# TARGET T0469 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0469.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 14.2513 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.055 0.040 0.012 0.017 0.033 0.117 0.038 0.687 2 T 0.140 0.049 0.012 0.021 0.043 0.092 0.150 0.493 3 Q 0.039 0.048 0.026 0.046 0.058 0.121 0.077 0.585 4 K 0.016 0.099 0.035 0.049 0.065 0.106 0.042 0.588 5 F 0.029 0.163 0.035 0.026 0.034 0.075 0.091 0.547 6 T 0.134 0.404 0.009 0.005 0.004 0.022 0.345 0.077 7 K 0.018 0.738 0.008 0.003 0.004 0.023 0.070 0.137 8 D 0.007 0.855 0.009 0.002 0.004 0.010 0.021 0.091 9 M 0.003 0.939 0.005 0.003 0.004 0.005 0.006 0.035 10 T 0.003 0.976 0.003 0.001 0.001 0.002 0.003 0.011 11 F 0.004 0.976 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.009 12 A 0.014 0.920 0.004 0.001 0.002 0.005 0.039 0.016 13 Q 0.060 0.319 0.043 0.005 0.005 0.024 0.501 0.042 14 A 0.184 0.244 0.087 0.009 0.016 0.044 0.264 0.152 15 L 0.393 0.077 0.035 0.011 0.014 0.056 0.084 0.329 16 Q 0.011 0.014 0.015 0.006 0.010 0.128 0.030 0.786 17 T 0.005 0.026 0.006 0.002 0.003 0.110 0.014 0.833 18 H 0.277 0.427 0.004 0.003 0.002 0.023 0.143 0.122 19 P 0.045 0.384 0.004 0.002 0.003 0.073 0.033 0.455 20 G 0.021 0.578 0.012 0.004 0.008 0.035 0.060 0.281 21 V 0.007 0.934 0.003 0.001 0.004 0.007 0.007 0.037 22 A 0.024 0.817 0.015 0.007 0.011 0.015 0.048 0.062 23 G 0.024 0.344 0.028 0.014 0.020 0.016 0.499 0.054 24 V 0.059 0.404 0.073 0.023 0.032 0.040 0.256 0.113 25 L 0.111 0.085 0.251 0.027 0.028 0.037 0.346 0.116 26 R 0.263 0.064 0.060 0.040 0.055 0.073 0.059 0.386 27 S 0.060 0.011 0.019 0.010 0.019 0.089 0.030 0.762 28 Y 0.032 0.019 0.031 0.025 0.023 0.200 0.028 0.642 29 N 0.081 0.044 0.024 0.011 0.026 0.135 0.062 0.617 30 L 0.069 0.020 0.037 0.020 0.022 0.131 0.055 0.646 31 G 0.078 0.035 0.094 0.039 0.073 0.119 0.048 0.515 32 C 0.150 0.027 0.057 0.015 0.029 0.122 0.067 0.535 33 I 0.027 0.019 0.126 0.030 0.048 0.157 0.051 0.541 34 G 0.030 0.075 0.056 0.023 0.052 0.115 0.035 0.613 35 C 0.170 0.142 0.045 0.020 0.023 0.112 0.120 0.368 36 M 0.097 0.153 0.064 0.023 0.028 0.113 0.149 0.374 37 G 0.140 0.202 0.026 0.009 0.019 0.092 0.116 0.395 38 A 0.068 0.103 0.060 0.011 0.015 0.097 0.392 0.254 39 Q 0.030 0.435 0.026 0.008 0.015 0.069 0.095 0.323 40 N 0.037 0.762 0.006 0.003 0.005 0.023 0.022 0.143 41 E 0.016 0.717 0.018 0.007 0.007 0.032 0.080 0.124 42 S 0.006 0.947 0.001 0.001 0.001 0.004 0.022 0.017 43 L 0.028 0.865 0.003 0.001 0.001 0.005 0.077 0.020 44 E 0.029 0.402 0.021 0.002 0.002 0.018 0.485 0.040 45 Q 0.031 0.820 0.008 0.002 0.004 0.016 0.059 0.061 46 G 0.094 0.428 0.106 0.008 0.012 0.034 0.173 0.145 47 A 0.098 0.078 0.212 0.021 0.021 0.093 0.247 0.231 48 N 0.311 0.041 0.026 0.008 0.016 0.083 0.053 0.462 49 A 0.094 0.009 0.036 0.007 0.014 0.117 0.078 0.645 50 H 0.012 0.006 0.026 0.010 0.009 0.211 0.019 0.707 51 G 0.019 0.016 0.034 0.010 0.021 0.135 0.025 0.740 52 L 0.004 0.019 0.028 0.014 0.012 0.173 0.029 0.720 53 N 0.068 0.675 0.005 0.001 0.001 0.020 0.179 0.051 54 V 0.011 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.006 55 E 0.015 0.941 0.002 0.001 0.001 0.005 0.018 0.020 56 D 0.008 0.880 0.002 0.001 0.001 0.004 0.092 0.014 57 I 0.009 0.937 0.003 0.001 0.001 0.002 0.041 0.008 58 L 0.058 0.603 0.023 0.001 0.001 0.006 0.292 0.017 59 R 0.063 0.788 0.005 0.001 0.001 0.014 0.033 0.094 60 D 0.034 0.691 0.014 0.001 0.002 0.022 0.027 0.210 61 L 0.127 0.338 0.084 0.003 0.003 0.058 0.201 0.186 62 N 0.291 0.088 0.011 0.002 0.003 0.086 0.066 0.452 63 A 0.055 0.016 0.005 0.001 0.002 0.055 0.017 0.850 64 L 0.043 0.013 0.029 0.002 0.004 0.135 0.066 0.708 65 A 0.038 0.010 0.038 0.004 0.007 0.174 0.061 0.669