# TARGET T0469 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB8-sep9-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 14 (1 CB8-sep9 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0469.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 14.2513 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.275 0.131 0.142 0.163 0.129 0.080 0.042 0.019 0.011 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 2 T 0.386 0.170 0.129 0.122 0.087 0.051 0.031 0.011 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 3 Q 0.486 0.200 0.117 0.082 0.052 0.031 0.019 0.007 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 4 K 0.291 0.183 0.151 0.130 0.112 0.062 0.037 0.017 0.011 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 5 F 0.081 0.047 0.087 0.133 0.195 0.167 0.131 0.084 0.040 0.018 0.009 0.005 0.002 0.001 6 T 0.218 0.145 0.143 0.154 0.143 0.086 0.057 0.028 0.016 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 7 K 0.245 0.146 0.127 0.142 0.112 0.090 0.060 0.036 0.022 0.011 0.005 0.002 0.001 0.001 8 D 0.218 0.217 0.155 0.135 0.119 0.069 0.047 0.020 0.012 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 9 M 0.155 0.088 0.104 0.122 0.160 0.143 0.093 0.069 0.035 0.016 0.008 0.005 0.002 0.001 10 T 0.089 0.091 0.112 0.159 0.177 0.141 0.104 0.069 0.033 0.015 0.006 0.003 0.001 0.001 11 F 0.045 0.027 0.034 0.077 0.129 0.157 0.157 0.172 0.109 0.058 0.023 0.008 0.003 0.001 12 A 0.121 0.139 0.146 0.181 0.154 0.115 0.062 0.038 0.023 0.011 0.007 0.003 0.001 0.001 13 Q 0.255 0.200 0.175 0.131 0.090 0.065 0.042 0.021 0.012 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 14 A 0.035 0.023 0.044 0.084 0.145 0.199 0.178 0.156 0.079 0.030 0.015 0.008 0.003 0.001 15 L 0.052 0.044 0.055 0.097 0.178 0.165 0.184 0.124 0.063 0.024 0.009 0.003 0.001 0.001 16 Q 0.460 0.210 0.141 0.092 0.045 0.023 0.017 0.006 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 17 T 0.178 0.139 0.189 0.197 0.147 0.076 0.043 0.017 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 18 H 0.093 0.079 0.109 0.166 0.200 0.164 0.102 0.049 0.023 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 19 P 0.335 0.206 0.165 0.105 0.089 0.053 0.025 0.012 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 20 G 0.420 0.271 0.127 0.082 0.047 0.025 0.015 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 21 V 0.101 0.060 0.074 0.131 0.199 0.169 0.123 0.074 0.042 0.017 0.006 0.003 0.001 0.001 22 A 0.075 0.074 0.108 0.163 0.193 0.168 0.110 0.059 0.026 0.013 0.006 0.002 0.001 0.001 23 G 0.420 0.243 0.136 0.081 0.048 0.029 0.020 0.012 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 24 V 0.076 0.052 0.086 0.164 0.218 0.170 0.089 0.071 0.040 0.015 0.009 0.006 0.002 0.001 25 L 0.046 0.032 0.051 0.083 0.140 0.190 0.170 0.139 0.082 0.042 0.015 0.006 0.002 0.001 26 R 0.159 0.180 0.185 0.178 0.118 0.085 0.046 0.026 0.012 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 27 S 0.386 0.272 0.139 0.083 0.049 0.027 0.020 0.009 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 28 Y 0.079 0.068 0.114 0.176 0.203 0.159 0.096 0.053 0.028 0.012 0.006 0.004 0.002 0.001 29 N 0.160 0.160 0.153 0.151 0.142 0.092 0.074 0.034 0.020 0.009 0.004 0.001 0.001 0.001 30 L 0.124 0.066 0.083 0.102 0.146 0.145 0.115 0.104 0.058 0.029 0.014 0.008 0.004 0.001 31 G 0.215 0.166 0.140 0.144 0.107 0.075 0.059 0.037 0.028 0.014 0.008 0.003 0.002 0.001 32 C 0.071 0.029 0.046 0.080 0.122 0.143 0.131 0.132 0.097 0.060 0.043 0.030 0.011 0.005 33 I 0.075 0.062 0.071 0.091 0.114 0.133 0.130 0.106 0.077 0.058 0.044 0.023 0.010 0.006 34 G 0.149 0.101 0.106 0.112 0.112 0.101 0.096 0.082 0.058 0.037 0.024 0.013 0.007 0.004 35 C 0.068 0.040 0.049 0.071 0.114 0.120 0.111 0.120 0.109 0.078 0.058 0.038 0.016 0.007 36 M 0.111 0.079 0.092 0.106 0.129 0.128 0.111 0.084 0.059 0.044 0.030 0.016 0.007 0.004 37 G 0.124 0.084 0.096 0.122 0.139 0.120 0.095 0.082 0.057 0.038 0.024 0.012 0.006 0.003 38 A 0.112 0.079 0.086 0.113 0.154 0.129 0.103 0.086 0.062 0.038 0.021 0.010 0.004 0.002 39 Q 0.171 0.137 0.140 0.163 0.126 0.100 0.066 0.040 0.027 0.016 0.008 0.004 0.001 0.001 40 N 0.110 0.075 0.101 0.142 0.188 0.141 0.085 0.064 0.048 0.026 0.012 0.005 0.002 0.001 41 E 0.200 0.131 0.119 0.138 0.124 0.112 0.070 0.046 0.029 0.016 0.008 0.004 0.002 0.001 42 S 0.150 0.148 0.159 0.160 0.123 0.099 0.070 0.042 0.025 0.013 0.007 0.003 0.002 0.001 43 L 0.039 0.026 0.038 0.069 0.131 0.158 0.152 0.154 0.115 0.067 0.029 0.015 0.006 0.002 44 E 0.110 0.124 0.148 0.192 0.144 0.123 0.067 0.043 0.024 0.013 0.007 0.003 0.001 0.001 45 Q 0.224 0.166 0.149 0.124 0.090 0.080 0.067 0.042 0.029 0.015 0.008 0.003 0.003 0.001 46 G 0.045 0.030 0.044 0.084 0.141 0.166 0.166 0.141 0.089 0.042 0.028 0.016 0.006 0.002 47 A 0.049 0.037 0.052 0.072 0.119 0.138 0.147 0.140 0.104 0.068 0.039 0.023 0.010 0.004 48 N 0.171 0.096 0.116 0.125 0.119 0.102 0.096 0.071 0.045 0.028 0.015 0.008 0.004 0.002 49 A 0.081 0.055 0.074 0.111 0.150 0.141 0.109 0.102 0.079 0.043 0.027 0.016 0.007 0.003 50 H 0.070 0.058 0.060 0.093 0.128 0.158 0.158 0.120 0.066 0.045 0.026 0.012 0.004 0.002 51 G 0.140 0.187 0.168 0.155 0.129 0.081 0.063 0.032 0.023 0.011 0.006 0.002 0.001 0.001 52 L 0.238 0.089 0.087 0.104 0.157 0.119 0.077 0.062 0.039 0.012 0.007 0.004 0.002 0.001 53 N 0.141 0.127 0.153 0.201 0.160 0.088 0.084 0.023 0.015 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 54 V 0.023 0.021 0.055 0.123 0.186 0.197 0.153 0.122 0.075 0.035 0.007 0.002 0.001 0.001 55 E 0.483 0.312 0.116 0.055 0.018 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 56 D 0.276 0.467 0.179 0.042 0.017 0.011 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 57 I 0.009 0.012 0.034 0.096 0.213 0.252 0.171 0.153 0.050 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 58 L 0.022 0.048 0.089 0.159 0.307 0.164 0.122 0.057 0.023 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 59 R 0.785 0.154 0.039 0.015 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 60 D 0.168 0.298 0.285 0.134 0.061 0.027 0.019 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 61 L 0.022 0.015 0.038 0.091 0.224 0.243 0.175 0.129 0.049 0.010 0.003 0.002 0.001 0.001 62 N 0.132 0.146 0.143 0.148 0.227 0.105 0.055 0.027 0.010 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 63 A 0.574 0.193 0.095 0.069 0.035 0.016 0.010 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 64 L 0.121 0.064 0.101 0.167 0.215 0.140 0.086 0.053 0.030 0.012 0.005 0.003 0.001 0.001 65 A 0.253 0.138 0.140 0.149 0.130 0.090 0.058 0.022 0.012 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001