# TARGET T0469 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0469.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 14.2513 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.032 0.018 0.005 0.028 0.023 0.057 0.045 0.002 0.001 0.003 0.786 2 T 0.023 0.020 0.003 0.027 0.047 0.112 0.061 0.002 0.001 0.004 0.701 3 Q 0.075 0.024 0.004 0.034 0.072 0.096 0.058 0.001 0.001 0.006 0.631 4 K 0.120 0.046 0.003 0.030 0.047 0.064 0.134 0.002 0.001 0.006 0.547 5 F 0.153 0.076 0.007 0.061 0.092 0.160 0.091 0.002 0.001 0.006 0.353 6 T 0.072 0.119 0.003 0.039 0.126 0.188 0.123 0.006 0.001 0.011 0.313 7 K 0.061 0.069 0.018 0.026 0.022 0.042 0.052 0.002 0.001 0.004 0.705 8 D 0.020 0.066 0.002 0.013 0.010 0.023 0.371 0.004 0.001 0.006 0.485 9 M 0.440 0.044 0.010 0.015 0.017 0.028 0.178 0.004 0.001 0.025 0.238 10 T 0.051 0.300 0.006 0.013 0.020 0.028 0.184 0.002 0.001 0.004 0.392 11 F 0.025 0.283 0.037 0.026 0.040 0.072 0.102 0.001 0.001 0.003 0.411 12 A 0.014 0.432 0.002 0.015 0.020 0.044 0.088 0.001 0.001 0.002 0.383 13 Q 0.021 0.677 0.002 0.006 0.014 0.015 0.099 0.002 0.001 0.001 0.163 14 A 0.034 0.888 0.001 0.001 0.005 0.005 0.006 0.001 0.001 0.001 0.059 15 L 0.008 0.967 0.001 0.001 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 16 Q 0.057 0.876 0.004 0.002 0.006 0.007 0.007 0.010 0.001 0.001 0.031 17 T 0.075 0.815 0.025 0.002 0.006 0.011 0.004 0.018 0.001 0.002 0.043 18 H 0.233 0.444 0.027 0.004 0.009 0.012 0.026 0.061 0.001 0.001 0.182 19 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 20 G 0.011 0.023 0.005 0.005 0.008 0.021 0.153 0.003 0.001 0.003 0.768 21 V 0.480 0.039 0.019 0.007 0.003 0.006 0.072 0.003 0.001 0.004 0.369 22 A 0.085 0.291 0.008 0.020 0.020 0.031 0.061 0.001 0.001 0.002 0.482 23 G 0.054 0.244 0.006 0.021 0.034 0.032 0.094 0.001 0.001 0.003 0.511 24 V 0.072 0.593 0.002 0.020 0.037 0.027 0.041 0.001 0.001 0.001 0.207 25 L 0.045 0.749 0.002 0.019 0.039 0.046 0.012 0.002 0.001 0.001 0.086 26 R 0.023 0.828 0.002 0.013 0.022 0.030 0.014 0.005 0.001 0.001 0.062 27 S 0.054 0.781 0.004 0.008 0.013 0.025 0.017 0.014 0.001 0.001 0.082 28 Y 0.195 0.600 0.007 0.011 0.011 0.017 0.009 0.054 0.001 0.003 0.094 29 N 0.371 0.202 0.018 0.014 0.014 0.019 0.040 0.112 0.001 0.007 0.204 30 L 0.073 0.071 0.654 0.023 0.010 0.015 0.021 0.007 0.001 0.003 0.122 31 G 0.038 0.029 0.016 0.085 0.058 0.050 0.240 0.012 0.001 0.007 0.465 32 C 0.137 0.019 0.068 0.071 0.018 0.034 0.130 0.004 0.001 0.022 0.497 33 I 0.041 0.074 0.006 0.194 0.057 0.054 0.144 0.001 0.001 0.004 0.426 34 G 0.045 0.016 0.006 0.086 0.020 0.034 0.230 0.003 0.001 0.014 0.547 35 C 0.165 0.072 0.010 0.190 0.031 0.052 0.115 0.002 0.001 0.009 0.354 36 M 0.020 0.036 0.003 0.053 0.018 0.036 0.056 0.001 0.001 0.002 0.774 37 G 0.044 0.049 0.002 0.043 0.018 0.043 0.120 0.003 0.001 0.007 0.672 38 A 0.131 0.205 0.005 0.032 0.022 0.032 0.123 0.003 0.001 0.007 0.439 39 Q 0.201 0.199 0.004 0.023 0.012 0.028 0.132 0.012 0.001 0.005 0.384 40 N 0.183 0.311 0.012 0.026 0.015 0.037 0.059 0.007 0.001 0.006 0.345 41 E 0.108 0.253 0.020 0.016 0.016 0.020 0.141 0.004 0.001 0.004 0.419 42 S 0.041 0.187 0.005 0.005 0.004 0.008 0.213 0.005 0.001 0.004 0.527 43 L 0.044 0.468 0.007 0.007 0.007 0.012 0.067 0.003 0.001 0.002 0.383 44 E 0.007 0.560 0.001 0.003 0.003 0.005 0.124 0.001 0.001 0.001 0.296 45 Q 0.064 0.499 0.003 0.004 0.003 0.004 0.276 0.007 0.001 0.003 0.138 46 G 0.077 0.902 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.014 47 A 0.009 0.966 0.005 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 48 N 0.033 0.829 0.013 0.006 0.007 0.009 0.005 0.009 0.001 0.001 0.088 49 A 0.066 0.806 0.010 0.011 0.007 0.013 0.007 0.017 0.001 0.001 0.063 50 H 0.187 0.456 0.008 0.021 0.008 0.009 0.022 0.144 0.001 0.002 0.142 51 G 0.425 0.145 0.066 0.033 0.006 0.015 0.017 0.078 0.001 0.005 0.211 52 L 0.095 0.066 0.537 0.098 0.010 0.014 0.030 0.007 0.001 0.003 0.140 53 N 0.021 0.016 0.008 0.027 0.012 0.012 0.147 0.004 0.001 0.003 0.750 54 V 0.007 0.016 0.029 0.021 0.002 0.007 0.027 0.001 0.001 0.002 0.889 55 E 0.001 0.024 0.001 0.004 0.001 0.002 0.586 0.001 0.001 0.001 0.381 56 D 0.029 0.027 0.001 0.002 0.001 0.001 0.711 0.001 0.001 0.003 0.226 57 I 0.071 0.870 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 0.001 0.044 58 L 0.006 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.008 59 R 0.009 0.972 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.015 60 D 0.011 0.974 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.011 61 L 0.026 0.959 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.006 62 N 0.018 0.942 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 0.022 63 A 0.045 0.760 0.063 0.001 0.001 0.001 0.013 0.029 0.001 0.001 0.087 64 L 0.167 0.663 0.027 0.003 0.002 0.003 0.017 0.041 0.001 0.002 0.075 65 A 0.150 0.575 0.028 0.006 0.005 0.005 0.019 0.029 0.001 0.002 0.182