# TARGET T0469 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0469.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 21.8853 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.098 0.049 0.012 0.034 0.045 0.095 0.038 0.630 2 T 0.041 0.023 0.019 0.023 0.050 0.081 0.182 0.581 3 Q 0.025 0.045 0.022 0.043 0.057 0.139 0.101 0.567 4 K 0.018 0.048 0.050 0.049 0.074 0.117 0.057 0.587 5 F 0.046 0.048 0.030 0.028 0.029 0.093 0.047 0.680 6 T 0.192 0.143 0.035 0.017 0.019 0.050 0.353 0.192 7 K 0.052 0.367 0.017 0.011 0.015 0.057 0.121 0.359 8 D 0.028 0.350 0.038 0.009 0.021 0.079 0.068 0.408 9 M 0.014 0.454 0.047 0.045 0.033 0.074 0.087 0.246 10 T 0.013 0.867 0.013 0.005 0.009 0.015 0.024 0.054 11 F 0.024 0.923 0.008 0.002 0.002 0.004 0.023 0.015 12 A 0.033 0.719 0.029 0.009 0.009 0.015 0.127 0.059 13 Q 0.063 0.207 0.057 0.014 0.015 0.029 0.503 0.112 14 A 0.152 0.181 0.064 0.013 0.018 0.065 0.351 0.156 15 L 0.219 0.083 0.051 0.015 0.022 0.075 0.118 0.416 16 Q 0.016 0.017 0.014 0.008 0.014 0.086 0.034 0.811 17 T 0.019 0.018 0.009 0.004 0.005 0.091 0.041 0.814 18 H 0.316 0.149 0.010 0.008 0.007 0.103 0.098 0.308 19 P 0.075 0.118 0.015 0.004 0.006 0.124 0.039 0.620 20 G 0.029 0.335 0.022 0.009 0.015 0.087 0.043 0.460 21 V 0.024 0.754 0.018 0.005 0.008 0.026 0.044 0.121 22 A 0.028 0.757 0.026 0.011 0.011 0.022 0.071 0.074 23 G 0.028 0.366 0.132 0.037 0.036 0.028 0.274 0.099 24 V 0.063 0.361 0.098 0.024 0.038 0.048 0.247 0.121 25 L 0.079 0.107 0.282 0.030 0.045 0.045 0.273 0.139 26 R 0.197 0.115 0.053 0.044 0.055 0.073 0.084 0.380 27 S 0.037 0.017 0.028 0.009 0.015 0.075 0.054 0.765 28 Y 0.041 0.017 0.041 0.024 0.035 0.187 0.037 0.618 29 N 0.183 0.017 0.035 0.016 0.031 0.122 0.089 0.508 30 L 0.021 0.005 0.023 0.014 0.015 0.129 0.027 0.766 31 G 0.043 0.015 0.093 0.030 0.071 0.116 0.053 0.580 32 C 0.087 0.023 0.036 0.028 0.033 0.102 0.067 0.622 33 I 0.025 0.026 0.156 0.047 0.052 0.127 0.044 0.524 34 G 0.043 0.047 0.075 0.020 0.039 0.106 0.041 0.629 35 C 0.138 0.114 0.071 0.030 0.024 0.102 0.081 0.441 36 M 0.088 0.165 0.099 0.026 0.034 0.082 0.163 0.344 37 G 0.177 0.205 0.028 0.010 0.023 0.076 0.083 0.398 38 A 0.070 0.111 0.041 0.033 0.031 0.095 0.222 0.396 39 Q 0.024 0.388 0.014 0.008 0.015 0.069 0.100 0.383 40 N 0.033 0.747 0.006 0.003 0.006 0.026 0.046 0.132 41 E 0.011 0.664 0.020 0.018 0.012 0.041 0.087 0.147 42 S 0.014 0.907 0.003 0.002 0.003 0.007 0.043 0.022 43 L 0.030 0.921 0.002 0.001 0.001 0.004 0.031 0.010 44 E 0.010 0.643 0.010 0.005 0.006 0.013 0.267 0.047 45 Q 0.016 0.856 0.007 0.003 0.004 0.009 0.058 0.046 46 G 0.083 0.629 0.033 0.008 0.013 0.037 0.125 0.072 47 A 0.060 0.112 0.209 0.042 0.039 0.056 0.310 0.171 48 N 0.522 0.041 0.017 0.010 0.016 0.048 0.029 0.318 49 A 0.122 0.006 0.021 0.007 0.008 0.082 0.038 0.716 50 H 0.014 0.018 0.035 0.006 0.018 0.187 0.029 0.693 51 G 0.009 0.024 0.010 0.004 0.010 0.104 0.015 0.824 52 L 0.005 0.055 0.025 0.016 0.005 0.089 0.020 0.783 53 N 0.024 0.955 0.002 0.001 0.001 0.002 0.009 0.008 54 V 0.030 0.962 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 55 E 0.006 0.962 0.003 0.001 0.001 0.001 0.016 0.011 56 D 0.007 0.970 0.003 0.001 0.001 0.001 0.012 0.007 57 I 0.057 0.895 0.006 0.001 0.001 0.003 0.031 0.007 58 L 0.085 0.187 0.045 0.001 0.001 0.006 0.648 0.028 59 R 0.098 0.486 0.013 0.001 0.001 0.020 0.066 0.315 60 D 0.174 0.209 0.016 0.001 0.001 0.032 0.039 0.528 61 L 0.148 0.102 0.023 0.004 0.002 0.069 0.072 0.580 62 N 0.120 0.030 0.008 0.002 0.002 0.057 0.035 0.746 63 A 0.070 0.015 0.007 0.001 0.001 0.072 0.030 0.803 64 L 0.126 0.022 0.037 0.005 0.005 0.142 0.080 0.582 65 A 0.098 0.011 0.013 0.002 0.004 0.094 0.028 0.750