# TARGET T0469 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0469.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 21.8853 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.755 0.184 0.041 0.015 0.005 0.001 0.001 2 T 0.767 0.185 0.037 0.009 0.002 0.001 0.001 3 Q 0.572 0.262 0.116 0.042 0.008 0.001 0.001 4 K 0.473 0.381 0.115 0.026 0.004 0.001 0.001 5 F 0.093 0.095 0.213 0.339 0.216 0.043 0.001 6 T 0.360 0.321 0.197 0.086 0.030 0.005 0.001 7 K 0.440 0.318 0.143 0.069 0.024 0.006 0.001 8 D 0.380 0.361 0.152 0.069 0.030 0.007 0.001 9 M 0.094 0.121 0.210 0.296 0.214 0.059 0.005 10 T 0.127 0.260 0.294 0.174 0.106 0.034 0.005 11 F 0.034 0.062 0.100 0.181 0.271 0.289 0.064 12 A 0.064 0.155 0.250 0.262 0.186 0.075 0.008 13 Q 0.100 0.252 0.287 0.230 0.090 0.036 0.005 14 A 0.016 0.028 0.066 0.161 0.311 0.339 0.078 15 L 0.023 0.035 0.058 0.146 0.289 0.357 0.091 16 Q 0.114 0.266 0.290 0.206 0.085 0.035 0.005 17 T 0.129 0.251 0.260 0.221 0.095 0.039 0.005 18 H 0.056 0.102 0.159 0.247 0.254 0.163 0.018 19 P 0.128 0.170 0.209 0.224 0.182 0.078 0.009 20 G 0.159 0.287 0.250 0.162 0.096 0.039 0.007 21 V 0.050 0.101 0.136 0.219 0.265 0.183 0.045 22 A 0.025 0.063 0.122 0.231 0.304 0.224 0.031 23 G 0.074 0.215 0.247 0.227 0.151 0.076 0.011 24 V 0.014 0.041 0.116 0.242 0.318 0.225 0.045 25 L 0.010 0.017 0.027 0.074 0.219 0.471 0.182 26 R 0.035 0.134 0.240 0.312 0.190 0.078 0.011 27 S 0.135 0.293 0.238 0.211 0.079 0.037 0.007 28 Y 0.048 0.085 0.189 0.299 0.243 0.123 0.012 29 N 0.138 0.226 0.216 0.219 0.117 0.071 0.013 30 L 0.064 0.066 0.114 0.181 0.266 0.243 0.066 31 G 0.149 0.196 0.176 0.201 0.133 0.102 0.043 32 C 0.084 0.073 0.081 0.111 0.172 0.274 0.206 33 I 0.090 0.076 0.070 0.113 0.140 0.240 0.270 34 G 0.162 0.134 0.113 0.138 0.141 0.151 0.162 35 C 0.076 0.058 0.051 0.085 0.120 0.247 0.362 36 M 0.080 0.071 0.067 0.107 0.146 0.246 0.283 37 G 0.097 0.099 0.088 0.137 0.164 0.215 0.199 38 A 0.101 0.114 0.115 0.143 0.175 0.202 0.150 39 Q 0.076 0.117 0.137 0.164 0.174 0.197 0.134 40 N 0.059 0.089 0.110 0.170 0.221 0.215 0.136 41 E 0.062 0.092 0.125 0.184 0.257 0.206 0.073 42 S 0.071 0.154 0.194 0.206 0.195 0.126 0.053 43 L 0.014 0.025 0.038 0.098 0.206 0.389 0.230 44 E 0.041 0.114 0.227 0.289 0.205 0.105 0.019 45 Q 0.069 0.177 0.306 0.279 0.103 0.056 0.010 46 G 0.028 0.037 0.063 0.174 0.281 0.335 0.082 47 A 0.039 0.037 0.064 0.140 0.241 0.356 0.123 48 N 0.071 0.200 0.289 0.248 0.108 0.069 0.016 49 A 0.135 0.209 0.205 0.192 0.159 0.082 0.018 50 H 0.067 0.103 0.135 0.220 0.262 0.187 0.027 51 G 0.223 0.381 0.231 0.095 0.050 0.018 0.002 52 L 0.053 0.095 0.203 0.346 0.227 0.069 0.008 53 N 0.152 0.308 0.257 0.156 0.099 0.027 0.002 54 V 0.032 0.075 0.154 0.339 0.257 0.137 0.006 55 E 0.463 0.447 0.069 0.014 0.005 0.001 0.001 56 D 0.156 0.443 0.263 0.123 0.013 0.001 0.001 57 I 0.009 0.021 0.049 0.130 0.498 0.280 0.014 58 L 0.011 0.069 0.224 0.507 0.159 0.029 0.001 59 R 0.485 0.456 0.048 0.008 0.003 0.001 0.001 60 D 0.122 0.316 0.316 0.213 0.030 0.003 0.001 61 L 0.047 0.055 0.151 0.269 0.377 0.099 0.002 62 N 0.404 0.376 0.160 0.047 0.013 0.001 0.001 63 A 0.762 0.208 0.024 0.005 0.001 0.001 0.001 64 L 0.555 0.228 0.117 0.073 0.023 0.004 0.001 65 A 0.680 0.210 0.069 0.028 0.010 0.002 0.001