# TARGET T0469 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0469.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 14.2513 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.010 0.023 0.506 0.013 0.040 0.070 0.003 0.001 0.019 0.084 0.069 0.083 0.080 2 T 0.006 0.008 0.509 0.012 0.106 0.098 0.001 0.001 0.015 0.071 0.063 0.032 0.079 3 Q 0.006 0.009 0.157 0.010 0.226 0.238 0.001 0.001 0.016 0.109 0.141 0.034 0.053 4 K 0.019 0.034 0.194 0.007 0.141 0.166 0.008 0.002 0.030 0.069 0.115 0.116 0.099 5 F 0.023 0.084 0.261 0.006 0.066 0.106 0.005 0.004 0.026 0.071 0.075 0.088 0.183 6 T 0.004 0.016 0.677 0.010 0.021 0.052 0.002 0.001 0.012 0.088 0.039 0.030 0.047 7 K 0.001 0.003 0.056 0.012 0.110 0.307 0.001 0.001 0.003 0.084 0.400 0.015 0.009 8 D 0.001 0.005 0.085 0.003 0.091 0.229 0.001 0.001 0.009 0.061 0.498 0.003 0.014 9 M 0.003 0.018 0.384 0.003 0.017 0.153 0.001 0.001 0.008 0.294 0.027 0.080 0.011 10 T 0.005 0.023 0.509 0.002 0.019 0.246 0.002 0.001 0.010 0.064 0.030 0.011 0.076 11 F 0.001 0.002 0.023 0.001 0.032 0.914 0.001 0.001 0.002 0.005 0.010 0.003 0.007 12 A 0.001 0.001 0.005 0.003 0.027 0.952 0.001 0.001 0.002 0.002 0.005 0.001 0.002 13 Q 0.001 0.001 0.002 0.001 0.027 0.958 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.003 14 A 0.001 0.001 0.003 0.001 0.023 0.960 0.001 0.001 0.002 0.001 0.007 0.001 0.003 15 L 0.002 0.001 0.011 0.002 0.031 0.891 0.001 0.001 0.005 0.002 0.049 0.003 0.003 16 Q 0.001 0.001 0.016 0.001 0.059 0.747 0.001 0.001 0.002 0.007 0.159 0.003 0.003 17 T 0.001 0.005 0.059 0.001 0.015 0.661 0.001 0.001 0.002 0.055 0.196 0.001 0.005 18 H 0.001 0.004 0.521 0.001 0.006 0.187 0.001 0.001 0.002 0.235 0.035 0.009 0.001 19 P 0.001 0.002 0.097 0.001 0.040 0.532 0.001 0.001 0.001 0.043 0.283 0.001 0.002 20 G 0.001 0.001 0.046 0.001 0.052 0.458 0.001 0.001 0.001 0.058 0.384 0.001 0.001 21 V 0.001 0.002 0.048 0.001 0.116 0.778 0.001 0.001 0.001 0.027 0.026 0.001 0.001 22 A 0.001 0.001 0.011 0.001 0.018 0.956 0.001 0.001 0.001 0.006 0.005 0.001 0.001 23 G 0.001 0.001 0.002 0.001 0.011 0.977 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.001 0.001 24 V 0.001 0.001 0.002 0.001 0.026 0.958 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 25 L 0.001 0.001 0.003 0.001 0.011 0.961 0.001 0.001 0.002 0.001 0.019 0.001 0.001 26 R 0.002 0.001 0.006 0.001 0.021 0.912 0.001 0.001 0.001 0.003 0.048 0.002 0.002 27 S 0.002 0.001 0.015 0.001 0.031 0.865 0.001 0.001 0.001 0.008 0.071 0.001 0.003 28 Y 0.001 0.001 0.037 0.002 0.021 0.548 0.001 0.001 0.002 0.043 0.339 0.003 0.002 29 N 0.002 0.004 0.166 0.003 0.017 0.176 0.001 0.001 0.004 0.090 0.526 0.006 0.004 30 L 0.002 0.015 0.315 0.002 0.046 0.165 0.001 0.003 0.010 0.151 0.271 0.005 0.014 31 G 0.003 0.033 0.349 0.010 0.044 0.085 0.002 0.004 0.019 0.174 0.254 0.012 0.011 32 C 0.002 0.020 0.402 0.004 0.128 0.134 0.002 0.005 0.030 0.121 0.116 0.009 0.026 33 I 0.002 0.023 0.191 0.013 0.089 0.121 0.003 0.007 0.036 0.163 0.328 0.011 0.013 34 G 0.003 0.028 0.234 0.007 0.053 0.080 0.003 0.006 0.026 0.282 0.255 0.009 0.016 35 C 0.002 0.021 0.472 0.004 0.055 0.101 0.002 0.004 0.017 0.229 0.052 0.024 0.017 36 M 0.002 0.025 0.216 0.005 0.124 0.243 0.002 0.003 0.023 0.095 0.236 0.006 0.019 37 G 0.002 0.017 0.099 0.006 0.118 0.295 0.001 0.002 0.011 0.082 0.350 0.006 0.011 38 A 0.002 0.017 0.192 0.004 0.113 0.334 0.001 0.002 0.008 0.127 0.171 0.017 0.012 39 Q 0.002 0.014 0.201 0.002 0.074 0.333 0.001 0.001 0.011 0.111 0.233 0.004 0.013 40 N 0.001 0.010 0.147 0.003 0.037 0.553 0.001 0.001 0.004 0.106 0.123 0.008 0.007 41 E 0.001 0.008 0.091 0.001 0.037 0.703 0.001 0.001 0.002 0.083 0.058 0.006 0.009 42 S 0.001 0.008 0.105 0.001 0.056 0.726 0.001 0.001 0.001 0.038 0.051 0.005 0.007 43 L 0.001 0.001 0.011 0.001 0.030 0.937 0.001 0.001 0.001 0.004 0.014 0.001 0.001 44 E 0.001 0.001 0.004 0.001 0.023 0.959 0.001 0.001 0.001 0.003 0.009 0.001 0.001 45 Q 0.001 0.001 0.002 0.001 0.018 0.963 0.001 0.001 0.001 0.002 0.011 0.001 0.001 46 G 0.001 0.001 0.003 0.001 0.016 0.964 0.001 0.001 0.001 0.002 0.012 0.001 0.001 47 A 0.001 0.001 0.006 0.001 0.027 0.891 0.001 0.001 0.002 0.002 0.065 0.002 0.002 48 N 0.003 0.002 0.014 0.002 0.056 0.786 0.001 0.001 0.003 0.009 0.115 0.003 0.006 49 A 0.003 0.001 0.046 0.002 0.050 0.767 0.001 0.001 0.003 0.019 0.098 0.003 0.005 50 H 0.001 0.001 0.067 0.005 0.018 0.217 0.001 0.001 0.008 0.085 0.592 0.003 0.002 51 G 0.001 0.003 0.193 0.001 0.005 0.071 0.002 0.001 0.011 0.134 0.572 0.003 0.004 52 L 0.001 0.044 0.725 0.001 0.002 0.049 0.001 0.001 0.011 0.134 0.012 0.013 0.008 53 N 0.001 0.014 0.865 0.001 0.003 0.051 0.001 0.001 0.014 0.033 0.002 0.004 0.014 54 V 0.001 0.001 0.010 0.001 0.089 0.895 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 55 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.069 0.928 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 56 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.041 0.955 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 57 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 58 L 0.001 0.001 0.002 0.001 0.005 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 59 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.952 0.001 0.001 0.001 0.001 0.032 0.001 0.001 60 D 0.001 0.001 0.008 0.001 0.012 0.864 0.001 0.001 0.001 0.003 0.112 0.001 0.001 61 L 0.001 0.001 0.023 0.001 0.020 0.876 0.001 0.001 0.001 0.024 0.056 0.001 0.001 62 N 0.001 0.002 0.125 0.001 0.077 0.507 0.001 0.001 0.002 0.061 0.224 0.001 0.001 63 A 0.001 0.004 0.113 0.001 0.122 0.435 0.001 0.001 0.003 0.056 0.265 0.001 0.001 64 L 0.001 0.012 0.266 0.001 0.068 0.304 0.001 0.002 0.010 0.199 0.133 0.002 0.003 65 A 0.001 0.018 0.569 0.001 0.079 0.137 0.001 0.001 0.011 0.134 0.043 0.003 0.003