(c) 1992-2000 Regents of the University of California, Santa Cruz
Sequence Alignment and Modeling Software System
http://www.cse.ucsc.edu/research/compbio/sam.html

Citations (SAM, SAM-T99, HMMs)

Sequence numbers correspond to the following labels:

    • T0469 GsR195, Geobacter sulfurreducens PCA, 65 residues 
              10            20               30         40        50   
              |             |                |          |         |   
   1 MTQKFTKDMTFAQALQTH....PG.VAGVL....RS.Y.NL.GCIGCMGAQNESLEQGANAHG..
   2 ----ITKDMTIGEIVRNF....PS.SIEIL....MS.F.GM.GCVGCPSAQGESLEQAAMVHG..
   3 ----ITKDMTIGEILRVK....PE.SAQVL....MD.M.GM.GCLGCPSAQFETLEQACEVHG..
   4 ---QITKDTIIGDILDIA....PE.TAPLF....LS.I.GM.HCLGCPSSRGETVEQACMVHG..
   5 ---KVTKDMLIGQLITLD....PN.IAPIL....MR.A.GM.HCLGCPSSQMESLEEAAMVHG..
   6 ----ITKDMTIGEIVRNF....PN.SIEIL....MS.F.GM.GCVGCPSAQGESLEQAAMVHG..
   7 -SEKVTKDMTISEVLKKN....PK.TAEVF....MK.H.GM.QCLGCPSAAGETVEQAAMVHG..
   8 ----ITKDWTITDIVEKY....PK.TTEIL....MN.H.GM.HCFGCMAARFENIEQGAMAHG..
   9 ---KVTKDMIISDVLNMD....KG.TVPIF....LE.S.GM.HCLGCPSSSGESIEDACAIHG..
  10 ----ITRDMLIGDLLRMK....PE.AASIL....MG.F.GM.GCLGCPSSQMESLEQAAAVHG..
  11 ----VTKDMTIGEVIQKN....PG.AAEIL....MS.F.GM.GCVCCPSALGETIEEAAMVHG..
  12 ----ITKDMTIGEVIRKM....PT.AAEVL....MS.F.GM.GCVGCPSAQAETLEEAAIVHG..
  13 --DEITKDTVIGDILKIN....PE.SASTL....ME.A.GM.HCLGCPASQMETLEEACSVHG..
  14 ----ITKDMGIMDIVNKY....PQ.AVSVF....QA.Y.GM.GCIGCMAARFETLEEGANAHG..
  15 ----ITKEMSITEVVSKY....PQ.TVPVF....ME.H.GM.GCLGCAAARFENIEQGALAHG..
  16 ----ITKEMTITEVVTKY....PK.TIPIF....YK.H.GM.GCLGCAAAQFENIEQGARAHG..
  17 ---KITKDMIIKDIININ....MG.CIPIL....LN.E.GM.HCVGCPASQGETLEEACIVHG..
  18 ----ISKDMIIADLIALD....PN.YAAIL....MA.S.GM.GCVGCPSSQGESIEQAAYVHG..
  19 ---KITKDMLIGDIIQIH....PD.AVEIL....FN.F.GL.SCVGCPASQMETLEEATMVHG..
  20 ----ITKDMIIADIVSED....AE.NTKIL....ME.F.GM.HCIGCPSSQMETLEDACAVHG..
  21 --KQVTRDTIIGDILDMD....QT.TAPYF....ME.I.GM.HCLGCPASRGETIEEACEVHG..
  22 ----ITKDMTIGEVVKND....SS.KAEVL....MS.F.GM.GCVGCPSAQAETIEEAAMVHG..
  23 ---KITKDTLIGNALKIN....PN.SASIL....MS.F.GM.GCLGCPSSQMETIEQAAAVHG..
  24 ----ITKDMVIGDLLAID....EN.FAAIL....MA.S.GM.HCVGCPSSQGETLEEAAFVHG..
  25 ---QVSRDTTIGEALSMN....PG.IAPIL....QE.I.GM.HCLGCPASQGESLAEAAMVHG..
  26 ----VTKDTIIGDILDMD....RT.TAPFF....LE.M.GM.HCLGCPASRGESLEQACLVHN..
  27 ---KITRDMTMGYIVKEF....PQ.TVEVF....QR.Y.GM.GCLSCPTAQLESLEKGAMLHG..
  28 ----FTKNTTIGELLSVY....PE.CAPIL....ME.I.GM.HCLGCPSAQMETLGEAAMVHG..
  29 ---KITETMGIGECVAKF....PN.TVPVF....MS.F.GM.SCLGCSAARFENIGQGARAHG..
  30 ---KITKDMIIADVLQMD....RG.TAPIF....IN.N.GM.HCLGCPSSMGESIEDACAVHG..
  31 ----ITKDLTIGEIIRIK....EN.APQIL....MS.F.GM.GCVGCPSAQAETIEDAVKVHG..
  32 ----ITKDMVIQEIVTKY....PQ.TLPVF....GQ.F.NM.GCLGCSGALFETLEQGALAHG..
  33 ----ITKDMTIGEVVSAD....QS.KAQVL....MS.F.GM.GCVGCPSAQAETIAEAATVHG..
  34 ----ITKDMTVGQVLRSY....PQ.TVQTF....LE.L.GM.HCLGCPSSTMESIEGAALTHG..
  35 ----FSKDTKIGELIDQF....PE.SAPIL....ME.I.GM.HCLGCPASQMETLEEAAMVHG..
  36 ----ITKDMTVGQVLRSY....PQ.TVQTF....LE.L.GM.HCLGCPSSTMESIEGAALTHG..
  37 ---QISKTMTISEILSVD....KV.VIPVL....MN.S.GM.HCLGCPSAQGETLEEACMHHG..
  38 --DKITKDMTFFAVMQAY....PQ.SLDVL....RK.H.RL.GCVGCMGAQNESLEQGANAHG..
  39 ----ITTDTIIADVLRID....RG.TIPIF....LN.N.GL.HCLGCPSAQGESIEEACALHG..
  40 ---KINRDMTIMDVMQLD....RE.VATIF....MK.Y.GL.HCLGXPGATMESISDAGNVHG..
  41 --QKFTKDMTFAQALQTH....PG.VAGVL....RS.Y.NL.GCIGCMGAQNESLEQGANAHG..
  42 -SDKITKDMKFSEILNYG....QP.VVQVF....MK.Y.QM.GCLGCAVAKFETLEQGANAHG..
  43 --GKITKDSIIGQVIRDN....PR.TIAVF....RA.H.GM.GCLGCPSASGESVEKAAGIHG..
  44 ---KIKKEMLIGQILSEK....PE.SIGTL....MS.F.GM.GCIMCPSSQMETLEEAAMVHG..
  45 ---QITKDLSIMDVLRAY....PQ.VRPVF....IR.H.GM.GCLECMGAMDETIASGARMHG..
  46 ----ITKDMIIGDIIRKH....PR.TLTVF....VK.Y.GL.DCNECQIADYEELEHGAGVHK..
  47 ----ITKDMIIGDIIRQH....PA.TVQVF....AR.H.GL.ECYECQIADLETLEHGAGHHK..
  48 ----ITKTMRIGDIIRTY....PQ.SLKIF....EK.Y.GL.DCYECQVADYEELEHGAGVHK..
  49 ---KISKDMLINDILAVD....AG.NAAIL....MA.A.GM.HCIGCLAAAGETLEEAAAVHG..
  50 ----ISKEMTIGEIIRRY....PQ.TLPVF....EK.Y.GL.DCHDCQIADFEAVEHGASVHK..
  51 ---KISKDMLINDILAID....AG.NAAIL....MA.A.GM.HCIGCLAAAGESLEEAAAVHG..
  52 ---KVTEDMTIAEVLKMD....RE.VAGIF....MK.Y.GL.HCLGCPGATMESISDAGNVHG..
  53 ----YTKDSLVGEVLDND....ES.LARYF....LE.M.GM.HCLGCPSSRGETIEQACEVHG..
  54 ---KITKDMTFLEMLRTY....PE.TAKVL....KK.Y.NL.ACAGCMGAQSEPIDLGAINHG..
  55 ---KITKDMIIADIIAID....QN.LIPIL....LD.T.GM.HCIGCPSAQGESLEEACMVHG..
  56 ---NITKEMTMGELLSID....RG.VAVVL....MN.A.GM.HCIGCPSSIGESLEEACMVHG..
  57 ---------KITDVVEKY....PQ.SVEVF....QK.Y.GM.HCFGCMAARFENVEQGAMAHG..
  58 ----ITRDMIIADIIRKY....PE.TLPVF....KK.H.RL.ECYECQISDLETLEHGAEVHR..
  59 ---KVTKDMNIMEAVEKY....PI.IAQVL....MR.Y.GL.GCVGCIISSAETLGEGIAVHG..
  60 ---QITKDMTFGELLSKYystcPK.LVDDL....ME.A.GM.GCIGCPHSQMESIEEGAMGHG..
  61 ---QVTKDMTFAAVMRMH....PD.VVKVL....AK.Y.NL.GCIGCMGAQNESLEQGCAAHG..
  62 ---KITKDMTIGEIVRNH....EG.AAEVL....MS.F.GM.GCVGCPSAQSETLAEAAMVHG..
  63 ---KINKDTTVGEVIRMN....PA.NAQKL....MN.F.GM.GCVGCPSAQSETLREASLVHG..
  64 ----ITKDMTVGEIIRIK....EN.AAEIL....MS.F.GM.GCIGCPSAQSESLEDAANVHG..
  65 ---KISKDMTIGEVVRNH....PE.CVEVL....FN.F.GL.GCVGCPSAQAETIEEACSVHG..
  66 -SQQFTKDMTFAQALQAN....PE.VAKVL....RK.Y.NL.GCIGCMGAQNESLEQGCSAHG..
  67 --DKFHRDMLVGSIIGMD....PQ.AAQIL....SD.S.GM.GCLGCPASQSETLADACLVHG..
  68 ----ITKDSIIGDILDAY....GEvTAPFF....LE.M.GM.HCLGCPASRGETVAQACDVHG..
  69 ----ITLDSTIADLLREK....PE.SAATL....QS.F.GM.GCLGCAIANNETIREAAMVHG..
  70 -----TGDMNIMEAVEKY....PI.IVEVL....QR.N.GL.GCVGCMIASGETLAEGIEAHG..
  71 -----TGDMNIMEAVEKY....PV.IVEVL....QR.N.GL.GCVGCMIASGETLAEGIEAHG..
  72 -----TGDMNIMEAVEKY....PV.IVEVL....QR.N.GL.GCVGCMIASGETLAEGIEAHG..
  73 -SQQVTKDMTFAQVMRMH....QD.AVKVL....AK.Y.NL.GCVGCMGAQNESLEQGCGAHG..
  74 ----LTADSTIYDLLQAK....PE.ATEAL....FK.F.GM.GCVGCAIARGETIREAAEAHG..
  75 -----TADSTIAELLREK....PE.SAQVL....FR.F.GM.GCLGCAIANNETIREAAQAHG..
  76 ---KFTLEMKLKDIMAAN....PK.TVEAM....QE.L.GL.HCLGCPFSVNETLLNAAQMHK..
  77 ----FTLEMKLKDIMAAN....PK.TVEAM....QE.L.GL.HCLGCPFSVNETLLNAAQMHK..
  78 ---------TISEILRRY....PE.TLPVF....ER.H.HL.DCYDCQLADFEQLEHGATVHK..
  79 -----SKDSTILEVLQEK....PD.AGAIF....AR.F.GM.GCVGCAISRGETVAEAAAAHG..
  80 --PKITKKTSIGDVIQNY....PE.TESVV....KKyF.GA.GCYTCPGSKTEDIAFGATMHN..
  81 ----VTKEMTMGELLQTYyeqcPE.IVDVL....TG.L.GM.HCIGCPSSIGESLADAAYVHG..
  82 ----ITKKMSTGEVTKKY....PA.TKEVF....AK.YfGK.GCFDCPSFGTEDINLACMMHN..
  83 -------DDLVDDIMRTA....PH.TIRVF....LA.F.RL.ACVGCPIATFHTVEDACREHG..
  84 ----IDAATLVDDLMRQR....PQ.TIGVF....LR.R.RL.YCVGCPVGHFHTIEEAAREHG..
  85 ----LHDDMTMDAIMREW....PA.TIRVV....LD.H.GL.LCVGCPIAPFHTIIDAAREHD..
  86 ---EISRSMTIEDILGMF....PY.KAQKLsqeiTN.A.GL.HCVGCHAAVWETLEAGMMTHGkt
  87 -----DSKMTVGELVTRH....PS.VMEVF....IK.R.RM.PCVGCPTERFHTIEDIARING..
  88 ------KTTKMAAVLKGH....PK.AKEVL....ES.F.GL.QCSTCSGAKHESIELGATNHG..
  89 ---RFFKEMTVGEAIAIH....PE.AGLVF....SS.Y.HLgGCSHCSINEVETIEQVCMGYG..
  90 ---RFYKEMTVGEAMAVH....PE.AGLVF....SS.Y.HLgGCSHCSINELETIEQVCMGYG..
  91 ---RFYKEMTVGEAMAVH....PE.AGLVF....SS.Y.HLgGCSHCSINELETIEQVCMGYG..
  92 -------DLPLARLFQTW....PA.SAGVF....LE.R.RM.LCPGCPIAPFHTVIEACAEYG..
  93 -------DLPLARLLQTW....PA.SAGVF....LE.R.RM.LCPGCPIAPFHTVIEACAEYG..
  94 ---------SVSQLMEAY....PG.LEEAL....AK.R.GI.ECASCLASQVDTLGDVVRMYN..
  95 ----ITKEMSIIEVVQKY....PE.TVEVF....RK.Y.GM.GCF------------------..


              60     
              |     
   1 .LNVEDILRDLNALA
   2 .MDIEKLLEALNK--
   3 .QDVEDILAKLN---
   4 .VDVDALLAELNK--
   5 .MDADVLVQQINDF-
   6 .MDIEKLLEALNK--
   7 .ADADKLLEELNKV-
   8 .INVDELMKELND--
   9 .IDADQLIDNLNKY-
  10 .INIEQLLEKLN---
  11 .IDADEIIKSLN---
  12 .INLDDLIEAINN--
  13 .IDVEELLNKLN---
  14 .INVDDLVDDLNE--
  15 .IDVDGLIADLNKV-
  16 .INIDELIADLNKV-
  17 .LDADVLAKKLNDF-
  18 .MDLDELLGRLNEY-
  19 .LNLDLLLDVLNE--
  20 .LNVEELIKKLN---
  21 .VNCDELLEKLN---
  22 .INLDELIEALN---
  23 .IDAEALLEKLN---
  24 .MNVNELLGRLNEY-
  25 .IDAELLVEKINA--
  26 .VDPDELVEKLNE--
  27 .LDVQELLEELNK--
  28 .IDADLLVEKIN---
  29 .IDVDKLIEELNKV-
  30 .IDADKLVKELNEY-
  31 .INLEELLEQLN---
  32 .IDVDAMLKALNDL-
  33 .LNLDDLLEALN---
  34 .KKPDELVEKLNK--
  35 .IDCGLLVEKIN---
  36 .KKPDELVEKLNK--
  37 .LNADELETQIND--
  38 .IDVNALLKDLND--
  39 .IDAQKLVDELNEY-
  40 .IDVDKLVDDLNKF-
  41 .LNVEDILRDLNA--
  42 .VDVDALLKDLN---
  43 .IDLEELLSELN---
  44 .IDPNTIVAALNE--
  45 .LDLDQLLKDLNE--
  46 .VNIEQLLSELNE--
  47 .LDIEALLEELNR--
  48 .TDLEKLLKELNEL-
  49 .LDAAELEVEINDY-
  50 .VDIGRLMEDLNR--
  51 .LDAVELEQEINDY-
  52 .IDVSLLIADLNK--
  53 .ADCARLLEQLN---
  54 .LDPEQLLADLN---
  55 .IDVDELVAKLNAF-
  56 .IEVDELLKNINEY-
  57 .IDVPSLIKDLNK--
  58 .VGIDGLLEELN---
  59 .LNPDIIIEEVN---
  60 .IDPDLLVAKLN---
  61 .ISVDEIVADINK--
  62 .MELDALLEALN---
  63 .IDLDRLIKALS---
  64 .LNLDDLLKAL----
  65 .MDVNELVEALNK--
  66 .LDVNEVLKDLNAI-
  67 .LDVEEILKQLN---
  68 .VDADELVKKLNE--
  69 .IPLEELAKKL----
  70 .LDAKAILDEINS--
  71 .LDTKAILAEINS--
  72 .LDTKAILDEINS--
  73 .LNVDDVVRDLNA--
  74 .IPLAELLNAL----
  75 .IPLEEMLSAL----
  76 .LDPEKLLEAVNS--
  77 .LDPEKLLEAVNS--
  78 .IDVESLLCELN---
  79 .IPLEELMSAL----
  80 .VDPEVIIKELNEI-
  81 .IDSDLLVEKLN---
  82 .TDVDKFVQELNE--
  83 .IDRDKFLAAL----
  84 .LEPKALLAEL----
  85 .LDPASLARDL----
  86 dAQIDELVRRLNA--
  87 .IVLEHLLKDL----
  88 .LDVNELLTHLNA--
  89 .VEVDTLIDSLNN--
  90 .VEVDVLIESLNN--
  91 .VEVDVLVESLNN--
  92 .LDEGEVRR------
  93 .LDEGEVRR------
  94 .IDAAGLLQEV----
  95 .--------------