# TARGET T0469 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0469.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 14.2513 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.071 0.077 0.003 0.036 0.047 0.076 0.112 0.011 0.001 0.053 0.513 2 T 0.039 0.042 0.003 0.024 0.042 0.077 0.103 0.003 0.001 0.177 0.490 3 Q 0.016 0.064 0.002 0.077 0.101 0.113 0.100 0.001 0.001 0.074 0.451 4 K 0.020 0.105 0.004 0.062 0.072 0.113 0.095 0.003 0.001 0.089 0.437 5 F 0.057 0.073 0.006 0.049 0.062 0.103 0.116 0.011 0.002 0.116 0.407 6 T 0.185 0.076 0.004 0.045 0.023 0.033 0.056 0.005 0.001 0.280 0.290 7 K 0.037 0.205 0.002 0.051 0.021 0.030 0.088 0.004 0.001 0.063 0.499 8 D 0.016 0.317 0.002 0.018 0.011 0.020 0.087 0.004 0.001 0.102 0.423 9 M 0.014 0.548 0.004 0.023 0.021 0.026 0.050 0.005 0.001 0.121 0.186 10 T 0.007 0.935 0.001 0.002 0.002 0.004 0.004 0.002 0.001 0.019 0.024 11 F 0.014 0.943 0.001 0.001 0.002 0.003 0.003 0.005 0.001 0.011 0.017 12 A 0.064 0.667 0.010 0.003 0.009 0.017 0.016 0.007 0.004 0.137 0.067 13 Q 0.105 0.312 0.024 0.013 0.014 0.035 0.033 0.009 0.008 0.308 0.139 14 A 0.125 0.166 0.027 0.015 0.016 0.026 0.065 0.028 0.011 0.249 0.273 15 L 0.282 0.059 0.018 0.013 0.021 0.018 0.092 0.009 0.003 0.125 0.358 16 Q 0.004 0.010 0.004 0.005 0.013 0.026 0.118 0.001 0.001 0.042 0.775 17 T 0.025 0.051 0.002 0.007 0.004 0.008 0.086 0.002 0.001 0.024 0.790 18 H 0.435 0.179 0.004 0.006 0.005 0.004 0.062 0.018 0.002 0.047 0.238 19 P 0.053 0.170 0.003 0.005 0.003 0.004 0.091 0.004 0.001 0.053 0.614 20 G 0.033 0.445 0.001 0.015 0.003 0.008 0.035 0.002 0.001 0.034 0.424 21 V 0.010 0.859 0.001 0.004 0.001 0.003 0.012 0.002 0.001 0.011 0.098 22 A 0.010 0.727 0.001 0.008 0.005 0.010 0.021 0.002 0.001 0.115 0.101 23 G 0.022 0.564 0.004 0.008 0.012 0.034 0.016 0.002 0.001 0.259 0.076 24 V 0.049 0.359 0.012 0.032 0.018 0.023 0.035 0.008 0.003 0.328 0.134 25 L 0.103 0.085 0.099 0.035 0.035 0.033 0.034 0.031 0.019 0.413 0.111 26 R 0.425 0.067 0.012 0.020 0.013 0.023 0.056 0.012 0.006 0.068 0.299 27 S 0.052 0.024 0.007 0.014 0.004 0.009 0.073 0.004 0.002 0.041 0.769 28 Y 0.027 0.023 0.005 0.021 0.008 0.015 0.142 0.003 0.001 0.026 0.728 29 N 0.099 0.045 0.004 0.045 0.012 0.020 0.156 0.006 0.002 0.051 0.560 30 L 0.028 0.011 0.003 0.052 0.011 0.013 0.145 0.003 0.001 0.042 0.692 31 G 0.083 0.028 0.002 0.247 0.020 0.034 0.111 0.006 0.001 0.065 0.403 32 C 0.103 0.018 0.002 0.110 0.008 0.017 0.115 0.005 0.001 0.075 0.547 33 I 0.009 0.009 0.001 0.228 0.019 0.032 0.174 0.001 0.001 0.050 0.475 34 G 0.029 0.055 0.002 0.077 0.015 0.036 0.122 0.004 0.001 0.044 0.614 35 C 0.176 0.108 0.003 0.048 0.024 0.027 0.121 0.015 0.002 0.103 0.373 36 M 0.110 0.151 0.006 0.028 0.011 0.020 0.117 0.015 0.003 0.128 0.410 37 G 0.135 0.190 0.004 0.029 0.009 0.024 0.096 0.012 0.002 0.068 0.432 38 A 0.064 0.132 0.004 0.023 0.007 0.013 0.099 0.008 0.001 0.187 0.462 39 Q 0.022 0.408 0.003 0.013 0.006 0.011 0.073 0.006 0.001 0.121 0.337 40 N 0.018 0.796 0.001 0.002 0.002 0.002 0.017 0.003 0.001 0.059 0.100 41 E 0.010 0.714 0.002 0.004 0.003 0.004 0.020 0.006 0.001 0.174 0.065 42 S 0.008 0.850 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.005 0.001 0.099 0.027 43 L 0.013 0.948 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 0.001 0.015 0.011 44 E 0.021 0.312 0.010 0.001 0.001 0.002 0.009 0.004 0.002 0.607 0.030 45 Q 0.057 0.754 0.009 0.001 0.001 0.002 0.020 0.008 0.007 0.065 0.077 46 G 0.083 0.417 0.042 0.003 0.002 0.003 0.049 0.039 0.018 0.201 0.144 47 A 0.142 0.061 0.216 0.008 0.003 0.008 0.055 0.066 0.107 0.147 0.187 48 N 0.314 0.040 0.007 0.006 0.005 0.006 0.068 0.004 0.004 0.033 0.513 49 A 0.034 0.009 0.004 0.007 0.002 0.002 0.056 0.004 0.001 0.026 0.854 50 H 0.072 0.038 0.001 0.034 0.006 0.008 0.200 0.006 0.001 0.027 0.607 51 G 0.020 0.013 0.001 0.022 0.002 0.003 0.120 0.001 0.001 0.030 0.787 52 L 0.001 0.010 0.001 0.023 0.009 0.012 0.189 0.001 0.001 0.009 0.747 53 N 0.069 0.874 0.001 0.002 0.001 0.001 0.004 0.004 0.001 0.010 0.036 54 V 0.030 0.955 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.003 0.007 55 E 0.003 0.856 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.099 0.029 56 D 0.010 0.891 0.001 0.004 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.077 0.012 57 I 0.008 0.912 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.010 0.001 0.050 0.012 58 L 0.015 0.524 0.066 0.001 0.004 0.002 0.003 0.008 0.002 0.359 0.014 59 R 0.045 0.758 0.012 0.001 0.001 0.001 0.012 0.005 0.006 0.076 0.083 60 D 0.107 0.614 0.017 0.001 0.001 0.002 0.026 0.032 0.009 0.040 0.152 61 L 0.215 0.218 0.094 0.002 0.001 0.002 0.044 0.086 0.091 0.058 0.189 62 N 0.239 0.051 0.017 0.001 0.001 0.002 0.062 0.005 0.008 0.035 0.578 63 A 0.037 0.015 0.002 0.003 0.001 0.002 0.060 0.002 0.001 0.013 0.865 64 L 0.074 0.021 0.004 0.011 0.003 0.004 0.162 0.004 0.002 0.038 0.677 65 A 0.042 0.014 0.002 0.016 0.003 0.007 0.135 0.003 0.002 0.026 0.750