# TARGET T0469 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0469.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 21.8853 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.051 0.018 0.004 0.019 0.029 0.065 0.093 0.002 0.001 0.004 0.716 2 T 0.044 0.014 0.002 0.021 0.019 0.045 0.084 0.002 0.001 0.005 0.764 3 Q 0.077 0.020 0.003 0.023 0.025 0.037 0.138 0.002 0.001 0.004 0.671 4 K 0.105 0.036 0.003 0.040 0.039 0.050 0.115 0.005 0.001 0.007 0.601 5 F 0.123 0.070 0.013 0.064 0.050 0.079 0.105 0.005 0.001 0.004 0.487 6 T 0.082 0.062 0.005 0.061 0.105 0.196 0.115 0.002 0.001 0.005 0.368 7 K 0.017 0.016 0.001 0.025 0.018 0.034 0.040 0.002 0.001 0.007 0.841 8 D 0.030 0.022 0.005 0.015 0.008 0.014 0.500 0.001 0.001 0.005 0.399 9 M 0.487 0.040 0.003 0.017 0.012 0.014 0.244 0.001 0.001 0.031 0.153 10 T 0.073 0.117 0.013 0.016 0.009 0.011 0.332 0.003 0.001 0.005 0.420 11 F 0.052 0.217 0.022 0.090 0.052 0.119 0.124 0.001 0.001 0.005 0.317 12 A 0.012 0.318 0.002 0.022 0.025 0.049 0.102 0.001 0.001 0.002 0.466 13 Q 0.034 0.605 0.001 0.008 0.029 0.045 0.083 0.002 0.001 0.003 0.189 14 A 0.031 0.868 0.002 0.003 0.006 0.010 0.009 0.003 0.001 0.001 0.068 15 L 0.030 0.876 0.003 0.005 0.012 0.019 0.005 0.004 0.001 0.001 0.046 16 Q 0.054 0.849 0.003 0.003 0.010 0.008 0.003 0.012 0.001 0.001 0.057 17 T 0.235 0.583 0.011 0.004 0.005 0.008 0.007 0.056 0.001 0.001 0.091 18 H 0.256 0.525 0.040 0.010 0.004 0.011 0.016 0.052 0.001 0.001 0.086 19 P 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.995 20 G 0.010 0.016 0.038 0.007 0.005 0.008 0.194 0.002 0.001 0.003 0.717 21 V 0.420 0.064 0.012 0.016 0.003 0.007 0.153 0.002 0.001 0.007 0.314 22 A 0.058 0.529 0.004 0.033 0.013 0.023 0.033 0.001 0.001 0.002 0.304 23 G 0.029 0.450 0.004 0.046 0.024 0.030 0.038 0.001 0.001 0.003 0.374 24 V 0.037 0.563 0.002 0.039 0.025 0.023 0.023 0.004 0.001 0.001 0.282 25 L 0.031 0.754 0.002 0.021 0.030 0.042 0.017 0.004 0.001 0.001 0.099 26 R 0.034 0.735 0.003 0.024 0.052 0.040 0.014 0.006 0.001 0.001 0.092 27 S 0.083 0.641 0.005 0.023 0.033 0.035 0.029 0.027 0.001 0.001 0.123 28 Y 0.390 0.284 0.014 0.037 0.017 0.024 0.022 0.045 0.001 0.004 0.164 29 N 0.193 0.115 0.060 0.051 0.020 0.027 0.095 0.045 0.001 0.011 0.384 30 L 0.158 0.029 0.146 0.072 0.015 0.021 0.090 0.008 0.001 0.008 0.453 31 G 0.028 0.015 0.014 0.115 0.024 0.031 0.194 0.006 0.001 0.010 0.564 32 C 0.084 0.015 0.014 0.120 0.025 0.052 0.158 0.003 0.001 0.006 0.523 33 I 0.068 0.033 0.005 0.229 0.047 0.082 0.131 0.002 0.001 0.009 0.395 34 G 0.031 0.016 0.003 0.093 0.022 0.038 0.181 0.003 0.001 0.011 0.602 35 C 0.118 0.034 0.013 0.152 0.037 0.065 0.093 0.003 0.001 0.008 0.476 36 M 0.036 0.019 0.003 0.084 0.027 0.059 0.140 0.002 0.001 0.006 0.624 37 G 0.050 0.033 0.006 0.087 0.027 0.055 0.152 0.002 0.001 0.010 0.577 38 A 0.103 0.074 0.006 0.068 0.028 0.053 0.137 0.003 0.001 0.012 0.517 39 Q 0.079 0.078 0.005 0.046 0.018 0.034 0.213 0.004 0.001 0.007 0.514 40 N 0.160 0.136 0.010 0.055 0.013 0.040 0.081 0.004 0.001 0.006 0.493 41 E 0.108 0.178 0.015 0.049 0.020 0.028 0.117 0.003 0.001 0.010 0.472 42 S 0.033 0.132 0.011 0.018 0.005 0.009 0.249 0.003 0.001 0.004 0.535 43 L 0.058 0.397 0.010 0.050 0.005 0.027 0.048 0.003 0.001 0.004 0.399 44 E 0.012 0.555 0.002 0.007 0.003 0.006 0.142 0.001 0.001 0.003 0.269 45 Q 0.058 0.579 0.002 0.002 0.001 0.002 0.130 0.004 0.001 0.003 0.219 46 G 0.044 0.909 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.001 0.001 0.036 47 A 0.006 0.968 0.004 0.001 0.002 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.014 48 N 0.008 0.957 0.002 0.001 0.007 0.002 0.001 0.006 0.001 0.001 0.017 49 A 0.061 0.888 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.029 0.001 0.001 0.014 50 H 0.213 0.578 0.003 0.003 0.003 0.004 0.005 0.133 0.001 0.001 0.058 51 G 0.419 0.127 0.064 0.016 0.005 0.010 0.016 0.164 0.001 0.006 0.174 52 L 0.051 0.028 0.782 0.022 0.004 0.002 0.037 0.005 0.001 0.001 0.068 53 N 0.017 0.018 0.025 0.045 0.012 0.015 0.321 0.002 0.001 0.006 0.540 54 V 0.003 0.013 0.005 0.035 0.001 0.008 0.085 0.001 0.001 0.001 0.847 55 E 0.003 0.036 0.001 0.009 0.002 0.005 0.519 0.001 0.001 0.005 0.420 56 D 0.076 0.042 0.001 0.001 0.001 0.001 0.728 0.001 0.001 0.007 0.145 57 I 0.054 0.905 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.034 58 L 0.003 0.978 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 59 R 0.001 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 60 D 0.009 0.972 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.011 61 L 0.055 0.906 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.030 0.001 0.001 0.008 62 N 0.034 0.915 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 0.001 0.001 0.018 63 A 0.099 0.699 0.072 0.001 0.001 0.001 0.005 0.070 0.001 0.001 0.053 64 L 0.169 0.641 0.045 0.004 0.001 0.001 0.008 0.059 0.001 0.001 0.072 65 A 0.084 0.327 0.023 0.007 0.002 0.002 0.020 0.046 0.001 0.004 0.485