# TARGET T0472 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0472.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 15.5899 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.131 0.124 0.058 0.026 0.175 0.031 0.053 0.157 0.089 0.103 0.054 2 S 0.087 0.134 0.070 0.082 0.118 0.079 0.092 0.137 0.081 0.080 0.039 3 G 0.079 0.114 0.139 0.127 0.122 0.058 0.046 0.096 0.062 0.110 0.047 4 W 0.249 0.097 0.023 0.011 0.342 0.016 0.038 0.082 0.045 0.058 0.040 5 Y 0.189 0.196 0.027 0.006 0.476 0.011 0.011 0.027 0.012 0.012 0.032 6 E 0.262 0.138 0.029 0.004 0.466 0.007 0.011 0.026 0.008 0.007 0.042 7 L 0.298 0.165 0.037 0.007 0.331 0.009 0.015 0.045 0.016 0.023 0.055 8 S 0.133 0.276 0.080 0.007 0.361 0.009 0.014 0.044 0.016 0.014 0.046 9 K 0.147 0.204 0.075 0.014 0.247 0.019 0.034 0.125 0.043 0.038 0.055 10 S 0.095 0.161 0.195 0.037 0.117 0.027 0.052 0.168 0.062 0.042 0.045 11 S 0.033 0.108 0.077 0.097 0.046 0.108 0.093 0.228 0.125 0.062 0.022 12 N 0.015 0.282 0.179 0.174 0.033 0.061 0.106 0.058 0.040 0.035 0.016 13 D 0.033 0.018 0.028 0.056 0.015 0.026 0.017 0.022 0.034 0.523 0.228 14 Q 0.089 0.405 0.038 0.008 0.341 0.012 0.026 0.013 0.013 0.027 0.028 15 F 0.358 0.080 0.006 0.003 0.504 0.005 0.004 0.003 0.002 0.008 0.025 16 K 0.188 0.101 0.005 0.002 0.678 0.007 0.005 0.002 0.001 0.002 0.009 17 F 0.308 0.028 0.003 0.001 0.646 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 18 V 0.315 0.063 0.005 0.001 0.583 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.027 19 L 0.169 0.147 0.044 0.001 0.546 0.002 0.002 0.002 0.001 0.002 0.083 20 K 0.343 0.149 0.024 0.005 0.347 0.007 0.008 0.010 0.007 0.018 0.081 21 A 0.185 0.113 0.096 0.057 0.163 0.078 0.079 0.052 0.039 0.062 0.074 22 G 0.027 0.037 0.057 0.354 0.032 0.213 0.058 0.073 0.050 0.076 0.022 23 N 0.008 0.097 0.116 0.430 0.018 0.106 0.120 0.051 0.023 0.024 0.008 24 G 0.018 0.010 0.017 0.061 0.008 0.038 0.012 0.026 0.034 0.629 0.147 25 E 0.060 0.444 0.041 0.008 0.348 0.012 0.016 0.024 0.015 0.017 0.015 26 V 0.460 0.042 0.004 0.002 0.426 0.003 0.006 0.012 0.006 0.011 0.028 27 I 0.236 0.127 0.018 0.005 0.543 0.008 0.012 0.012 0.005 0.006 0.027 28 L 0.255 0.129 0.048 0.010 0.410 0.014 0.014 0.022 0.007 0.015 0.076 29 T 0.179 0.192 0.058 0.032 0.220 0.030 0.021 0.048 0.031 0.076 0.113 30 S 0.094 0.285 0.080 0.017 0.301 0.018 0.016 0.068 0.047 0.026 0.048 31 E 0.114 0.119 0.020 0.006 0.241 0.010 0.028 0.217 0.174 0.043 0.028 32 L 0.157 0.074 0.032 0.013 0.217 0.014 0.086 0.201 0.091 0.074 0.040 33 Y 0.202 0.091 0.035 0.021 0.192 0.024 0.079 0.135 0.051 0.098 0.073 34 T 0.044 0.121 0.078 0.108 0.084 0.090 0.082 0.143 0.064 0.141 0.045 35 G 0.039 0.119 0.259 0.212 0.062 0.029 0.015 0.105 0.052 0.077 0.031 36 K 0.022 0.048 0.026 0.012 0.037 0.017 0.037 0.532 0.202 0.054 0.014 37 S 0.021 0.104 0.038 0.014 0.040 0.020 0.041 0.469 0.149 0.084 0.021 38 G 0.045 0.064 0.032 0.015 0.071 0.011 0.019 0.469 0.113 0.113 0.048 39 A 0.054 0.042 0.033 0.009 0.064 0.013 0.029 0.561 0.117 0.056 0.020 40 M 0.026 0.037 0.024 0.016 0.030 0.030 0.094 0.614 0.084 0.033 0.012 41 N 0.036 0.130 0.076 0.056 0.042 0.042 0.060 0.306 0.082 0.134 0.036 42 G 0.064 0.100 0.051 0.033 0.095 0.018 0.014 0.309 0.106 0.150 0.060 43 I 0.092 0.089 0.029 0.013 0.142 0.015 0.023 0.416 0.129 0.032 0.021 44 E 0.079 0.059 0.026 0.017 0.078 0.022 0.103 0.468 0.081 0.041 0.026 45 S 0.104 0.176 0.046 0.012 0.241 0.010 0.030 0.253 0.051 0.043 0.033 46 V 0.146 0.099 0.022 0.007 0.185 0.009 0.028 0.318 0.096 0.054 0.035 47 Q 0.096 0.117 0.064 0.016 0.149 0.025 0.047 0.291 0.102 0.039 0.053 48 T 0.052 0.178 0.049 0.021 0.107 0.037 0.124 0.246 0.092 0.068 0.025 49 N 0.054 0.081 0.066 0.058 0.064 0.038 0.058 0.088 0.080 0.339 0.073 50 S 0.050 0.327 0.235 0.052 0.123 0.012 0.019 0.043 0.036 0.061 0.041 51 P 0.067 0.285 0.117 0.023 0.133 0.015 0.027 0.134 0.108 0.054 0.037 52 I 0.048 0.164 0.050 0.017 0.114 0.030 0.064 0.230 0.191 0.066 0.027 53 E 0.082 0.107 0.046 0.016 0.131 0.025 0.058 0.227 0.143 0.126 0.039 54 A 0.088 0.105 0.048 0.017 0.134 0.022 0.050 0.206 0.126 0.155 0.048 55 R 0.082 0.176 0.077 0.026 0.164 0.029 0.047 0.167 0.091 0.094 0.046