# TARGET T0469 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0469.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 21.8853 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.108 0.179 0.087 0.036 0.228 0.036 0.040 0.079 0.059 0.099 0.049 2 T 0.187 0.164 0.049 0.015 0.270 0.015 0.027 0.075 0.069 0.062 0.066 3 Q 0.131 0.234 0.062 0.010 0.330 0.017 0.028 0.062 0.050 0.035 0.041 4 K 0.189 0.163 0.023 0.006 0.442 0.009 0.032 0.059 0.022 0.026 0.030 5 F 0.180 0.165 0.038 0.018 0.237 0.020 0.023 0.063 0.044 0.093 0.119 6 T 0.095 0.233 0.272 0.041 0.218 0.030 0.014 0.048 0.019 0.013 0.017 7 K 0.010 0.045 0.018 0.011 0.022 0.035 0.098 0.439 0.283 0.032 0.007 8 D 0.044 0.058 0.028 0.012 0.050 0.012 0.041 0.198 0.086 0.411 0.061 9 M 0.059 0.391 0.086 0.003 0.232 0.006 0.011 0.111 0.030 0.042 0.031 10 T 0.085 0.351 0.068 0.003 0.156 0.006 0.012 0.228 0.027 0.026 0.038 11 F 0.029 0.013 0.002 0.001 0.021 0.002 0.002 0.768 0.144 0.010 0.008 12 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.005 0.912 0.071 0.002 0.001 13 Q 0.004 0.002 0.001 0.001 0.006 0.001 0.003 0.922 0.055 0.006 0.001 14 A 0.005 0.002 0.001 0.001 0.004 0.001 0.010 0.896 0.076 0.005 0.001 15 L 0.004 0.005 0.002 0.001 0.007 0.002 0.012 0.708 0.246 0.012 0.002 16 Q 0.005 0.012 0.004 0.001 0.010 0.004 0.071 0.755 0.123 0.013 0.003 17 T 0.016 0.063 0.042 0.007 0.031 0.014 0.222 0.273 0.134 0.180 0.018 18 H 0.090 0.319 0.220 0.009 0.217 0.007 0.012 0.043 0.016 0.032 0.035 19 P 0.016 0.054 0.012 0.008 0.024 0.027 0.080 0.402 0.282 0.076 0.018 20 G 0.014 0.042 0.041 0.018 0.021 0.017 0.066 0.419 0.123 0.216 0.023 21 V 0.056 0.050 0.017 0.005 0.064 0.004 0.008 0.462 0.135 0.162 0.038 22 A 0.018 0.027 0.008 0.003 0.030 0.007 0.008 0.703 0.161 0.024 0.010 23 G 0.012 0.019 0.008 0.003 0.029 0.006 0.015 0.806 0.082 0.015 0.004 24 V 0.022 0.014 0.004 0.002 0.026 0.002 0.016 0.811 0.079 0.017 0.007 25 L 0.024 0.011 0.003 0.004 0.028 0.007 0.020 0.744 0.131 0.020 0.008 26 R 0.009 0.035 0.013 0.005 0.019 0.013 0.051 0.691 0.144 0.017 0.005 27 S 0.037 0.029 0.026 0.010 0.055 0.018 0.087 0.411 0.107 0.171 0.047 28 Y 0.030 0.467 0.182 0.014 0.097 0.019 0.059 0.058 0.028 0.034 0.013 29 N 0.114 0.042 0.047 0.029 0.066 0.026 0.030 0.045 0.026 0.289 0.286 30 L 0.058 0.355 0.118 0.043 0.177 0.019 0.028 0.062 0.057 0.060 0.025 31 G 0.058 0.124 0.134 0.147 0.081 0.084 0.054 0.098 0.063 0.097 0.060 32 C 0.146 0.092 0.070 0.051 0.198 0.022 0.039 0.120 0.085 0.104 0.073 33 I 0.067 0.133 0.060 0.048 0.136 0.051 0.076 0.165 0.113 0.114 0.039 34 G 0.064 0.137 0.153 0.109 0.090 0.044 0.036 0.093 0.060 0.163 0.052 35 C 0.116 0.216 0.127 0.027 0.276 0.012 0.013 0.064 0.045 0.058 0.045 36 M 0.062 0.094 0.038 0.016 0.097 0.039 0.066 0.282 0.194 0.080 0.032 37 G 0.054 0.098 0.058 0.022 0.075 0.029 0.074 0.313 0.100 0.138 0.039 38 A 0.087 0.143 0.079 0.024 0.133 0.019 0.022 0.262 0.082 0.104 0.046 39 Q 0.021 0.058 0.025 0.018 0.031 0.029 0.031 0.557 0.157 0.058 0.016 40 N 0.018 0.021 0.014 0.009 0.025 0.010 0.015 0.605 0.148 0.113 0.020 41 E 0.011 0.052 0.024 0.004 0.026 0.006 0.015 0.755 0.078 0.025 0.006 42 S 0.011 0.029 0.008 0.001 0.015 0.001 0.007 0.863 0.041 0.017 0.006 43 L 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.913 0.076 0.003 0.001 44 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.952 0.045 0.001 0.001 45 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.961 0.033 0.002 0.001 46 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.955 0.034 0.003 0.001 47 A 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.008 0.904 0.077 0.003 0.001 48 N 0.003 0.009 0.002 0.001 0.005 0.001 0.027 0.805 0.131 0.013 0.003 49 A 0.010 0.009 0.010 0.003 0.009 0.015 0.127 0.610 0.113 0.064 0.031 50 H 0.005 0.661 0.170 0.010 0.036 0.015 0.058 0.024 0.008 0.009 0.004 51 G 0.025 0.004 0.005 0.007 0.006 0.006 0.004 0.010 0.008 0.586 0.338 52 L 0.010 0.645 0.204 0.010 0.080 0.005 0.007 0.014 0.006 0.014 0.007 53 N 0.061 0.537 0.239 0.004 0.106 0.002 0.001 0.012 0.002 0.006 0.027 54 V 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.664 0.323 0.003 0.001 55 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.914 0.078 0.002 0.001 56 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.956 0.032 0.008 0.001 57 I 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.954 0.028 0.007 0.002 58 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.902 0.095 0.001 0.001 59 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.933 0.062 0.001 0.001 60 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.914 0.052 0.009 0.001 61 L 0.014 0.012 0.003 0.003 0.018 0.003 0.031 0.707 0.136 0.062 0.010 62 N 0.005 0.005 0.003 0.004 0.005 0.007 0.022 0.687 0.197 0.056 0.009 63 A 0.009 0.014 0.007 0.003 0.014 0.005 0.074 0.496 0.175 0.193 0.011 64 L 0.058 0.227 0.126 0.014 0.159 0.016 0.062 0.156 0.075 0.081 0.028 65 A 0.071 0.175 0.099 0.030 0.115 0.035 0.059 0.174 0.082 0.102 0.058