# TARGET T0469 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str4-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 21 (1 str4 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0469.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 14.2513 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M P Q R S T U V W 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.015 0.016 0.083 0.083 0.097 0.009 0.094 0.076 0.004 0.002 0.002 0.002 0.005 0.003 0.048 0.016 0.107 0.096 0.110 0.129 0.001 2 T 0.019 0.017 0.060 0.071 0.183 0.005 0.077 0.057 0.003 0.002 0.002 0.002 0.004 0.002 0.030 0.019 0.154 0.050 0.104 0.139 0.001 3 Q 0.015 0.015 0.068 0.063 0.118 0.016 0.153 0.081 0.004 0.002 0.002 0.002 0.005 0.003 0.048 0.015 0.186 0.066 0.051 0.084 0.002 4 K 0.008 0.010 0.053 0.059 0.089 0.022 0.276 0.083 0.002 0.002 0.003 0.002 0.005 0.005 0.039 0.020 0.118 0.071 0.066 0.065 0.001 5 F 0.008 0.013 0.075 0.046 0.107 0.008 0.085 0.056 0.004 0.001 0.004 0.003 0.008 0.008 0.066 0.048 0.091 0.112 0.120 0.134 0.002 6 T 0.012 0.008 0.061 0.043 0.091 0.003 0.028 0.045 0.005 0.001 0.002 0.002 0.004 0.007 0.057 0.049 0.054 0.055 0.233 0.239 0.002 7 K 0.003 0.005 0.042 0.039 0.071 0.006 0.052 0.061 0.007 0.001 0.004 0.003 0.011 0.010 0.076 0.032 0.464 0.024 0.026 0.061 0.001 8 D 0.004 0.006 0.018 0.013 0.032 0.011 0.573 0.123 0.003 0.001 0.003 0.003 0.006 0.007 0.038 0.014 0.042 0.040 0.029 0.033 0.001 9 M 0.011 0.012 0.053 0.031 0.050 0.009 0.069 0.312 0.005 0.001 0.006 0.005 0.011 0.022 0.052 0.034 0.082 0.106 0.066 0.062 0.001 10 T 0.009 0.009 0.018 0.013 0.091 0.006 0.019 0.597 0.004 0.001 0.002 0.002 0.005 0.009 0.030 0.034 0.043 0.024 0.034 0.052 0.001 11 F 0.005 0.008 0.026 0.026 0.013 0.004 0.017 0.526 0.009 0.001 0.002 0.002 0.006 0.005 0.048 0.006 0.266 0.005 0.012 0.013 0.001 12 A 0.003 0.003 0.002 0.003 0.006 0.003 0.019 0.917 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.033 0.001 0.002 0.002 0.001 13 Q 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.006 0.961 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.009 0.005 0.003 0.001 0.001 14 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.012 0.857 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.109 0.002 0.003 0.001 0.001 15 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.047 0.852 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.062 0.005 0.006 0.003 0.001 16 Q 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.014 0.120 0.499 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.317 0.013 0.010 0.009 0.001 17 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.010 0.273 0.188 0.019 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.433 0.036 0.010 0.016 0.001 18 H 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.016 0.044 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.057 0.068 0.579 0.222 0.001 19 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.006 0.046 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.886 0.014 0.010 0.032 0.001 20 G 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.018 0.321 0.473 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.065 0.056 0.020 0.033 0.001 21 V 0.001 0.001 0.002 0.002 0.006 0.003 0.048 0.352 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.460 0.030 0.056 0.025 0.001 22 A 0.001 0.001 0.009 0.007 0.004 0.002 0.026 0.682 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.004 0.223 0.006 0.007 0.013 0.001 23 G 0.004 0.003 0.002 0.003 0.005 0.010 0.025 0.831 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.064 0.024 0.017 0.005 0.001 24 V 0.003 0.003 0.002 0.004 0.005 0.007 0.016 0.883 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.002 0.054 0.004 0.004 0.003 0.001 25 L 0.006 0.006 0.003 0.004 0.007 0.011 0.029 0.821 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.004 0.007 0.003 0.054 0.015 0.017 0.003 0.001 26 R 0.005 0.005 0.008 0.011 0.011 0.016 0.070 0.634 0.023 0.007 0.001 0.001 0.003 0.007 0.013 0.008 0.145 0.007 0.015 0.008 0.001 27 S 0.004 0.006 0.011 0.017 0.021 0.042 0.299 0.146 0.164 0.038 0.003 0.001 0.005 0.012 0.017 0.008 0.131 0.036 0.016 0.020 0.001 28 Y 0.002 0.003 0.007 0.010 0.016 0.009 0.378 0.039 0.018 0.007 0.001 0.001 0.002 0.006 0.013 0.022 0.164 0.057 0.109 0.134 0.001 29 N 0.002 0.003 0.021 0.021 0.026 0.006 0.067 0.021 0.012 0.005 0.001 0.001 0.002 0.009 0.027 0.064 0.099 0.303 0.135 0.173 0.002 30 L 0.002 0.004 0.017 0.009 0.048 0.008 0.066 0.023 0.008 0.002 0.003 0.002 0.004 0.012 0.033 0.095 0.185 0.055 0.175 0.248 0.002 31 G 0.003 0.005 0.044 0.031 0.029 0.013 0.091 0.038 0.009 0.001 0.005 0.005 0.012 0.032 0.114 0.045 0.132 0.084 0.128 0.173 0.004 32 C 0.008 0.008 0.026 0.021 0.132 0.008 0.064 0.031 0.009 0.002 0.009 0.006 0.011 0.050 0.046 0.160 0.096 0.068 0.156 0.085 0.003 33 I 0.005 0.007 0.070 0.046 0.032 0.009 0.054 0.039 0.005 0.001 0.005 0.007 0.013 0.043 0.249 0.038 0.135 0.031 0.077 0.129 0.003 34 G 0.009 0.011 0.032 0.025 0.138 0.010 0.085 0.040 0.005 0.001 0.008 0.008 0.014 0.032 0.043 0.159 0.103 0.074 0.091 0.110 0.003 35 C 0.006 0.005 0.037 0.039 0.037 0.007 0.028 0.047 0.003 0.001 0.002 0.003 0.005 0.023 0.138 0.062 0.147 0.034 0.153 0.219 0.002 36 M 0.005 0.007 0.027 0.023 0.081 0.015 0.074 0.114 0.002 0.001 0.003 0.003 0.006 0.010 0.057 0.053 0.268 0.050 0.084 0.117 0.001 37 G 0.003 0.004 0.024 0.024 0.024 0.021 0.158 0.148 0.006 0.002 0.002 0.002 0.004 0.012 0.058 0.042 0.194 0.069 0.111 0.089 0.001 38 A 0.003 0.003 0.031 0.019 0.048 0.016 0.212 0.106 0.009 0.003 0.003 0.002 0.004 0.009 0.048 0.020 0.194 0.042 0.076 0.149 0.001 39 Q 0.001 0.002 0.018 0.025 0.020 0.009 0.202 0.077 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.018 0.021 0.239 0.064 0.101 0.191 0.001 40 N 0.001 0.001 0.009 0.006 0.038 0.008 0.188 0.160 0.004 0.001 0.002 0.001 0.003 0.003 0.014 0.029 0.214 0.155 0.076 0.087 0.001 41 E 0.001 0.002 0.055 0.023 0.011 0.013 0.071 0.369 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.040 0.007 0.169 0.049 0.065 0.117 0.001 42 S 0.001 0.001 0.005 0.005 0.053 0.005 0.038 0.528 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.030 0.069 0.042 0.085 0.127 0.001 43 L 0.001 0.001 0.006 0.007 0.002 0.001 0.007 0.386 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.001 0.549 0.004 0.006 0.007 0.001 44 E 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.003 0.024 0.917 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.038 0.002 0.002 0.002 0.001 45 Q 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.008 0.013 0.930 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.024 0.008 0.004 0.001 0.001 46 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.012 0.907 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.059 0.002 0.002 0.001 0.001 47 A 0.002 0.002 0.002 0.002 0.002 0.013 0.039 0.849 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.062 0.005 0.009 0.002 0.001 48 N 0.001 0.002 0.003 0.003 0.004 0.018 0.109 0.571 0.130 0.014 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.003 0.112 0.007 0.008 0.007 0.001 49 A 0.001 0.001 0.004 0.005 0.009 0.017 0.415 0.075 0.220 0.041 0.001 0.001 0.002 0.004 0.008 0.003 0.136 0.018 0.017 0.021 0.001 50 H 0.001 0.001 0.004 0.006 0.005 0.008 0.435 0.026 0.021 0.005 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.014 0.116 0.110 0.090 0.149 0.001 51 G 0.001 0.001 0.003 0.002 0.016 0.005 0.076 0.016 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.033 0.035 0.543 0.125 0.129 0.001 52 L 0.001 0.001 0.026 0.009 0.007 0.003 0.013 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.027 0.025 0.128 0.077 0.233 0.426 0.001 53 N 0.001 0.001 0.003 0.002 0.018 0.001 0.005 0.036 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.061 0.018 0.028 0.187 0.631 0.001 54 V 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.040 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.002 0.929 0.001 0.005 0.009 0.001 55 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.957 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.002 0.001 0.002 0.001 56 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 57 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.975 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.001 0.001 0.001 0.001 58 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.972 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 59 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.976 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 60 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.024 0.931 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 0.005 0.001 0.001 0.001 61 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.036 0.787 0.013 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.134 0.006 0.012 0.004 0.001 62 N 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.012 0.059 0.799 0.018 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.059 0.016 0.010 0.011 0.001 63 A 0.001 0.001 0.003 0.003 0.004 0.012 0.110 0.463 0.040 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.279 0.023 0.025 0.023 0.001 64 L 0.001 0.002 0.006 0.006 0.011 0.017 0.222 0.420 0.035 0.009 0.001 0.001 0.002 0.003 0.006 0.005 0.141 0.041 0.037 0.035 0.001 65 A 0.003 0.004 0.017 0.018 0.020 0.010 0.103 0.250 0.021 0.008 0.001 0.001 0.002 0.005 0.013 0.012 0.212 0.078 0.136 0.084 0.001