# TARGET T0469 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0469.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 14.2513 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.198 0.169 0.057 0.111 0.099 0.082 0.119 0.075 0.047 0.030 0.014 2 T 0.252 0.112 0.056 0.124 0.106 0.097 0.115 0.062 0.041 0.025 0.011 3 Q 0.299 0.173 0.168 0.171 0.079 0.044 0.035 0.017 0.008 0.004 0.002 4 K 0.093 0.144 0.123 0.245 0.165 0.090 0.077 0.036 0.016 0.007 0.004 5 F 0.008 0.006 0.008 0.013 0.023 0.039 0.109 0.143 0.216 0.234 0.201 6 T 0.045 0.164 0.210 0.268 0.153 0.071 0.042 0.023 0.013 0.009 0.003 7 K 0.039 0.076 0.188 0.192 0.149 0.117 0.108 0.067 0.035 0.021 0.008 8 D 0.161 0.132 0.110 0.179 0.123 0.102 0.096 0.051 0.025 0.014 0.006 9 M 0.048 0.023 0.030 0.052 0.062 0.098 0.190 0.173 0.151 0.107 0.068 10 T 0.070 0.136 0.105 0.206 0.181 0.094 0.093 0.060 0.029 0.017 0.009 11 F 0.004 0.006 0.012 0.018 0.035 0.047 0.129 0.156 0.226 0.208 0.159 12 A 0.063 0.048 0.087 0.161 0.172 0.153 0.161 0.076 0.044 0.023 0.010 13 Q 0.045 0.070 0.196 0.260 0.158 0.097 0.099 0.042 0.019 0.009 0.004 14 A 0.002 0.003 0.009 0.013 0.022 0.046 0.095 0.112 0.225 0.256 0.218 15 L 0.001 0.001 0.003 0.007 0.015 0.041 0.111 0.104 0.246 0.286 0.185 16 Q 0.018 0.059 0.339 0.257 0.159 0.075 0.047 0.022 0.013 0.008 0.003 17 T 0.026 0.054 0.137 0.138 0.135 0.180 0.175 0.080 0.040 0.025 0.011 18 H 0.029 0.047 0.025 0.057 0.061 0.109 0.202 0.159 0.142 0.108 0.062 19 P 0.429 0.134 0.052 0.105 0.077 0.056 0.068 0.041 0.021 0.012 0.007 20 G 0.329 0.197 0.116 0.166 0.088 0.044 0.030 0.015 0.008 0.005 0.003 21 V 0.039 0.061 0.033 0.064 0.078 0.090 0.159 0.134 0.143 0.119 0.080 22 A 0.034 0.036 0.020 0.076 0.116 0.167 0.217 0.142 0.098 0.062 0.032 23 G 0.161 0.157 0.252 0.230 0.097 0.048 0.029 0.015 0.007 0.004 0.002 24 V 0.012 0.012 0.023 0.054 0.082 0.137 0.216 0.149 0.142 0.098 0.074 25 L 0.002 0.004 0.006 0.011 0.017 0.019 0.050 0.091 0.202 0.267 0.331 26 R 0.017 0.032 0.077 0.137 0.173 0.169 0.188 0.092 0.062 0.037 0.015 27 S 0.047 0.122 0.304 0.251 0.124 0.065 0.040 0.022 0.012 0.008 0.005 28 Y 0.034 0.024 0.024 0.054 0.070 0.125 0.223 0.176 0.130 0.091 0.049 29 N 0.246 0.192 0.058 0.141 0.080 0.064 0.081 0.054 0.042 0.026 0.015 30 L 0.027 0.019 0.022 0.041 0.053 0.077 0.125 0.138 0.179 0.153 0.165 31 G 0.198 0.174 0.099 0.168 0.128 0.071 0.072 0.041 0.026 0.014 0.009 32 C 0.023 0.025 0.025 0.048 0.058 0.065 0.127 0.138 0.186 0.154 0.149 33 I 0.044 0.042 0.029 0.087 0.109 0.101 0.140 0.158 0.125 0.094 0.071 34 G 0.147 0.133 0.067 0.159 0.106 0.093 0.112 0.068 0.061 0.036 0.018 35 C 0.025 0.017 0.018 0.048 0.072 0.068 0.130 0.179 0.167 0.135 0.140 36 M 0.107 0.097 0.061 0.134 0.118 0.091 0.119 0.098 0.083 0.060 0.033 37 G 0.090 0.074 0.063 0.146 0.128 0.100 0.147 0.093 0.081 0.047 0.031 38 A 0.052 0.047 0.041 0.082 0.094 0.092 0.139 0.133 0.131 0.107 0.082 39 Q 0.103 0.136 0.084 0.190 0.143 0.090 0.107 0.063 0.046 0.026 0.013 40 N 0.091 0.065 0.068 0.119 0.113 0.120 0.158 0.098 0.079 0.056 0.033 41 E 0.046 0.037 0.054 0.103 0.114 0.149 0.187 0.120 0.095 0.061 0.036 42 S 0.064 0.154 0.099 0.175 0.133 0.086 0.116 0.072 0.051 0.033 0.017 43 L 0.004 0.005 0.009 0.017 0.034 0.051 0.119 0.137 0.225 0.209 0.191 44 E 0.132 0.092 0.129 0.196 0.142 0.103 0.099 0.050 0.032 0.019 0.007 45 Q 0.019 0.041 0.126 0.198 0.152 0.150 0.162 0.079 0.042 0.021 0.010 46 G 0.004 0.006 0.013 0.020 0.032 0.049 0.104 0.134 0.212 0.207 0.218 47 A 0.001 0.002 0.004 0.009 0.018 0.030 0.079 0.120 0.226 0.259 0.253 48 N 0.016 0.043 0.170 0.205 0.195 0.126 0.114 0.059 0.039 0.020 0.011 49 A 0.012 0.023 0.063 0.079 0.106 0.115 0.168 0.139 0.115 0.102 0.077 50 H 0.015 0.019 0.014 0.037 0.054 0.105 0.193 0.168 0.182 0.133 0.082 51 G 0.312 0.173 0.053 0.141 0.093 0.061 0.079 0.039 0.026 0.014 0.008 52 L 0.061 0.014 0.022 0.041 0.069 0.086 0.150 0.137 0.151 0.133 0.138 53 N 0.044 0.561 0.073 0.145 0.079 0.040 0.030 0.013 0.008 0.005 0.002 54 V 0.003 0.010 0.005 0.024 0.054 0.123 0.221 0.166 0.191 0.114 0.089 55 E 0.899 0.041 0.026 0.021 0.008 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 56 D 0.064 0.077 0.199 0.351 0.162 0.075 0.054 0.013 0.004 0.002 0.001 57 I 0.001 0.001 0.002 0.002 0.004 0.016 0.034 0.049 0.230 0.347 0.314 58 L 0.001 0.002 0.006 0.024 0.071 0.157 0.378 0.174 0.105 0.068 0.015 59 R 0.001 0.010 0.922 0.056 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 60 D 0.012 0.026 0.208 0.221 0.221 0.142 0.123 0.039 0.005 0.002 0.001 61 L 0.002 0.002 0.004 0.003 0.005 0.012 0.048 0.118 0.237 0.306 0.262 62 N 0.056 0.049 0.116 0.144 0.190 0.137 0.172 0.083 0.032 0.015 0.007 63 A 0.051 0.074 0.717 0.113 0.031 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 64 L 0.078 0.060 0.089 0.082 0.114 0.128 0.257 0.113 0.046 0.021 0.011 65 A 0.329 0.150 0.062 0.091 0.066 0.058 0.098 0.069 0.043 0.023 0.010