# TARGET T0469 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0469.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 21.8853 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.279 0.216 0.225 0.119 0.077 0.026 0.021 0.005 0.022 0.008 0.001 2 T 0.264 0.149 0.362 0.095 0.043 0.036 0.021 0.003 0.022 0.003 0.003 3 Q 0.242 0.183 0.387 0.063 0.033 0.041 0.022 0.004 0.020 0.002 0.003 4 K 0.209 0.407 0.245 0.040 0.038 0.030 0.007 0.001 0.022 0.001 0.001 5 F 0.146 0.315 0.324 0.080 0.020 0.077 0.005 0.001 0.031 0.001 0.001 6 T 0.155 0.207 0.335 0.112 0.052 0.074 0.019 0.001 0.039 0.004 0.002 7 K 0.670 0.055 0.103 0.076 0.034 0.018 0.021 0.009 0.004 0.009 0.002 8 D 0.274 0.085 0.121 0.307 0.029 0.039 0.106 0.007 0.030 0.002 0.002 9 M 0.256 0.202 0.241 0.118 0.074 0.033 0.037 0.015 0.019 0.006 0.001 10 T 0.304 0.241 0.329 0.027 0.026 0.056 0.002 0.001 0.013 0.001 0.001 11 F 0.885 0.035 0.042 0.012 0.007 0.015 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 12 A 0.961 0.008 0.011 0.009 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 13 Q 0.967 0.008 0.006 0.010 0.004 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 14 A 0.969 0.012 0.008 0.005 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 15 L 0.971 0.007 0.005 0.009 0.001 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 16 Q 0.914 0.006 0.008 0.054 0.002 0.010 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 17 T 0.718 0.011 0.013 0.241 0.002 0.006 0.006 0.001 0.002 0.001 0.001 18 H 0.072 0.047 0.120 0.016 0.011 0.024 0.016 0.001 0.693 0.001 0.001 19 P 0.820 0.001 0.146 0.025 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.006 20 G 0.782 0.003 0.016 0.064 0.008 0.003 0.013 0.106 0.001 0.005 0.001 21 V 0.864 0.015 0.052 0.054 0.002 0.009 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 22 A 0.958 0.006 0.014 0.014 0.002 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 23 G 0.972 0.004 0.008 0.005 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 24 V 0.971 0.009 0.005 0.005 0.001 0.006 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 25 L 0.932 0.010 0.013 0.017 0.001 0.016 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 26 R 0.928 0.007 0.010 0.043 0.001 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 27 S 0.788 0.016 0.015 0.154 0.004 0.010 0.010 0.001 0.003 0.001 0.001 28 Y 0.375 0.026 0.033 0.512 0.008 0.005 0.033 0.002 0.005 0.001 0.001 29 N 0.050 0.011 0.024 0.188 0.015 0.021 0.619 0.054 0.010 0.007 0.001 30 L 0.183 0.164 0.260 0.328 0.019 0.015 0.020 0.001 0.008 0.001 0.001 31 G 0.195 0.039 0.160 0.057 0.145 0.019 0.040 0.094 0.008 0.244 0.001 32 C 0.253 0.168 0.278 0.112 0.086 0.055 0.012 0.003 0.023 0.010 0.001 33 I 0.325 0.178 0.203 0.165 0.050 0.036 0.022 0.001 0.015 0.004 0.002 34 G 0.135 0.027 0.089 0.033 0.160 0.013 0.040 0.193 0.007 0.304 0.001 35 C 0.250 0.160 0.330 0.084 0.070 0.048 0.016 0.002 0.033 0.006 0.001 36 M 0.425 0.059 0.248 0.143 0.022 0.044 0.029 0.003 0.017 0.005 0.006 37 G 0.415 0.046 0.083 0.077 0.099 0.018 0.043 0.111 0.006 0.102 0.001 38 A 0.426 0.089 0.142 0.204 0.047 0.051 0.020 0.003 0.013 0.004 0.001 39 Q 0.467 0.074 0.104 0.226 0.036 0.022 0.050 0.005 0.009 0.007 0.001 40 N 0.323 0.082 0.109 0.176 0.068 0.045 0.145 0.026 0.018 0.007 0.001 41 E 0.338 0.202 0.293 0.095 0.021 0.034 0.004 0.001 0.011 0.001 0.001 42 S 0.399 0.155 0.245 0.033 0.052 0.088 0.003 0.001 0.023 0.001 0.001 43 L 0.982 0.002 0.008 0.004 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 44 E 0.991 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 45 Q 0.971 0.002 0.002 0.021 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 46 G 0.984 0.002 0.002 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 47 A 0.967 0.004 0.006 0.014 0.002 0.004 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 48 N 0.932 0.005 0.009 0.038 0.001 0.008 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 49 A 0.811 0.006 0.011 0.161 0.001 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 50 H 0.209 0.012 0.038 0.691 0.005 0.003 0.038 0.001 0.002 0.001 0.001 51 G 0.029 0.003 0.012 0.025 0.032 0.004 0.451 0.369 0.001 0.073 0.001 52 L 0.103 0.284 0.450 0.126 0.012 0.013 0.002 0.001 0.010 0.001 0.001 53 N 0.036 0.058 0.603 0.023 0.027 0.184 0.008 0.001 0.056 0.003 0.001 54 V 0.962 0.002 0.026 0.004 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 55 E 0.994 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 56 D 0.986 0.001 0.002 0.007 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 57 I 0.993 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 58 L 0.996 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 59 R 0.975 0.001 0.002 0.021 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 60 D 0.932 0.003 0.002 0.060 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 61 L 0.890 0.009 0.023 0.064 0.001 0.003 0.003 0.001 0.006 0.001 0.001 62 N 0.902 0.004 0.028 0.037 0.001 0.006 0.019 0.001 0.002 0.001 0.001 63 A 0.792 0.013 0.026 0.139 0.003 0.010 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 64 L 0.509 0.034 0.157 0.267 0.005 0.012 0.006 0.001 0.009 0.001 0.001 65 A 0.496 0.038 0.152 0.133 0.030 0.019 0.092 0.018 0.011 0.011 0.001