# TARGET T0469 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0469.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 14.2513 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.210 0.271 0.248 0.103 0.063 0.047 0.023 0.004 0.026 0.004 0.001 2 T 0.257 0.220 0.256 0.113 0.058 0.039 0.023 0.003 0.026 0.003 0.002 3 Q 0.449 0.181 0.170 0.086 0.052 0.021 0.016 0.003 0.017 0.003 0.001 4 K 0.289 0.281 0.215 0.085 0.053 0.036 0.014 0.002 0.022 0.001 0.001 5 F 0.228 0.279 0.297 0.071 0.035 0.057 0.006 0.001 0.024 0.001 0.001 6 T 0.193 0.202 0.379 0.054 0.043 0.068 0.012 0.001 0.045 0.003 0.001 7 K 0.846 0.018 0.060 0.041 0.010 0.010 0.007 0.001 0.003 0.002 0.001 8 D 0.551 0.024 0.036 0.309 0.016 0.015 0.040 0.004 0.005 0.001 0.001 9 M 0.511 0.113 0.129 0.104 0.041 0.022 0.045 0.011 0.021 0.003 0.001 10 T 0.487 0.198 0.185 0.050 0.016 0.046 0.007 0.001 0.008 0.001 0.001 11 F 0.858 0.080 0.027 0.017 0.008 0.006 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 12 A 0.945 0.017 0.014 0.011 0.009 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 13 Q 0.943 0.012 0.008 0.025 0.006 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 14 A 0.930 0.022 0.014 0.020 0.006 0.002 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 15 L 0.898 0.037 0.019 0.036 0.003 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 16 Q 0.794 0.030 0.037 0.086 0.018 0.012 0.013 0.001 0.010 0.001 0.001 17 T 0.469 0.039 0.085 0.365 0.008 0.014 0.012 0.001 0.006 0.001 0.001 18 H 0.062 0.117 0.235 0.023 0.025 0.022 0.022 0.001 0.483 0.010 0.001 19 P 0.711 0.001 0.236 0.017 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.027 20 G 0.493 0.002 0.023 0.102 0.014 0.015 0.033 0.277 0.001 0.040 0.001 21 V 0.786 0.056 0.071 0.062 0.006 0.013 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 22 A 0.870 0.032 0.053 0.029 0.005 0.004 0.003 0.001 0.003 0.001 0.001 23 G 0.923 0.009 0.012 0.009 0.022 0.005 0.010 0.005 0.001 0.005 0.001 24 V 0.938 0.038 0.007 0.011 0.004 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 25 L 0.917 0.022 0.015 0.015 0.019 0.002 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 26 R 0.923 0.019 0.013 0.034 0.005 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 27 S 0.859 0.016 0.019 0.072 0.013 0.005 0.005 0.001 0.009 0.001 0.001 28 Y 0.202 0.015 0.036 0.713 0.005 0.004 0.018 0.001 0.005 0.001 0.001 29 N 0.077 0.011 0.046 0.054 0.023 0.012 0.566 0.154 0.007 0.051 0.001 30 L 0.207 0.182 0.290 0.218 0.026 0.030 0.027 0.003 0.012 0.003 0.001 31 G 0.162 0.082 0.185 0.128 0.104 0.046 0.063 0.094 0.015 0.118 0.001 32 C 0.225 0.198 0.259 0.131 0.072 0.060 0.013 0.003 0.031 0.005 0.002 33 I 0.278 0.247 0.224 0.152 0.036 0.018 0.015 0.002 0.024 0.002 0.002 34 G 0.119 0.047 0.116 0.075 0.187 0.025 0.058 0.155 0.010 0.205 0.001 35 C 0.121 0.204 0.378 0.043 0.102 0.038 0.013 0.004 0.081 0.015 0.001 36 M 0.545 0.028 0.341 0.048 0.007 0.015 0.003 0.001 0.005 0.002 0.006 37 G 0.580 0.027 0.086 0.090 0.060 0.024 0.036 0.051 0.007 0.040 0.001 38 A 0.635 0.049 0.102 0.125 0.042 0.018 0.012 0.003 0.010 0.004 0.001 39 Q 0.600 0.060 0.082 0.214 0.011 0.012 0.011 0.001 0.008 0.001 0.001 40 N 0.566 0.057 0.113 0.087 0.039 0.028 0.074 0.010 0.016 0.009 0.001 41 E 0.762 0.043 0.096 0.063 0.014 0.010 0.005 0.001 0.005 0.001 0.001 42 S 0.579 0.074 0.158 0.090 0.022 0.047 0.005 0.001 0.023 0.001 0.001 43 L 0.958 0.006 0.021 0.009 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 44 E 0.977 0.003 0.005 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 45 Q 0.901 0.013 0.010 0.065 0.003 0.002 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 46 G 0.911 0.026 0.013 0.018 0.017 0.002 0.005 0.001 0.006 0.001 0.001 47 A 0.909 0.039 0.021 0.020 0.005 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 48 N 0.881 0.033 0.030 0.033 0.009 0.007 0.002 0.001 0.005 0.001 0.001 49 A 0.901 0.019 0.017 0.043 0.006 0.003 0.002 0.001 0.009 0.001 0.001 50 H 0.128 0.007 0.023 0.782 0.003 0.003 0.050 0.001 0.003 0.001 0.001 51 G 0.012 0.002 0.013 0.009 0.010 0.004 0.286 0.610 0.001 0.054 0.001 52 L 0.118 0.250 0.488 0.081 0.015 0.033 0.005 0.001 0.006 0.002 0.001 53 N 0.013 0.039 0.559 0.021 0.022 0.249 0.015 0.001 0.068 0.014 0.001 54 V 0.972 0.001 0.017 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 55 E 0.993 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 56 D 0.979 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 57 I 0.990 0.003 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 58 L 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 59 R 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 60 D 0.963 0.001 0.001 0.036 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 61 L 0.936 0.002 0.003 0.056 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 62 N 0.914 0.002 0.004 0.057 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 63 A 0.893 0.003 0.007 0.074 0.003 0.002 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 64 L 0.769 0.022 0.033 0.155 0.003 0.008 0.005 0.001 0.005 0.001 0.001 65 A 0.742 0.040 0.073 0.089 0.012 0.012 0.017 0.001 0.012 0.001 0.001