(c) 1992-2000 Regents of the University of California, Santa Cruz
Sequence Alignment and Modeling Software System
http://www.cse.ucsc.edu/research/compbio/sam.html

Citations (SAM, SAM-T99, HMMs)

Sequence numbers correspond to the following labels:

    • T0469 GsR195, Geobacter sulfurreducens PCA, 65 residues
                     10            20              30             40   
                     |             |               |              |   
   1 ...MTQK..FT.K.DMTFAQALQTH....PG.VAGVL....RSY.NL.GCIG....CMGAQNESL
   2 ...--MQ..IT.K.DMTIGEIVRNF....PN.SIEIL....MSF.GM.GCVG....CPSAQGESL
   3 ...--MQ..IT.K.DMTIGEIVRNF....PS.SIEIL....MSF.GM.GCVG....CPSAQGESL
   4 ...MSEK..VT.K.DMTISEVLKKN....PK.TAEVF....MKH.GM.QCLG....CPSAAGETV
   5 ...-MVQ..IT.K.DTIIGDILDIA....PE.TAPLF....LSI.GM.HCLG....CPSSRGETV
   6 ...--MK..IT.K.DMIIADIIAID....QN.LIPIL....LDT.GM.HCIG....CPSAQGESL
   7 ...--MK..IS.K.DMTIGEVVRNH....PE.CVEVL....FNF.GL.GCVG....CPSAQAETI
   8 ...--MT..IT.K.EMTITEVVTKY....PK.TIPIF....YKH.GM.GCLG....CAAAQFENI
   9 ...--MK..IT.K.DMIIADVLQMD....RG.TAPIF....INN.GM.HCLG....CPSSMGESI
  10 m..----..IT.K.DMTIGEILRVK....PE.SAQVL....MDM.GM.GCLG....CPSAQFETL
  11 ...-MAT..IT.K.EMSITEVVSKY....PQ.TVPVF....MEH.GM.GCLG....CAAARFENI
  12 apvQPGK..IT.K.DSIIGQVIRDN....PR.TIAVF....RAH.GM.GCLG....CPSASGESV
  13 ...-MAK..VT.K.DMIISDVLNMD....KG.TVPIF....LES.GM.HCLG....CPSSSGESI
  14 ...-MEK..IT.K.DTLIGNALKIN....PN.SASIL....MSF.GM.GCLG....CPSSQMETI
  15 ...-MSK..IT.R.DMTMGYIVKEF....PQ.TVEVF....QRY.GM.GCLS....CPTAQLESL
  16 ahtAPKQ..VT.R.DTIIGDILDMD....QT.TAPYF....MEI.GM.HCLG....CPASRGETI
  17 sesTSDE..IT.K.DTVIGDILKIN....PE.SASTL....MEA.GM.HCLG....CPASQMETL
  18 ...MADK..IT.K.DMTFFAVMQAY....PQ.SLDVL....RKH.RL.GCVG....CMGAQNESL
  19 ...--MT..IT.R.DMLIGDLLRMK....PE.AASIL....MGF.GM.GCLG....CPSSQMESL
  20 ...-MPR..IT.T.DTIIADVLRID....RG.TIPIF....LNN.GL.HCLG....CPSAQGESI
  21 ...-MAL..IT.K.DMTVGQVLRSY....PQ.TVQTF....LEL.GM.HCLG....CPSSTMESI
  22 ...-MAK..VT.K.DMLIGQLITLD....PN.IAPIL....MRA.GM.HCLG....CPSSQMESL
  23 m..----..IT.K.DMTVGQVLRSY....PQ.TVQTF....LEL.GM.HCLG....CPSSTMESI
  24 m..----..IT.K.DWTITDIVEKY....PK.TTEIL....MNH.GM.HCFG....CMAARFENI
  25 ...MSQQ..FT.K.DMTFAQALQAN....PE.VAKVL....RKY.NL.GCIG....CMGAQNESL
  26 ...--MQ..IT.K.DMGIMDIVNKY....PQ.AVSVF....QAY.GM.GCIG....CMAARFETL
  27 ...MSDK..IT.K.DMKFSEILNYG....QP.VVQVF....MKY.QM.GCLG....CAVAKFETL
  28 ...-MAE..FS.K.DTKIGELIDQF....PE.SAPIL....MEI.GM.HCLG....CPASQMETL
  29 ...--MK..IT.E.TMGIGECVAKF....PN.TVPVF....MSF.GM.SCLG....CSAARFENI
  30 ...--MT..IT.K.DSIIGDILDAY....GEvTAPFF....LEM.GM.HCLG....CPASRGETV
  31 ggtNEMA..IS.K.DMIIADLIALD....PN.YAAIL....MAS.GM.GCVG....CPSSQGESI
  32 m..----..IT.K.DMTIGEVIRKM....PT.AAEVL....MSF.GM.GCVG....CPSAQAETL
  33 m..----..IT.K.DMTIGEVVKND....SS.KAEVL....MSF.GM.GCVG....CPSAQAETI
  34 ...-MAT..VT.K.DTIIGDILDMD....RT.TAPFF....LEM.GM.HCLG....CPASRGESL
  35 m..----..IT.K.DMVIQEIVTKY....PQ.TLPVF....GQF.NM.GCLG....CSGALFETL
  36 ...-MAQ..IS.K.TMTISEILSVD....KV.VIPVL....MNS.GM.HCLG....CPSAQGETL
  37 aksENGV..IT.K.DMIIADIVSED....AE.NTKIL....MEF.GM.HCIG....CPSSQMETL
  38 ervVPLQ..IT.K.DLSIMDVLRAY....PQ.VRPVF....IRH.GM.GCLE....CMGAMDETI
  39 ...-MSQ..VT.K.DMTFAAVMRMH....PD.VVKVL....AKY.NL.GCIG....CMGAQNESL
  40 ...-MAK..IT.K.DMIIKDIININ....MG.CIPIL....LNE.GM.HCVG....CPASQGETL
  41 mkrRKIM..IT.K.DMTVGEIIRIK....EN.AAEIL....MSF.GM.GCIG....CPSAQSESL
  42 ...--MK..IN.R.DMTIMDVMQLD....RE.VATIF....MKY.GL.HCLG....XPGATMESI
  43 me.ARMP..IS.F.DELVDDVMRRR....PE.TIRVF....LAF.QM.RCVG....CPIACFHNV
  44 m..----..IT.K.DMTIGEVVSAD....QS.KAQVL....MSF.GM.GCVG....CPSAQAETI
  45 ...--MP..FG.S.DDLVDDIMRTA....PH.TIRVF....LAF.RL.ACVG....CPIATFHTV
  46 ggvMMAQ..VS.R.DTTIGEALSMN....PG.IAPIL....QEI.GM.HCLG....CPASQGESL
  47 ...--MK..IT.K.DMLIGDIIQIH....PD.AVEIL....FNF.GL.SCVG....CPASQMETL
  48 ...--MK..IT.K.DMTIGEIVRNH....EG.AAEVL....MSF.GM.GCVG....CPSAQSETL
  49 m..----..VT.K.DMTIGEVIQKN....PG.AAEIL....MSF.GM.GCVC....CPSALGETI
  50 m..----..IT.K.DLTIGEIIRIK....EN.APQIL....MSF.GM.GCVG....CPSAQAETI
  51 ...-MET..FT.K.NTTIGELLSVY....PE.CAPIL....MEI.GM.HCLG....CPSAQMETL
  52 ...MTQK..FT.K.DMTFAQALQTH....PG.VAGVL....RSY.NL.GCIG....CMGAQNESL
  53 ...-MNT..IT.K.DMVIGDLLAID....EN.FAAIL....MAS.GM.HCVG....CPSSQGETL
  54 ...MAVN..IT.K.EMTMGELLSID....RG.VAVVL....MNA.GM.HCIG....CPSSIGESL
  55 ...-MKK..VT.E.DMTIAEVLKMD....RE.VAGIF....MKY.GL.HCLG....CPGATMESI
  56 ...--MT..IR.D.DLPVDEVMRSW....PA.TIRTF....LDF.RM.QCCG....CPIAAFHTM
  57 ...-MAQ..IT.K.DMTFGELLSKYystcPK.LVDDL....MEA.GM.GCIG....CPHSQMESI
  58 ...MSQQ..VT.K.DMTFAQVMRMH....QD.AVKVL....AKY.NL.GCVG....CMGAQNESL
  59 m..----..IT.K.DMIIGDIIRQH....PA.TVQVF....ARH.GL.ECYE....CQIADLETL
  60 ...-MDK..IN.K.DTTVGEVIRMN....PA.NAQKL....MNF.GM.GCVG....CPSAQSETL
  61 m..----..IS.K.EMTIGEIIRRY....PQ.TLPVF....EKY.GL.DCHD....CQIADFEAV
  62 mr.HPQP..DD.P.DIPLIELMALW....PQ.TIPVF....VRH.RM.LCVG....CLVSPFHTV
  63 ...--MK..IK.K.EMLIGQILSEK....PE.SIGTL....MSF.GM.GCIM....CPSSQMETL
  64 ...--MK..YT.K.DSLVGEVLDND....ES.LARYF....LEM.GM.HCLG....CPSSRGETI
  65 m..PPPK..LD.DpDLPLDVLMTTW....PE.TVRVF....MDH.DM.LCVG....CMVSPFHSV
  66 ...--MP..IR.H.DSVVDDLMRTQ....PA.TIRTF....LDF.RM.GCCG....CPIATFHTV
  67 qtkKEDK..FH.R.DMLVGSIIGMD....PQ.AAQIL....SDS.GM.GCLG....CPASQSETL
  68 m..----..LT.G.AEKITDVVEKY....PQ.SVEVF....QKY.GM.HCFG....CMAARFENV
  69 ...--MS..ID.R.TLVVEDVMSRW....PA.TIRVF....LDF.KL.ACVG....CPIATFHTI
  70 m..----..IT.R.DMIIADIIRKY....PE.TLPVF....KKH.RL.ECYE....CQISDLETL
  71 isaVRQT..LH.D.DMTMDAIMREW....PA.TIRVV....LDH.GL.LCVG....CPIAPFHTI
  72 m..PPPK..LD.DpDLPLDVLMTTW....PE.TVRVF....MDH.DM.LCVG....CMVSPFHSV
  73 m..----..IT.K.TMRIGDIIRTY....PQ.SLKIF....EKY.GL.DCYE....CQVADYEEL
  74 m..----..IT.K.DMIIGDIIRKH....PR.TLTVF....VKY.GL.DCNE....CQIADYEEL
  75 maqATAK..IT.K.DMTFLEMLRTY....PE.TAKVL....KKY.NL.ACAG....CMGAQSEPI
  76 ...--MH..LD.P.DMTLEEIMRAW....PP.AISVI....LRH.HM.LCVG....CPITAFHTV
  77 nsaSPCE..ID.A.ATLVDDLMRQR....PQ.TIGVF....LRR.RL.YCVG....CPVGHFHTI
  78 ...MKPD..PD.DpDLPLARLLQTW....PA.SAGVF....LER.RM.LCPG....CPIAPFHTV
  79 ...-MAR..VT.K.EMTMGELLQTYyeqcPE.IVDVL....TGL.GM.HCIG....CPSSIGESL
  80 ...MKPD..PD.DpDLPLARLFQTW....PA.SAGVF....LER.RM.LCPG....CPIAPFHTV
  81 ...----..--.-.-------MRRK....PE.TIRVF....LAF.QM.RCVG....CPIACFHNV
  82 ...-MAD..LT.A.DSTIYDLLQAK....PE.ATEAL....FKF.GM.GCVG....CAIARGETI
  83 ...MRPD..LD.DpDLPLSRLFDRW....PA.TAAVF....LTR.RM.LCPG....CPIAPFHTV
  84 ...-MAK..IS.K.DMLINDILAVD....AG.NAAIL....MAA.GM.HCIG....CLAAAGETL
  85 ...-MEK..VT.K.DMNIMEAVEKY....PI.IAQVL....MRY.GL.GCVG....CIISSAETL
  86 ...--MA..LT.A.DSTIAELLREK....PE.SAQVL....FRF.GM.GCLG....CAIANNETI
  87 ...-MPE..IDlS.TVTVGEWLRRW....PE.TVRVF....LNY.KM.NCPA....CPIAPFMTI
  88 ...--MA..LS.K.DSTILEVLQEK....PD.AGAIF....ARF.GM.GCVG....CAISRGETV
  89 ...MEKEvlIT.K.KMSTGEVTKKY....PA.TKEVF....AKYfGK.GCFD....CPSFGTEDI
  90 ...-MAK..IS.K.DMLINDILAID....AG.NAAIL....MAA.GM.HCIG....CLAAAGESL
  91 tevVKPR..FY.K.EMTVGEAMAVH....PE.AGLVF....SSY.HLgGCSH....CSINELETI
  92 m..----..VT.G.DMNIMEAVEKY....PV.IVEVL....QRN.GL.GCVG....CMIASGETL
  93 tevVKPR..FY.K.EMTVGEAMAVH....PE.AGLVF....SSY.HLgGCSH....CSINELETI
  94 mpeTKPK..IT.K.KTSIGDVIQNY....PE.TESVV....KKYfGA.GCYT....CPGSKTEDI
  95 m..----..VT.G.DMNIMEAVEKY....PI.IVEVL....QRN.GL.GCVG....CMIASGETL
  96 m..----..VT.G.DMNIMEAVEKY....PV.IVEVL....QRN.GL.GCVG....CMIASGETL
  97 ...----..--.-.-MTISEILRRY....PE.TLPVF....ERH.HL.DCYD....CQLADFEQL
  98 mp.RRPR..FD.DpDLPLSTLFGEW....PD.MVEVF....LAK.QM.LCPG....CPVAPFHAI
  99 ievFKMK..FT.L.EMKLKDIMAAN....PK.TVEAM....QEL.GL.HCLG....CPFSVNETL
 100 ...--MA..IT.L.DSTIADLLREK....PE.SAATL....QSF.GM.GCLG....CAIANNETI
 101 tesTKPR..FF.K.EMTVGEAIAIH....PE.AGLVF....SSY.HLgGCSH....CSINEVETI
 102 m..KKHI..IN.G.EMKIWDVIQDY....PE.TYGIF....RQF.GY.PDIRkgdtAVTSHFMKL
 103 ...--MK..FT.L.EMKLKDIMAAN....PK.TVEAM....QEL.GL.HCLG....CPFSVNETL
 104 ...--MK..LD.S.KMTVGELVTRH....PS.VMEVF....IKR.RM.PCVG....CPTERFHTI
 105 mg.ENKV..IT.K.DMIINDVIQKY....SK.TIGIF....KDF.GV.D--S....CCGGGF-SI
 106 ...MSM-..FD.K.TTKMAAVLKGH....PK.AKEVL....ESF.GL.QCST....CSGAKHESI
 107 pkkAATE..IS.R.SMTIEDILGMF....PY.KAQKLsqeiTNA.GL.HCVG....CHAAVWETL
 108 ...-MPV..IT.K.EMSIIEVVQKY....PE.TVEVF....RKY.GM.GCFG....---------


           50           60         
           |            |         
   1 EQGANAHG.LN..VEDILRDLNAL....A
   2 EQAAMVHG.MD..IEKLLEALNKAi...-
   3 EQAAMVHG.MD..IEKLLEALNKAi...-
   4 EQAAMVHG.AD..ADKLLEELNKVfen.E
   5 EQACMVHG.VD..VDALLAELNKMtag.A
   6 EEACMVHG.ID..VDELVAKLNAFeea.K
   7 EEACSVHG.MD..VNELVEALNKEa...K
   8 EQGARAHG.IN..IDELIADLNKVvae.Q
   9 EDACAVHG.ID..ADKLVKELNEYfek.K
  10 EQACEVHG.QD..VEDILAKLNK-....-
  11 EQGALAHG.ID..VDGLIADLNKVank.A
  12 EKAAGIHG.ID..LEELLSELNKV....-
  13 EDACAIHG.ID..ADQLIDNLNKYlen.K
  14 EQAAAVHG.ID..AEALLEKLNA-....-
  15 EKGAMLHG.LD..VQELLEELNKVv...Q
  16 EEACEVHG.VN..CDELLEKLNTHlaa.K
  17 EEACSVHG.ID..VEELLNKLNA-....-
  18 EQGANAHG.ID..VNALLKDLNDAv...A
  19 EQAAAVHG.IN..IEQLLEKLNA-....-
  20 EEACALHG.ID..AQKLVDELNEYlks.K
  21 EGAALTHG.KK..PDELVEKLNKViaa.N
  22 EEAAMVHG.MD..ADVLVQQINDFlg..E
  23 EGAALTHG.KK..PDELVEKLNKViaa.N
  24 EQGAMAHG.IN..VDELMKELNDAik..E
  25 EQGCSAHG.LD..VNEVLKDLNAIg...Q
  26 EEGANAHG.IN..VDDLVDDLNENi...-
  27 EQGANAHG.VD..VDALLKDLNAAidn.D
  28 EEAAMVHG.ID..CGLLVEKINAAakam-
  29 GQGARAHG.ID..VDKLIEELNKVvgk.D
  30 AQACDVHG.VD..ADELVKKLNEAvg..N
  31 EQAAYVHG.MD..LDELLGRLNEYaqt.K
  32 EEAAIVHG.IN..LDDLIEAINNIey..-
  33 EEAAMVHG.IN..LDELIEALNK-....-
  34 EQACLVHN.VD..PDELVEKLNEHlag.K
  35 EQGALAHG.ID..VDAMLKALNDLik..K
  36 EEACMHHG.LN..ADELETQINDAlagi-
  37 EDACAVHG.LN..VEELIKKLNK-....-
  38 ASGARMHG.LD..LDQLLKDLNEAikn.R
  39 EQGCAAHG.IS..VDEIVADINKLf...-
  40 EEACIVHG.LD..ADVLAKKLNDFvvsv-
  41 EDAANVHG.LN..LDDLLKALN--....-
  42 SDAGNVHG.ID..VDKLVDDLNKFfee.K
  43 ADACREHG.VD..ADTFLSALCACt...-
  44 AEAATVHG.LN..LDDLLEALNR-....-
  45 EDACREHG.ID..RDKFLAALCDCvp..A
  46 AEAAMVHG.ID..AELLVEKINAFln..A
  47 EEATMVHG.LN..LDLLLDVLNENntsv-
  48 AEAAMVHG.ME..LDALLEALNK-....-
  49 EEAAMVHG.ID..ADEIIKSLNYSkee.N
  50 EDAVKVHG.IN..LEELLEQLNK-....-
  51 GEAAMVHG.ID..ADLLVEKINAAraa.K
  52 EQGANAHG.LN..VEDILRDLNAL....A
  53 EEAAFVHG.MN..VNELLGRLNEYmet.K
  54 EEACMVHG.IE..VDELLKNINEYfan.K
  55 SDAGNVHG.ID..VSLLIADLNKHfes.N
  56 KDACREHG.VD..RDSFVAALEATia..G
  57 EEGAMGHG.ID..PDLLVAKLNATlea.S
  58 EQGCGAHG.LN..VDDVVRDLNALf...-
  59 EHGAGHHK.LD..IEALLEELNRTvit.P
  60 REASLVHG.ID..LDRLIKALSEDk...N
  61 EHGASVHK.VD..IGRLMEDLNRIin..A
  62 TDACAEYD.LD..EGEFLAELKMAigm.A
  63 EEAAMVHG.ID..PNTIVAALNEDhke.E
  64 EQACEVHG.AD..CARLLEQLNGTal..-
  65 SEACAEYH.LD..EEVFRAALAEAvea.A
  66 DDACREHD.VD..RDVFLVALRDAmad.Q
  67 ADACLVHG.LD..VEEILKQLNQ-....-
  68 EQGAMAHG.ID..VPSLIKDLNKAign.Q
  69 EDSCHEHG.IA..EAPFLAALRKAvak.S
  70 EHGAEVHR.VG..IDGLLEELNRSi...A
  71 IDAAREHD.LD..PASLARDLKRAvae.E
  72 SEACAEYH.LD..EVVFRAALADAvea.A
  73 EHGAGVHK.TD..LEKLLKELNELiq..S
  74 EHGAGVHK.VN..IEQLLSELNEHigs.G
  75 DLGAINHG.LD..PEQLLADLNAAv...K
  76 NDACREHM.ID..EGAFLEELRAAiaav-
  77 EEAAREHG.LE..PKALLAELRFIpcl.P
  78 IEACAEYG.LD..EGEVRRALRLVvm..P
  79 ADAAYVHG.ID..SDLLVEKLNATina.K
  80 IEACAEYG.LD..EGEVRRALRLVvm..P
  81 ADACREHG.VD..PDLFLSALSAAt...-
  82 REAAEAHG.IP..LAELLNALGIKe...-
  83 VEACAEYG.LD..EDEFRRALRLLagi.-
  84 EEAAAVHG.LD..AAELEVEINDYlak.K
  85 GEGIAVHG.LN..PDIIIEEVNMIlek.Q
  86 REAAQAHG.IP..LEEMLSALGVAe...A
  87 DEAASEYR.VD..ANLLKRDLMQMlke.R
  88 AEAAAAHG.IP..LEELMSALGIS....A
  89 NLACMMHN.TD..VDKFVQELNEAayk.E
  90 EEAAAVHG.LD..AVELEQEINDYlak.K
  91 EQVCMGYG.VE..VDVLVESLNNLled.S
  92 AEGIEAHG.LD..TKAILAEINSLik..E
  93 EQVCMGYG.VE..VDVLIESLNNLled.S
  94 AFGATMHN.VD..PEVIIKELNEIiek.H
  95 AEGIEAHG.LD..AKAILDEINSLik..E
  96 AEGIEAHG.LD..TKAILDEINSLik..E
  97 EHGATVHK.ID..VESLLCELNCNik..K
  98 TDACEEYE.LD..EEVFRAELRRAarl.P
  99 LNAAQMHK.LD..PEKLLEAVNSVeqg.E
 100 REAAMVHG.IP..LEELAKKLGL-....-
 101 EQVCMGYG.VE..VDTLIDSLNNLfae.E
 102 RTAAHAYH.ID..LDKLLEALNDAiag.H
 103 LNAAQMHK.LD..PEKLLEAVNSVeqg.E
 104 EDIARING.IV..LEHLLKDLLDAigv.G
 105 EKTAAMSG.GD..MEKLLEKLNKAid..E
 106 ELGATNHG.LD..VNELLTHLNALfde.P
 107 EAGMMTHGkTDaqIDELVRRLNALlqe.P
 108 --------.--..-----------....-