# TARGET T0469 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0469.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 21.8853 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.120 0.060 0.003 0.029 0.026 0.048 0.111 0.009 0.001 0.060 0.534 2 T 0.040 0.023 0.001 0.020 0.016 0.049 0.116 0.006 0.001 0.122 0.607 3 Q 0.015 0.015 0.002 0.051 0.078 0.081 0.124 0.002 0.001 0.096 0.534 4 K 0.019 0.022 0.003 0.033 0.077 0.084 0.112 0.003 0.001 0.077 0.569 5 F 0.031 0.037 0.002 0.047 0.041 0.044 0.133 0.004 0.001 0.042 0.617 6 T 0.422 0.063 0.003 0.015 0.010 0.012 0.058 0.007 0.001 0.263 0.145 7 K 0.039 0.179 0.001 0.013 0.008 0.019 0.097 0.003 0.001 0.049 0.591 8 D 0.016 0.279 0.001 0.010 0.007 0.015 0.075 0.002 0.001 0.037 0.558 9 M 0.010 0.488 0.002 0.044 0.073 0.060 0.061 0.002 0.001 0.048 0.211 10 T 0.008 0.900 0.001 0.008 0.007 0.005 0.014 0.002 0.001 0.025 0.032 11 F 0.029 0.887 0.001 0.004 0.004 0.006 0.009 0.010 0.001 0.026 0.024 12 A 0.038 0.792 0.003 0.009 0.008 0.012 0.018 0.005 0.001 0.047 0.066 13 Q 0.049 0.121 0.004 0.011 0.006 0.022 0.030 0.002 0.001 0.654 0.098 14 A 0.076 0.150 0.044 0.013 0.017 0.018 0.097 0.026 0.009 0.336 0.213 15 L 0.383 0.021 0.008 0.014 0.018 0.019 0.078 0.008 0.003 0.083 0.366 16 Q 0.012 0.007 0.001 0.006 0.004 0.013 0.089 0.001 0.001 0.015 0.852 17 T 0.004 0.014 0.001 0.006 0.002 0.004 0.097 0.001 0.001 0.007 0.864 18 H 0.706 0.076 0.003 0.001 0.003 0.002 0.042 0.007 0.001 0.030 0.129 19 P 0.041 0.187 0.002 0.004 0.003 0.005 0.112 0.003 0.001 0.040 0.603 20 G 0.016 0.474 0.002 0.010 0.003 0.006 0.067 0.001 0.001 0.033 0.387 21 V 0.026 0.738 0.001 0.018 0.008 0.014 0.030 0.008 0.001 0.054 0.104 22 A 0.015 0.717 0.002 0.022 0.007 0.009 0.032 0.004 0.001 0.062 0.129 23 G 0.026 0.387 0.004 0.062 0.027 0.042 0.031 0.003 0.001 0.264 0.155 24 V 0.042 0.442 0.011 0.026 0.015 0.026 0.069 0.009 0.004 0.220 0.137 25 L 0.063 0.069 0.211 0.043 0.025 0.025 0.065 0.022 0.110 0.236 0.131 26 R 0.492 0.029 0.005 0.016 0.012 0.025 0.058 0.009 0.004 0.036 0.313 27 S 0.054 0.013 0.002 0.021 0.004 0.010 0.073 0.004 0.001 0.025 0.792 28 Y 0.052 0.007 0.005 0.055 0.013 0.018 0.170 0.002 0.001 0.026 0.650 29 N 0.032 0.010 0.001 0.032 0.007 0.023 0.105 0.003 0.001 0.047 0.740 30 L 0.022 0.005 0.001 0.028 0.030 0.016 0.131 0.002 0.001 0.026 0.738 31 G 0.033 0.015 0.002 0.362 0.030 0.060 0.091 0.003 0.001 0.048 0.357 32 C 0.153 0.020 0.001 0.081 0.018 0.034 0.103 0.006 0.001 0.085 0.499 33 I 0.023 0.015 0.002 0.296 0.026 0.038 0.122 0.002 0.001 0.041 0.434 34 G 0.027 0.044 0.002 0.106 0.025 0.070 0.119 0.004 0.001 0.043 0.559 35 C 0.097 0.065 0.004 0.093 0.046 0.050 0.138 0.009 0.001 0.085 0.413 36 M 0.073 0.071 0.005 0.078 0.040 0.053 0.141 0.008 0.002 0.134 0.395 37 G 0.088 0.149 0.003 0.058 0.018 0.049 0.126 0.007 0.001 0.059 0.442 38 A 0.063 0.118 0.004 0.038 0.021 0.034 0.116 0.005 0.001 0.216 0.385 39 Q 0.038 0.351 0.003 0.024 0.016 0.026 0.080 0.007 0.001 0.089 0.364 40 N 0.046 0.511 0.002 0.011 0.011 0.018 0.050 0.008 0.001 0.048 0.294 41 E 0.012 0.535 0.004 0.029 0.031 0.033 0.048 0.003 0.001 0.060 0.244 42 S 0.009 0.884 0.002 0.002 0.003 0.003 0.008 0.003 0.001 0.049 0.036 43 L 0.031 0.909 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.013 0.001 0.023 0.013 44 E 0.025 0.673 0.007 0.002 0.004 0.004 0.015 0.005 0.001 0.205 0.057 45 Q 0.027 0.737 0.009 0.005 0.004 0.010 0.021 0.004 0.001 0.089 0.094 46 G 0.108 0.603 0.029 0.004 0.005 0.005 0.037 0.036 0.006 0.077 0.088 47 A 0.067 0.073 0.230 0.020 0.008 0.016 0.071 0.016 0.141 0.183 0.174 48 N 0.352 0.046 0.002 0.011 0.005 0.014 0.074 0.006 0.002 0.020 0.467 49 A 0.043 0.016 0.003 0.013 0.003 0.009 0.097 0.004 0.001 0.020 0.789 50 H 0.052 0.008 0.003 0.060 0.012 0.018 0.174 0.001 0.001 0.016 0.656 51 G 0.013 0.010 0.001 0.012 0.003 0.014 0.105 0.001 0.001 0.009 0.832 52 L 0.003 0.017 0.001 0.032 0.020 0.007 0.102 0.001 0.001 0.003 0.815 53 N 0.052 0.891 0.001 0.004 0.001 0.001 0.004 0.007 0.001 0.013 0.028 54 V 0.039 0.944 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.003 0.007 55 E 0.013 0.896 0.003 0.003 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.038 0.039 56 D 0.017 0.835 0.004 0.001 0.002 0.002 0.006 0.002 0.001 0.047 0.083 57 I 0.027 0.924 0.004 0.001 0.001 0.001 0.004 0.014 0.001 0.009 0.015 58 L 0.016 0.142 0.005 0.001 0.001 0.002 0.010 0.002 0.002 0.778 0.039 59 R 0.055 0.475 0.019 0.001 0.003 0.002 0.040 0.007 0.007 0.110 0.281 60 D 0.240 0.388 0.011 0.003 0.001 0.002 0.032 0.077 0.005 0.016 0.224 61 L 0.322 0.024 0.197 0.004 0.004 0.004 0.054 0.019 0.038 0.059 0.276 62 N 0.152 0.005 0.001 0.003 0.001 0.003 0.071 0.002 0.001 0.012 0.750 63 A 0.011 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.047 0.001 0.001 0.005 0.930 64 L 0.032 0.002 0.002 0.015 0.005 0.004 0.145 0.001 0.001 0.012 0.781 65 A 0.043 0.004 0.001 0.008 0.002 0.003 0.117 0.001 0.001 0.024 0.797