 41 N 0.031 0.325 0.004 0.008 0.017 0.021 0.066 0.007 0.003 0.137 0.381 42 G 0.041 0.564 0.007 0.007 0.010 0.022 0.041 0.012 0.004 0.107 0.184 43 I 0.064 0.663 0.004 0.008 0.013 0.007 0.038 0.005 0.002 0.061 0.135 44 E 0.048 0.210 0.007 0.027 0.032 0.051 0.052 0.007 0.003 0.274 0.289 45 S 0.035 0.059 0.018 0.022 0.030 0.039 0.093 0.006 0.007 0.311 0.382 46 V 0.233 0.048 0.017 0.036 0.031 0.049 0.068 0.014 0.009 0.126 0.369 47 Q 0.183 0.007 0.003 0.032 0.017 0.018 0.081 0.005 0.002 0.080 0.572 48 T 0.012 0.005 0.001 0.023 0.009 0.015 0.121 0.001 0.001 0.015 0.797 49 N 0.030 0.019 0.001 0.014 0.009 0.013 0.126 0.003 0.001 0.020 0.765 50 S 0.253 0.039 0.002 0.021 0.019 0.025 0.139 0.012 0.001 0.059 0.429 51 P 0.181 0.022 0.002 0.013 0.010 0.019 0.104 0.005 0.001 0.041 0.604 52 I 0.205 0.011 0.001 0.016 0.014 0.023 0.063 0.004 0.001 0.038 0.623 53 E 0.092 0.005 0.001 0.014 0.016 0.024 0.101 0.002 0.001 0.026 0.718 54 A 0.018 0.003 0.001 0.010 0.015 0.026 0.103 0.001 0.001 0.021 0.802 55 R 0.021 0.006 0.001 0.015 0.045 0.050 0.131 0.001 0.001 0.028 0.702