# TARGET T0469 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str4-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 21 (1 str4 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0469.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 21.8853 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M P Q R S T U V W 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.006 0.008 0.077 0.080 0.077 0.007 0.061 0.044 0.004 0.001 0.002 0.002 0.004 0.002 0.041 0.020 0.147 0.054 0.132 0.230 0.001 2 T 0.005 0.008 0.036 0.040 0.167 0.008 0.119 0.053 0.006 0.002 0.002 0.002 0.003 0.002 0.029 0.026 0.133 0.095 0.123 0.141 0.001 3 Q 0.008 0.010 0.101 0.090 0.107 0.014 0.075 0.053 0.003 0.001 0.003 0.002 0.004 0.002 0.050 0.024 0.108 0.044 0.123 0.177 0.002 4 K 0.011 0.010 0.063 0.061 0.157 0.011 0.088 0.055 0.002 0.001 0.003 0.003 0.007 0.004 0.044 0.029 0.089 0.070 0.167 0.122 0.003 5 F 0.011 0.010 0.048 0.073 0.167 0.003 0.040 0.024 0.002 0.001 0.003 0.003 0.007 0.004 0.084 0.046 0.113 0.061 0.132 0.169 0.002 6 T 0.004 0.004 0.043 0.053 0.052 0.003 0.024 0.030 0.005 0.001 0.002 0.002 0.003 0.003 0.035 0.022 0.035 0.030 0.268 0.380 0.002 7 K 0.001 0.001 0.011 0.011 0.047 0.004 0.020 0.027 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.013 0.718 0.028 0.028 0.070 0.001 8 D 0.002 0.002 0.007 0.009 0.031 0.016 0.531 0.167 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.014 0.016 0.072 0.056 0.040 0.028 0.001 9 M 0.005 0.006 0.053 0.048 0.015 0.004 0.053 0.261 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.003 0.036 0.019 0.104 0.050 0.174 0.162 0.001 10 T 0.005 0.005 0.011 0.017 0.078 0.004 0.018 0.499 0.002 0.001 0.001 0.002 0.004 0.005 0.012 0.032 0.122 0.027 0.093 0.060 0.001 11 F 0.002 0.003 0.012 0.008 0.008 0.002 0.010 0.678 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.029 0.008 0.214 0.005 0.010 0.005 0.001 12 A 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.013 0.942 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.030 0.001 0.001 0.001 0.001 13 Q 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.006 0.011 0.946 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 14 A 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.004 0.030 0.868 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.003 0.059 0.005 0.001 0.003 0.001 15 L 0.003 0.002 0.007 0.010 0.005 0.009 0.075 0.660 0.020 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 0.003 0.169 0.009 0.005 0.007 0.001 16 Q 0.002 0.002 0.005 0.010 0.013 0.042 0.306 0.346 0.016 0.008 0.001 0.001 0.001 0.002 0.018 0.009 0.143 0.032 0.012 0.035 0.001 17 T 0.002 0.002 0.007 0.015 0.018 0.005 0.264 0.068 0.022 0.004 0.001 0.001 0.001 0.002 0.015 0.008 0.339 0.107 0.047 0.071 0.001 18 H 0.001 0.001 0.006 0.006 0.006 0.001 0.008 0.017 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.005 0.034 0.047 0.419 0.435 0.001 19 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.007 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.911 0.021 0.007 0.024 0.001 20 G 0.001 0.001 0.006 0.005 0.003 0.031 0.498 0.314 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.002 0.071 0.031 0.014 0.016 0.001 21 V 0.003 0.006 0.008 0.013 0.023 0.005 0.131 0.428 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.009 0.020 0.097 0.052 0.142 0.052 0.001 22 A 0.007 0.010 0.018 0.013 0.022 0.002 0.018 0.629 0.002 0.001 0.002 0.002 0.004 0.003 0.019 0.007 0.200 0.011 0.021 0.009 0.001 23 G 0.005 0.017 0.010 0.011 0.008 0.006 0.025 0.832 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.019 0.005 0.045 0.005 0.003 0.004 0.001 24 V 0.003 0.010 0.002 0.007 0.016 0.003 0.013 0.871 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.004 0.048 0.003 0.002 0.002 0.001 25 L 0.006 0.010 0.006 0.009 0.007 0.004 0.022 0.848 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.029 0.005 0.035 0.005 0.002 0.003 0.001 26 R 0.025 0.014 0.030 0.029 0.016 0.016 0.068 0.595 0.025 0.003 0.002 0.002 0.003 0.009 0.013 0.006 0.121 0.008 0.008 0.007 0.001 27 S 0.019 0.016 0.007 0.046 0.016 0.015 0.292 0.078 0.152 0.088 0.001 0.006 0.012 0.033 0.015 0.009 0.144 0.022 0.015 0.012 0.001 28 Y 0.002 0.004 0.009 0.009 0.016 0.011 0.488 0.077 0.011 0.004 0.001 0.001 0.001 0.004 0.030 0.013 0.140 0.045 0.040 0.096 0.001 29 N 0.002 0.001 0.015 0.006 0.023 0.005 0.078 0.039 0.015 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.011 0.015 0.099 0.532 0.086 0.064 0.001 30 L 0.002 0.002 0.024 0.011 0.041 0.006 0.047 0.033 0.007 0.001 0.002 0.001 0.002 0.003 0.027 0.069 0.187 0.053 0.217 0.264 0.001 31 G 0.002 0.004 0.057 0.026 0.032 0.020 0.132 0.063 0.005 0.002 0.001 0.001 0.003 0.007 0.086 0.016 0.235 0.093 0.075 0.139 0.001 32 C 0.004 0.005 0.020 0.033 0.065 0.013 0.097 0.042 0.006 0.003 0.005 0.005 0.005 0.014 0.031 0.117 0.140 0.064 0.190 0.137 0.004 33 I 0.004 0.005 0.061 0.041 0.037 0.008 0.078 0.044 0.003 0.001 0.003 0.003 0.007 0.010 0.131 0.028 0.225 0.044 0.108 0.157 0.002 34 G 0.003 0.005 0.020 0.025 0.074 0.008 0.138 0.051 0.003 0.001 0.003 0.002 0.004 0.009 0.053 0.105 0.159 0.108 0.080 0.149 0.001 35 C 0.003 0.003 0.049 0.030 0.045 0.004 0.030 0.062 0.003 0.001 0.003 0.002 0.004 0.006 0.064 0.042 0.133 0.043 0.215 0.256 0.001 36 M 0.001 0.002 0.021 0.010 0.036 0.007 0.054 0.127 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.052 0.029 0.447 0.067 0.042 0.094 0.001 37 G 0.002 0.004 0.015 0.027 0.026 0.030 0.236 0.241 0.005 0.002 0.001 0.001 0.002 0.003 0.035 0.026 0.163 0.037 0.054 0.090 0.001 38 A 0.003 0.003 0.020 0.019 0.028 0.015 0.213 0.161 0.007 0.002 0.001 0.001 0.002 0.003 0.028 0.023 0.173 0.076 0.109 0.114 0.001 39 Q 0.002 0.002 0.017 0.021 0.024 0.011 0.145 0.121 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.017 0.017 0.375 0.064 0.082 0.090 0.001 40 N 0.002 0.003 0.007 0.012 0.034 0.008 0.279 0.167 0.004 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.019 0.027 0.144 0.094 0.119 0.075 0.001 41 E 0.001 0.001 0.034 0.030 0.007 0.005 0.045 0.197 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.038 0.009 0.248 0.040 0.091 0.249 0.001 42 S 0.001 0.002 0.002 0.005 0.089 0.004 0.045 0.227 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.059 0.068 0.044 0.153 0.293 0.001 43 L 0.001 0.001 0.018 0.003 0.001 0.001 0.005 0.204 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.001 0.720 0.011 0.013 0.007 0.001 44 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.019 0.943 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 0.001 0.001 0.001 0.001 45 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.019 0.957 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 46 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.012 0.940 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.029 0.004 0.001 0.002 0.001 47 A 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.002 0.026 0.895 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.057 0.002 0.002 0.001 0.001 48 N 0.002 0.001 0.007 0.004 0.003 0.024 0.093 0.759 0.030 0.003 0.001 0.001 0.001 0.005 0.004 0.002 0.052 0.005 0.003 0.002 0.001 49 A 0.002 0.001 0.002 0.008 0.002 0.005 0.120 0.014 0.314 0.388 0.001 0.001 0.002 0.009 0.003 0.003 0.091 0.014 0.014 0.007 0.001 50 H 0.001 0.001 0.002 0.004 0.005 0.012 0.599 0.008 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.008 0.013 0.075 0.021 0.069 0.173 0.001 51 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.059 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.006 0.015 0.863 0.031 0.010 0.001 52 L 0.001 0.001 0.018 0.008 0.004 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.031 0.060 0.018 0.024 0.177 0.650 0.001 53 N 0.001 0.001 0.002 0.001 0.026 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.015 0.005 0.009 0.254 0.674 0.001 54 V 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.009 0.007 0.912 0.027 0.007 0.004 0.001 55 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.038 0.084 0.843 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.007 0.001 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 56 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.026 0.940 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 57 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.014 0.934 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.025 0.007 0.001 0.002 0.001 58 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.905 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.068 0.002 0.001 0.001 0.001 59 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.020 0.940 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 60 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.026 0.849 0.027 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.075 0.005 0.002 0.002 0.001 61 L 0.001 0.001 0.001 0.005 0.003 0.008 0.173 0.540 0.020 0.027 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.006 0.117 0.021 0.032 0.035 0.001 62 N 0.001 0.001 0.004 0.004 0.004 0.042 0.155 0.400 0.020 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.003 0.272 0.028 0.025 0.032 0.001 63 A 0.001 0.001 0.003 0.003 0.011 0.050 0.313 0.258 0.037 0.014 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.011 0.129 0.112 0.027 0.022 0.001 64 L 0.001 0.001 0.013 0.016 0.011 0.006 0.097 0.095 0.015 0.008 0.001 0.001 0.001 0.002 0.016 0.015 0.270 0.032 0.234 0.165 0.001 65 A 0.001 0.001 0.011 0.009 0.026 0.011 0.096 0.095 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.034 0.025 0.205 0.093 0.117 0.267 0.001