# TARGET T0472 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0472.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 15.5899 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.055 0.043 0.037 0.048 0.094 0.058 0.011 0.653 2 S 0.030 0.027 0.019 0.027 0.045 0.203 0.011 0.639 3 G 0.098 0.031 0.026 0.039 0.056 0.178 0.020 0.551 4 W 0.262 0.049 0.055 0.047 0.076 0.132 0.030 0.350 5 Y 0.044 0.061 0.075 0.321 0.239 0.067 0.005 0.188 6 E 0.014 0.044 0.038 0.230 0.416 0.072 0.003 0.182 7 L 0.030 0.050 0.021 0.239 0.406 0.035 0.003 0.215 8 S 0.016 0.059 0.016 0.282 0.486 0.034 0.005 0.101 9 K 0.043 0.050 0.011 0.153 0.249 0.053 0.014 0.427 10 S 0.053 0.067 0.016 0.188 0.276 0.102 0.028 0.270 11 S 0.080 0.044 0.014 0.053 0.070 0.132 0.029 0.577 12 N 0.043 0.024 0.010 0.026 0.025 0.372 0.052 0.448 13 D 0.464 0.011 0.010 0.014 0.015 0.124 0.148 0.214 14 Q 0.222 0.013 0.035 0.028 0.026 0.476 0.029 0.171 15 F 0.016 0.007 0.034 0.271 0.313 0.054 0.003 0.303 16 K 0.008 0.005 0.035 0.231 0.576 0.052 0.001 0.092 17 F 0.006 0.002 0.016 0.499 0.432 0.009 0.001 0.035 18 V 0.002 0.008 0.062 0.304 0.574 0.011 0.001 0.037 19 L 0.003 0.006 0.033 0.429 0.494 0.009 0.001 0.026 20 K 0.002 0.010 0.034 0.269 0.611 0.009 0.001 0.065 21 A 0.013 0.020 0.045 0.214 0.528 0.025 0.004 0.149 22 G 0.037 0.030 0.047 0.124 0.274 0.157 0.022 0.309 23 N 0.147 0.022 0.040 0.051 0.094 0.084 0.050 0.513 24 G 0.157 0.017 0.104 0.062 0.087 0.082 0.050 0.441 25 E 0.093 0.009 0.128 0.115 0.085 0.313 0.012 0.246 26 V 0.026 0.007 0.179 0.128 0.169 0.071 0.004 0.415 27 I 0.010 0.007 0.257 0.223 0.354 0.036 0.001 0.110 28 L 0.008 0.008 0.403 0.191 0.243 0.028 0.001 0.119 29 T 0.009 0.010 0.278 0.141 0.237 0.056 0.002 0.266 30 S 0.011 0.012 0.144 0.122 0.243 0.118 0.004 0.346 31 E 0.020 0.011 0.069 0.043 0.092 0.185 0.007 0.573 32 L 0.047 0.020 0.034 0.017 0.029 0.426 0.013 0.414 33 Y 0.168 0.090 0.033 0.020 0.035 0.278 0.021 0.356 34 T 0.131 0.268 0.049 0.019 0.046 0.148 0.015 0.326 35 G 0.141 0.175 0.025 0.010 0.029 0.086 0.024 0.509 36 K 0.206 0.227 0.022 0.010 0.020 0.066 0.020 0.428 37 S 0.049 0.206 0.012 0.009 0.011 0.164 0.012 0.538 38 G 0.129 0.215 0.012 0.006 0.011 0.139 0.025 0.463 39 A 0.169 0.513 0.050 0.005 0.011 0.037 0.014 0.200 40 M 0.049 0.593 0.024 0.009 0.009 0.091 0.009 0.216 41 N 0.072 0.582 0.016 0.005 0.008 0.051 0.017 0.250 42 G 0.252 0.486 0.069 0.003 0.005 0.013 0.033 0.140 43 I 0.074 0.482 0.177 0.020 0.016 0.036 0.012 0.183 44 E 0.031 0.420 0.093 0.061 0.058 0.086 0.011 0.240 45 S 0.091 0.322 0.107 0.012 0.028 0.027 0.012 0.401 46 V 0.080 0.440 0.189 0.019 0.025 0.039 0.014 0.195 47 Q 0.044 0.430 0.095 0.037 0.037 0.083 0.014 0.259 48 T 0.117 0.361 0.060 0.019 0.031 0.102 0.032 0.278 49 N 0.336 0.199 0.042 0.009 0.023 0.029 0.104 0.258 50 S 0.381 0.062 0.059 0.014 0.013 0.101 0.046 0.324 51 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.996 52 I 0.033 0.017 0.020 0.019 0.050 0.204 0.005 0.652 53 E 0.250 0.044 0.024 0.018 0.019 0.155 0.008 0.482 54 A 0.202 0.117 0.028 0.019 0.033 0.074 0.020 0.508 55 R 0.208 0.089 0.041 0.019 0.028 0.055 0.018 0.542