# TARGET T0469 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0469.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 14.2513 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.713 0.192 0.059 0.026 0.008 0.001 0.001 2 T 0.723 0.195 0.058 0.019 0.004 0.001 0.001 3 Q 0.684 0.238 0.056 0.018 0.003 0.001 0.001 4 K 0.428 0.377 0.142 0.043 0.009 0.001 0.001 5 F 0.112 0.097 0.182 0.304 0.239 0.062 0.003 6 T 0.262 0.304 0.238 0.129 0.054 0.012 0.001 7 K 0.328 0.302 0.191 0.117 0.047 0.014 0.001 8 D 0.305 0.325 0.192 0.107 0.054 0.016 0.001 9 M 0.108 0.133 0.184 0.276 0.217 0.075 0.008 10 T 0.121 0.218 0.258 0.188 0.147 0.058 0.010 11 F 0.035 0.058 0.087 0.159 0.257 0.321 0.084 12 A 0.071 0.162 0.243 0.249 0.186 0.080 0.009 13 Q 0.073 0.200 0.278 0.267 0.121 0.053 0.007 14 A 0.017 0.027 0.058 0.136 0.307 0.375 0.081 15 L 0.029 0.042 0.069 0.169 0.298 0.326 0.067 16 Q 0.126 0.284 0.299 0.189 0.072 0.027 0.003 17 T 0.128 0.235 0.268 0.235 0.094 0.035 0.003 18 H 0.078 0.124 0.195 0.253 0.224 0.117 0.009 19 P 0.207 0.225 0.219 0.190 0.119 0.037 0.003 20 G 0.240 0.349 0.218 0.115 0.058 0.018 0.002 21 V 0.067 0.123 0.156 0.238 0.251 0.143 0.023 22 A 0.033 0.094 0.178 0.278 0.267 0.140 0.011 23 G 0.109 0.289 0.261 0.197 0.100 0.040 0.004 24 V 0.016 0.049 0.142 0.281 0.324 0.167 0.022 25 L 0.014 0.023 0.033 0.083 0.255 0.468 0.123 26 R 0.035 0.137 0.257 0.323 0.172 0.070 0.007 27 S 0.146 0.299 0.246 0.202 0.071 0.032 0.005 28 Y 0.051 0.088 0.194 0.299 0.238 0.118 0.011 29 N 0.139 0.222 0.196 0.215 0.136 0.080 0.013 30 L 0.063 0.069 0.116 0.181 0.259 0.247 0.065 31 G 0.166 0.215 0.186 0.201 0.121 0.081 0.031 32 C 0.096 0.085 0.091 0.122 0.190 0.264 0.152 33 I 0.126 0.107 0.101 0.152 0.155 0.203 0.156 34 G 0.214 0.169 0.133 0.156 0.131 0.116 0.081 35 C 0.125 0.093 0.087 0.130 0.156 0.223 0.185 36 M 0.139 0.119 0.112 0.149 0.170 0.191 0.120 37 G 0.172 0.158 0.134 0.169 0.149 0.139 0.078 38 A 0.174 0.160 0.147 0.156 0.164 0.135 0.064 39 Q 0.149 0.180 0.174 0.173 0.142 0.121 0.060 40 N 0.097 0.115 0.127 0.183 0.211 0.183 0.084 41 E 0.077 0.097 0.120 0.174 0.251 0.211 0.069 42 S 0.058 0.100 0.138 0.186 0.223 0.200 0.096 43 L 0.016 0.024 0.034 0.078 0.169 0.380 0.299 44 E 0.039 0.095 0.189 0.268 0.216 0.151 0.041 45 Q 0.052 0.133 0.277 0.292 0.139 0.085 0.022 46 G 0.031 0.035 0.050 0.134 0.234 0.375 0.141 47 A 0.036 0.034 0.053 0.119 0.212 0.371 0.175 48 N 0.054 0.147 0.243 0.272 0.135 0.113 0.036 49 A 0.097 0.139 0.166 0.184 0.211 0.155 0.048 50 H 0.061 0.089 0.108 0.183 0.250 0.251 0.058 51 G 0.197 0.334 0.228 0.122 0.076 0.036 0.006 52 L 0.051 0.094 0.187 0.320 0.239 0.095 0.014 53 N 0.102 0.270 0.277 0.185 0.123 0.040 0.004 54 V 0.021 0.049 0.109 0.264 0.303 0.239 0.015 55 E 0.283 0.467 0.163 0.058 0.024 0.005 0.001 56 D 0.143 0.409 0.266 0.155 0.024 0.003 0.001 57 I 0.006 0.017 0.041 0.111 0.430 0.368 0.026 58 L 0.010 0.057 0.163 0.423 0.261 0.084 0.002 59 R 0.293 0.499 0.151 0.041 0.013 0.003 0.001 60 D 0.078 0.245 0.336 0.282 0.052 0.007 0.001 61 L 0.034 0.047 0.109 0.213 0.391 0.201 0.006 62 N 0.173 0.253 0.305 0.194 0.065 0.009 0.001 63 A 0.688 0.266 0.037 0.008 0.002 0.001 0.001 64 L 0.420 0.218 0.165 0.141 0.046 0.010 0.001 65 A 0.654 0.222 0.073 0.034 0.014 0.004 0.001