# TARGET T0469 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0469.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 14.2513 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.101 0.120 0.044 0.016 0.160 0.021 0.038 0.196 0.101 0.147 0.056 2 T 0.117 0.156 0.048 0.019 0.199 0.017 0.025 0.199 0.089 0.084 0.047 3 Q 0.057 0.104 0.044 0.017 0.108 0.026 0.044 0.358 0.154 0.059 0.028 4 K 0.085 0.138 0.039 0.006 0.175 0.010 0.038 0.319 0.085 0.078 0.028 5 F 0.193 0.129 0.016 0.002 0.243 0.006 0.023 0.193 0.060 0.093 0.043 6 T 0.074 0.210 0.082 0.020 0.179 0.020 0.022 0.261 0.068 0.028 0.034 7 K 0.017 0.022 0.007 0.003 0.023 0.009 0.033 0.626 0.229 0.022 0.008 8 D 0.021 0.020 0.010 0.004 0.026 0.005 0.027 0.615 0.126 0.121 0.023 9 M 0.041 0.140 0.030 0.003 0.089 0.006 0.015 0.543 0.079 0.038 0.015 10 T 0.029 0.093 0.008 0.001 0.050 0.004 0.009 0.682 0.041 0.061 0.022 11 F 0.017 0.006 0.001 0.001 0.010 0.001 0.004 0.844 0.090 0.014 0.013 12 A 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.005 0.015 0.914 0.056 0.002 0.001 13 Q 0.005 0.004 0.001 0.001 0.004 0.001 0.004 0.919 0.033 0.027 0.001 14 A 0.002 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.770 0.204 0.013 0.001 15 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.700 0.267 0.005 0.001 16 Q 0.004 0.004 0.002 0.001 0.004 0.001 0.081 0.740 0.140 0.023 0.001 17 T 0.021 0.152 0.097 0.004 0.048 0.010 0.130 0.222 0.055 0.244 0.018 18 H 0.100 0.301 0.208 0.013 0.180 0.006 0.006 0.066 0.031 0.049 0.041 19 P 0.007 0.030 0.012 0.006 0.013 0.013 0.048 0.598 0.246 0.020 0.007 20 G 0.012 0.018 0.019 0.014 0.017 0.012 0.047 0.460 0.181 0.194 0.026 21 V 0.042 0.045 0.007 0.001 0.052 0.002 0.012 0.557 0.135 0.121 0.026 22 A 0.011 0.027 0.008 0.006 0.021 0.007 0.011 0.828 0.056 0.013 0.011 23 G 0.011 0.013 0.005 0.002 0.015 0.004 0.007 0.872 0.061 0.008 0.002 24 V 0.010 0.017 0.001 0.001 0.012 0.001 0.002 0.894 0.035 0.027 0.002 25 L 0.008 0.006 0.001 0.001 0.008 0.001 0.005 0.891 0.060 0.018 0.002 26 R 0.002 0.002 0.001 0.001 0.003 0.002 0.026 0.807 0.150 0.004 0.001 27 S 0.013 0.005 0.006 0.003 0.009 0.008 0.134 0.657 0.107 0.052 0.006 28 Y 0.007 0.616 0.177 0.012 0.034 0.013 0.045 0.058 0.015 0.017 0.005 29 N 0.058 0.020 0.019 0.039 0.031 0.016 0.013 0.036 0.033 0.383 0.352 30 L 0.081 0.288 0.101 0.026 0.163 0.023 0.041 0.097 0.062 0.076 0.043 31 G 0.045 0.194 0.174 0.118 0.091 0.043 0.077 0.074 0.048 0.081 0.054 32 C 0.181 0.119 0.076 0.022 0.218 0.017 0.033 0.101 0.081 0.098 0.057 33 I 0.036 0.140 0.068 0.052 0.079 0.066 0.107 0.213 0.131 0.074 0.034 34 G 0.046 0.082 0.118 0.146 0.063 0.065 0.064 0.104 0.057 0.195 0.059 35 C 0.099 0.246 0.121 0.017 0.229 0.009 0.014 0.100 0.060 0.074 0.031 36 M 0.057 0.111 0.040 0.014 0.103 0.019 0.045 0.335 0.190 0.060 0.026 37 G 0.033 0.077 0.071 0.041 0.051 0.038 0.070 0.312 0.185 0.091 0.032 38 A 0.047 0.097 0.041 0.010 0.076 0.013 0.039 0.419 0.127 0.106 0.025 39 Q 0.029 0.095 0.043 0.019 0.053 0.022 0.062 0.382 0.160 0.107 0.029 40 N 0.034 0.049 0.038 0.030 0.043 0.019 0.024 0.404 0.148 0.153 0.058 41 E 0.024 0.124 0.045 0.009 0.057 0.012 0.024 0.546 0.078 0.066 0.015 42 S 0.032 0.124 0.031 0.004 0.058 0.004 0.012 0.567 0.067 0.079 0.023 43 L 0.010 0.005 0.001 0.001 0.007 0.001 0.004 0.729 0.223 0.011 0.009 44 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 0.905 0.079 0.002 0.001 45 Q 0.003 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.007 0.935 0.031 0.016 0.001 46 G 0.008 0.022 0.002 0.001 0.010 0.001 0.006 0.849 0.071 0.030 0.003 47 A 0.005 0.008 0.001 0.001 0.008 0.002 0.009 0.856 0.095 0.013 0.002 48 N 0.005 0.003 0.003 0.001 0.005 0.001 0.062 0.744 0.157 0.015 0.003 49 A 0.012 0.027 0.032 0.011 0.017 0.025 0.154 0.534 0.100 0.077 0.010 50 H 0.009 0.572 0.135 0.036 0.034 0.054 0.091 0.026 0.012 0.023 0.008 51 G 0.026 0.009 0.016 0.036 0.014 0.005 0.003 0.012 0.018 0.492 0.368 52 L 0.018 0.534 0.194 0.019 0.091 0.017 0.027 0.040 0.015 0.036 0.009 53 N 0.009 0.652 0.257 0.005 0.047 0.001 0.002 0.012 0.005 0.003 0.007 54 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.540 0.451 0.002 0.002 55 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.961 0.035 0.001 0.001 56 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.984 0.011 0.003 0.001 57 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.987 0.009 0.004 0.001 58 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.945 0.054 0.001 0.001 59 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.959 0.040 0.001 0.001 60 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.031 0.909 0.047 0.012 0.001 61 L 0.004 0.032 0.004 0.001 0.005 0.001 0.004 0.739 0.168 0.041 0.003 62 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.022 0.733 0.227 0.011 0.002 63 A 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.031 0.764 0.169 0.028 0.001 64 L 0.011 0.053 0.014 0.001 0.026 0.003 0.128 0.521 0.162 0.074 0.007 65 A 0.080 0.063 0.034 0.009 0.095 0.016 0.049 0.338 0.140 0.131 0.046