# TARGET T0469 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0469.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 14.2513 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.060 0.031 0.030 0.025 0.046 0.082 0.007 0.719 2 T 0.046 0.036 0.029 0.030 0.055 0.147 0.008 0.650 3 Q 0.085 0.044 0.026 0.025 0.039 0.081 0.011 0.689 4 K 0.114 0.100 0.044 0.030 0.049 0.128 0.013 0.523 5 F 0.141 0.125 0.095 0.049 0.069 0.133 0.012 0.377 6 T 0.048 0.255 0.082 0.051 0.087 0.102 0.008 0.367 7 K 0.028 0.135 0.027 0.016 0.032 0.054 0.007 0.700 8 D 0.047 0.126 0.035 0.012 0.026 0.295 0.018 0.441 9 M 0.276 0.165 0.034 0.010 0.014 0.159 0.040 0.303 10 T 0.067 0.484 0.013 0.006 0.010 0.185 0.009 0.225 11 F 0.026 0.577 0.029 0.006 0.025 0.084 0.004 0.248 12 A 0.010 0.652 0.008 0.004 0.011 0.067 0.003 0.246 13 Q 0.039 0.615 0.005 0.004 0.006 0.205 0.009 0.117 14 A 0.012 0.961 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.018 15 L 0.006 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 16 Q 0.021 0.948 0.003 0.002 0.002 0.002 0.007 0.015 17 T 0.099 0.759 0.011 0.003 0.004 0.006 0.067 0.049 18 H 0.247 0.512 0.022 0.009 0.009 0.019 0.033 0.150 19 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 20 G 0.019 0.036 0.034 0.004 0.006 0.202 0.007 0.692 21 V 0.501 0.081 0.024 0.003 0.006 0.064 0.014 0.307 22 A 0.098 0.421 0.033 0.008 0.024 0.051 0.004 0.361 23 G 0.031 0.359 0.015 0.005 0.012 0.091 0.004 0.483 24 V 0.066 0.555 0.012 0.008 0.015 0.071 0.007 0.267 25 L 0.029 0.898 0.005 0.004 0.007 0.010 0.003 0.046 26 R 0.024 0.889 0.007 0.005 0.006 0.008 0.004 0.056 27 S 0.043 0.865 0.011 0.003 0.007 0.006 0.014 0.051 28 Y 0.237 0.550 0.029 0.005 0.007 0.016 0.073 0.083 29 N 0.368 0.237 0.074 0.010 0.011 0.035 0.121 0.144 30 L 0.099 0.119 0.412 0.018 0.015 0.073 0.023 0.240 31 G 0.052 0.044 0.194 0.021 0.022 0.189 0.016 0.462 32 C 0.092 0.043 0.178 0.017 0.033 0.105 0.010 0.522 33 I 0.064 0.078 0.228 0.032 0.058 0.118 0.007 0.414 34 G 0.077 0.051 0.104 0.021 0.035 0.119 0.012 0.581 35 C 0.152 0.084 0.110 0.027 0.050 0.100 0.014 0.463 36 M 0.057 0.059 0.038 0.016 0.026 0.068 0.008 0.729 37 G 0.072 0.075 0.053 0.017 0.038 0.146 0.014 0.585 38 A 0.252 0.086 0.048 0.014 0.018 0.217 0.020 0.343 39 Q 0.241 0.119 0.023 0.010 0.014 0.103 0.021 0.469 40 N 0.174 0.155 0.051 0.012 0.036 0.055 0.015 0.502 41 E 0.089 0.127 0.033 0.014 0.016 0.225 0.011 0.484 42 S 0.040 0.102 0.011 0.005 0.007 0.277 0.009 0.550 43 L 0.060 0.476 0.022 0.008 0.027 0.070 0.004 0.332 44 E 0.012 0.392 0.013 0.005 0.008 0.175 0.003 0.392 45 Q 0.048 0.627 0.009 0.004 0.006 0.121 0.013 0.172 46 G 0.038 0.931 0.002 0.001 0.002 0.003 0.002 0.021 47 A 0.009 0.965 0.003 0.002 0.003 0.002 0.001 0.013 48 N 0.017 0.783 0.101 0.014 0.018 0.013 0.010 0.044 49 A 0.052 0.780 0.061 0.009 0.015 0.008 0.022 0.054 50 H 0.117 0.503 0.123 0.016 0.019 0.037 0.061 0.124 51 G 0.242 0.068 0.251 0.013 0.015 0.022 0.114 0.276 52 L 0.088 0.030 0.661 0.016 0.010 0.047 0.011 0.136 53 N 0.010 0.018 0.036 0.005 0.009 0.466 0.003 0.453 54 V 0.029 0.025 0.045 0.002 0.032 0.067 0.003 0.797 55 E 0.001 0.006 0.002 0.001 0.001 0.259 0.001 0.730 56 D 0.028 0.009 0.002 0.001 0.001 0.890 0.003 0.067 57 I 0.023 0.931 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.039 58 L 0.001 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 59 R 0.005 0.976 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.013 60 D 0.015 0.966 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 0.008 61 L 0.029 0.963 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 62 N 0.018 0.946 0.004 0.001 0.001 0.003 0.012 0.017 63 A 0.076 0.795 0.028 0.001 0.001 0.007 0.035 0.058 64 L 0.196 0.623 0.027 0.002 0.002 0.024 0.040 0.086 65 A 0.187 0.521 0.029 0.004 0.003 0.034 0.042 0.180