# TARGET T0469 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0469.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 21.8853 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.318 0.185 0.047 0.115 0.089 0.079 0.078 0.041 0.025 0.014 0.008 2 T 0.313 0.233 0.050 0.167 0.108 0.053 0.037 0.018 0.011 0.006 0.003 3 Q 0.193 0.091 0.043 0.099 0.106 0.114 0.147 0.081 0.064 0.038 0.025 4 K 0.197 0.281 0.086 0.225 0.137 0.036 0.021 0.009 0.005 0.002 0.001 5 F 0.007 0.008 0.010 0.023 0.022 0.043 0.109 0.151 0.220 0.193 0.215 6 T 0.080 0.179 0.091 0.258 0.197 0.076 0.060 0.026 0.017 0.012 0.004 7 K 0.213 0.269 0.120 0.177 0.089 0.055 0.041 0.016 0.011 0.007 0.003 8 D 0.160 0.080 0.051 0.192 0.181 0.140 0.102 0.041 0.029 0.016 0.010 9 M 0.073 0.042 0.030 0.060 0.065 0.090 0.175 0.142 0.138 0.111 0.076 10 T 0.034 0.181 0.096 0.260 0.207 0.092 0.069 0.028 0.018 0.010 0.004 11 F 0.003 0.004 0.009 0.012 0.016 0.026 0.083 0.149 0.239 0.227 0.232 12 A 0.034 0.049 0.070 0.220 0.218 0.153 0.128 0.045 0.038 0.033 0.011 13 Q 0.025 0.071 0.129 0.320 0.223 0.098 0.076 0.030 0.016 0.008 0.003 14 A 0.001 0.002 0.005 0.007 0.008 0.019 0.078 0.132 0.225 0.233 0.289 15 L 0.003 0.004 0.016 0.024 0.024 0.046 0.163 0.134 0.228 0.185 0.173 16 Q 0.008 0.029 0.255 0.244 0.209 0.100 0.078 0.036 0.022 0.014 0.005 17 T 0.023 0.039 0.105 0.152 0.185 0.191 0.197 0.058 0.029 0.015 0.007 18 H 0.073 0.058 0.047 0.084 0.073 0.091 0.175 0.130 0.121 0.098 0.050 19 P 0.285 0.142 0.045 0.094 0.087 0.082 0.115 0.068 0.042 0.026 0.015 20 G 0.345 0.216 0.125 0.146 0.072 0.035 0.026 0.015 0.010 0.007 0.003 21 V 0.050 0.064 0.040 0.086 0.080 0.108 0.162 0.120 0.134 0.096 0.061 22 A 0.017 0.023 0.015 0.060 0.081 0.149 0.219 0.159 0.129 0.089 0.059 23 G 0.162 0.154 0.175 0.214 0.110 0.071 0.052 0.027 0.018 0.012 0.005 24 V 0.007 0.016 0.037 0.080 0.093 0.121 0.200 0.161 0.135 0.087 0.063 25 L 0.004 0.005 0.012 0.014 0.012 0.020 0.071 0.090 0.212 0.255 0.305 26 R 0.006 0.018 0.072 0.158 0.197 0.189 0.187 0.077 0.053 0.027 0.015 27 S 0.037 0.097 0.274 0.223 0.157 0.084 0.063 0.027 0.019 0.012 0.006 28 Y 0.024 0.015 0.023 0.050 0.071 0.122 0.237 0.181 0.136 0.091 0.050 29 N 0.279 0.231 0.085 0.170 0.091 0.048 0.042 0.023 0.017 0.010 0.005 30 L 0.021 0.018 0.024 0.041 0.045 0.067 0.130 0.152 0.180 0.180 0.143 31 G 0.199 0.171 0.094 0.204 0.144 0.071 0.055 0.028 0.020 0.010 0.005 32 C 0.042 0.038 0.035 0.061 0.053 0.071 0.130 0.107 0.170 0.158 0.135 33 I 0.057 0.055 0.038 0.089 0.094 0.110 0.154 0.119 0.123 0.091 0.069 34 G 0.155 0.118 0.061 0.140 0.127 0.104 0.115 0.070 0.055 0.034 0.021 35 C 0.032 0.027 0.029 0.058 0.062 0.076 0.128 0.134 0.176 0.159 0.118 36 M 0.135 0.107 0.053 0.111 0.111 0.097 0.132 0.084 0.078 0.054 0.039 37 G 0.098 0.059 0.039 0.097 0.099 0.081 0.136 0.112 0.117 0.093 0.069 38 A 0.053 0.043 0.037 0.077 0.085 0.102 0.132 0.110 0.145 0.125 0.094 39 Q 0.067 0.099 0.066 0.155 0.146 0.116 0.144 0.075 0.065 0.043 0.024 40 N 0.064 0.048 0.048 0.122 0.136 0.122 0.159 0.103 0.093 0.062 0.043 41 E 0.039 0.030 0.047 0.073 0.096 0.116 0.167 0.139 0.120 0.100 0.072 42 S 0.031 0.093 0.110 0.200 0.161 0.119 0.131 0.060 0.048 0.034 0.013 43 L 0.002 0.003 0.008 0.009 0.014 0.025 0.086 0.160 0.230 0.233 0.229 44 E 0.029 0.040 0.116 0.226 0.228 0.132 0.105 0.044 0.035 0.034 0.011 45 Q 0.022 0.044 0.161 0.266 0.228 0.108 0.098 0.039 0.020 0.010 0.004 46 G 0.002 0.003 0.011 0.013 0.014 0.034 0.123 0.140 0.230 0.203 0.227 47 A 0.004 0.004 0.015 0.014 0.013 0.028 0.102 0.105 0.226 0.229 0.259 48 N 0.007 0.021 0.171 0.218 0.215 0.132 0.118 0.060 0.033 0.018 0.008 49 A 0.013 0.034 0.073 0.092 0.091 0.166 0.239 0.113 0.097 0.054 0.028 50 H 0.022 0.024 0.022 0.035 0.045 0.080 0.199 0.172 0.171 0.158 0.075 51 G 0.354 0.175 0.059 0.161 0.095 0.056 0.050 0.023 0.013 0.009 0.004 52 L 0.043 0.024 0.031 0.048 0.057 0.059 0.111 0.135 0.155 0.164 0.174 53 N 0.043 0.639 0.059 0.117 0.075 0.022 0.022 0.008 0.007 0.005 0.002 54 V 0.011 0.024 0.009 0.035 0.052 0.116 0.238 0.209 0.143 0.087 0.076 55 E 0.825 0.047 0.066 0.044 0.008 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 56 D 0.031 0.061 0.079 0.399 0.243 0.117 0.052 0.012 0.003 0.001 0.001 57 I 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.006 0.039 0.058 0.216 0.304 0.369 58 L 0.001 0.001 0.015 0.034 0.085 0.215 0.360 0.127 0.093 0.041 0.029 59 R 0.003 0.009 0.903 0.060 0.016 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 60 D 0.002 0.007 0.083 0.117 0.191 0.254 0.285 0.037 0.016 0.007 0.002 61 L 0.001 0.001 0.005 0.003 0.003 0.006 0.045 0.122 0.224 0.260 0.331 62 N 0.019 0.023 0.152 0.176 0.231 0.165 0.143 0.052 0.022 0.014 0.004 63 A 0.059 0.063 0.694 0.100 0.037 0.020 0.013 0.006 0.004 0.003 0.001 64 L 0.040 0.041 0.034 0.071 0.078 0.199 0.270 0.117 0.078 0.047 0.024 65 A 0.708 0.135 0.024 0.032 0.022 0.018 0.024 0.015 0.012 0.007 0.004