# TARGET T0469 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0469.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 21.8853 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.035 0.011 0.022 0.022 0.041 0.076 0.006 0.787 2 T 0.026 0.016 0.021 0.029 0.046 0.087 0.006 0.769 3 Q 0.085 0.021 0.035 0.047 0.064 0.109 0.011 0.628 4 K 0.101 0.028 0.045 0.048 0.057 0.121 0.009 0.591 5 F 0.091 0.049 0.102 0.059 0.097 0.118 0.009 0.474 6 T 0.042 0.113 0.082 0.092 0.124 0.107 0.007 0.434 7 K 0.025 0.056 0.042 0.020 0.048 0.092 0.007 0.710 8 D 0.067 0.083 0.023 0.010 0.019 0.343 0.016 0.441 9 M 0.389 0.142 0.030 0.014 0.011 0.141 0.028 0.245 10 T 0.065 0.250 0.033 0.017 0.017 0.277 0.012 0.329 11 F 0.036 0.343 0.056 0.022 0.078 0.112 0.007 0.345 12 A 0.014 0.690 0.018 0.014 0.037 0.066 0.003 0.158 13 Q 0.033 0.694 0.005 0.006 0.015 0.115 0.008 0.125 14 A 0.034 0.909 0.002 0.001 0.003 0.005 0.002 0.044 15 L 0.012 0.951 0.001 0.001 0.003 0.003 0.004 0.025 16 Q 0.042 0.905 0.002 0.002 0.002 0.002 0.013 0.033 17 T 0.099 0.728 0.010 0.002 0.002 0.002 0.089 0.067 18 H 0.266 0.472 0.022 0.009 0.009 0.012 0.034 0.176 19 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 20 G 0.010 0.039 0.011 0.010 0.016 0.208 0.006 0.700 21 V 0.399 0.106 0.025 0.003 0.003 0.060 0.014 0.390 22 A 0.053 0.598 0.040 0.014 0.014 0.033 0.004 0.245 23 G 0.035 0.429 0.043 0.018 0.025 0.049 0.005 0.395 24 V 0.039 0.623 0.025 0.017 0.029 0.031 0.005 0.231 25 L 0.027 0.835 0.010 0.012 0.029 0.014 0.006 0.067 26 R 0.035 0.858 0.010 0.011 0.020 0.008 0.009 0.049 27 S 0.083 0.771 0.011 0.010 0.010 0.006 0.030 0.078 28 Y 0.286 0.380 0.058 0.017 0.016 0.013 0.112 0.119 29 N 0.358 0.119 0.048 0.018 0.017 0.029 0.110 0.300 30 L 0.075 0.049 0.336 0.032 0.038 0.062 0.034 0.375 31 G 0.114 0.025 0.124 0.040 0.051 0.181 0.031 0.433 32 C 0.063 0.021 0.231 0.023 0.034 0.079 0.009 0.541 33 I 0.028 0.029 0.301 0.080 0.086 0.107 0.008 0.361 34 G 0.032 0.013 0.128 0.033 0.054 0.113 0.009 0.616 35 C 0.076 0.020 0.165 0.077 0.135 0.093 0.008 0.426 36 M 0.008 0.013 0.043 0.031 0.045 0.053 0.002 0.805 37 G 0.032 0.018 0.036 0.021 0.069 0.094 0.009 0.720 38 A 0.140 0.048 0.051 0.026 0.044 0.176 0.013 0.503 39 Q 0.171 0.067 0.042 0.021 0.032 0.167 0.019 0.481 40 N 0.217 0.102 0.058 0.020 0.032 0.083 0.021 0.468 41 E 0.269 0.107 0.091 0.028 0.040 0.164 0.017 0.284 42 S 0.055 0.184 0.035 0.020 0.030 0.175 0.010 0.490 43 L 0.076 0.287 0.058 0.020 0.085 0.079 0.011 0.384 44 E 0.029 0.199 0.014 0.006 0.020 0.412 0.006 0.314 45 Q 0.069 0.369 0.003 0.002 0.006 0.195 0.008 0.348 46 G 0.023 0.883 0.002 0.001 0.002 0.008 0.002 0.079 47 A 0.005 0.959 0.002 0.001 0.002 0.003 0.003 0.025 48 N 0.041 0.882 0.003 0.002 0.004 0.005 0.016 0.046 49 A 0.055 0.868 0.018 0.003 0.004 0.003 0.011 0.039 50 H 0.051 0.833 0.016 0.008 0.005 0.005 0.025 0.057 51 G 0.411 0.151 0.055 0.009 0.007 0.020 0.101 0.247 52 L 0.141 0.091 0.523 0.021 0.011 0.054 0.015 0.144 53 N 0.037 0.055 0.051 0.013 0.019 0.377 0.008 0.440 54 V 0.039 0.046 0.050 0.004 0.023 0.033 0.004 0.801 55 E 0.007 0.031 0.012 0.002 0.006 0.418 0.002 0.523 56 D 0.035 0.026 0.002 0.001 0.001 0.576 0.003 0.357 57 I 0.030 0.798 0.001 0.001 0.001 0.033 0.001 0.135 58 L 0.004 0.930 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.059 59 R 0.006 0.921 0.001 0.001 0.002 0.005 0.002 0.063 60 D 0.048 0.922 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.021 61 L 0.045 0.923 0.003 0.001 0.001 0.001 0.010 0.016 62 N 0.101 0.768 0.009 0.004 0.004 0.008 0.032 0.075 63 A 0.120 0.649 0.055 0.005 0.004 0.012 0.038 0.116 64 L 0.257 0.352 0.048 0.005 0.008 0.038 0.061 0.230 65 A 0.095 0.240 0.088 0.009 0.008 0.058 0.031 0.471