# TARGET T0469 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB8-sep9-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 14 (1 CB8-sep9 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0469.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 21.8853 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.313 0.139 0.139 0.127 0.117 0.076 0.040 0.021 0.013 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 2 T 0.309 0.160 0.158 0.141 0.120 0.050 0.028 0.015 0.010 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 3 Q 0.445 0.130 0.091 0.109 0.085 0.063 0.034 0.021 0.010 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 4 K 0.285 0.174 0.152 0.153 0.126 0.051 0.028 0.015 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 5 F 0.132 0.054 0.071 0.129 0.150 0.165 0.119 0.094 0.040 0.029 0.010 0.004 0.002 0.001 6 T 0.304 0.185 0.172 0.128 0.096 0.056 0.029 0.016 0.008 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 7 K 0.278 0.128 0.120 0.149 0.136 0.080 0.045 0.030 0.016 0.011 0.005 0.001 0.001 0.001 8 D 0.151 0.164 0.146 0.176 0.170 0.091 0.051 0.023 0.017 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 9 M 0.156 0.093 0.106 0.138 0.129 0.142 0.103 0.065 0.034 0.018 0.010 0.003 0.002 0.001 10 T 0.086 0.091 0.114 0.164 0.187 0.155 0.105 0.056 0.025 0.009 0.005 0.002 0.001 0.001 11 F 0.021 0.013 0.026 0.051 0.109 0.178 0.172 0.154 0.136 0.074 0.040 0.015 0.008 0.002 12 A 0.083 0.108 0.136 0.183 0.187 0.126 0.083 0.045 0.025 0.012 0.007 0.003 0.001 0.001 13 Q 0.256 0.196 0.166 0.138 0.101 0.058 0.033 0.022 0.014 0.007 0.006 0.002 0.001 0.001 14 A 0.024 0.021 0.036 0.120 0.174 0.197 0.178 0.137 0.069 0.029 0.008 0.004 0.001 0.001 15 L 0.034 0.033 0.058 0.115 0.162 0.189 0.180 0.109 0.071 0.031 0.012 0.004 0.002 0.001 16 Q 0.410 0.250 0.156 0.090 0.045 0.023 0.014 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 17 T 0.239 0.169 0.171 0.147 0.121 0.080 0.040 0.015 0.010 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 18 H 0.146 0.110 0.139 0.155 0.174 0.125 0.080 0.038 0.022 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 19 P 0.339 0.210 0.160 0.107 0.083 0.050 0.026 0.014 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 20 G 0.314 0.177 0.156 0.129 0.104 0.060 0.032 0.016 0.008 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 21 V 0.081 0.067 0.083 0.134 0.185 0.167 0.129 0.077 0.047 0.018 0.008 0.002 0.001 0.001 22 A 0.062 0.071 0.110 0.143 0.185 0.177 0.125 0.065 0.032 0.016 0.009 0.003 0.001 0.001 23 G 0.337 0.221 0.162 0.108 0.077 0.041 0.025 0.016 0.007 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 24 V 0.057 0.050 0.077 0.151 0.182 0.178 0.138 0.090 0.040 0.021 0.009 0.004 0.002 0.001 25 L 0.040 0.031 0.053 0.104 0.162 0.176 0.164 0.121 0.094 0.035 0.012 0.005 0.002 0.001 26 R 0.247 0.204 0.162 0.168 0.096 0.056 0.035 0.017 0.008 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 27 S 0.393 0.215 0.156 0.089 0.064 0.039 0.021 0.008 0.009 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 28 Y 0.084 0.070 0.106 0.174 0.189 0.166 0.099 0.057 0.028 0.016 0.008 0.002 0.001 0.001 29 N 0.241 0.175 0.160 0.122 0.119 0.076 0.050 0.028 0.017 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 30 L 0.077 0.048 0.061 0.111 0.163 0.151 0.116 0.105 0.071 0.058 0.020 0.011 0.006 0.002 31 G 0.141 0.096 0.094 0.128 0.120 0.120 0.107 0.074 0.051 0.028 0.023 0.011 0.004 0.003 32 C 0.064 0.033 0.043 0.068 0.104 0.126 0.107 0.092 0.113 0.092 0.076 0.052 0.018 0.010 33 I 0.079 0.036 0.039 0.062 0.070 0.098 0.119 0.130 0.122 0.080 0.073 0.058 0.025 0.009 34 G 0.097 0.060 0.066 0.079 0.089 0.098 0.109 0.113 0.095 0.068 0.064 0.036 0.018 0.010 35 C 0.064 0.037 0.043 0.057 0.080 0.103 0.110 0.117 0.111 0.104 0.087 0.050 0.024 0.012 36 M 0.096 0.048 0.057 0.078 0.103 0.121 0.120 0.086 0.092 0.074 0.054 0.040 0.019 0.012 37 G 0.081 0.057 0.058 0.099 0.123 0.130 0.137 0.092 0.090 0.060 0.037 0.021 0.009 0.007 38 A 0.075 0.056 0.065 0.096 0.109 0.147 0.138 0.108 0.088 0.050 0.038 0.017 0.009 0.003 39 Q 0.079 0.095 0.113 0.159 0.155 0.132 0.111 0.060 0.046 0.023 0.017 0.006 0.003 0.002 40 N 0.060 0.066 0.100 0.114 0.164 0.152 0.135 0.087 0.063 0.031 0.018 0.007 0.002 0.001 41 E 0.173 0.119 0.133 0.140 0.128 0.115 0.077 0.055 0.028 0.017 0.009 0.003 0.002 0.001 42 S 0.105 0.118 0.129 0.182 0.197 0.104 0.071 0.050 0.025 0.011 0.004 0.002 0.001 0.001 43 L 0.017 0.010 0.021 0.043 0.077 0.145 0.207 0.238 0.137 0.068 0.022 0.010 0.004 0.001 44 E 0.081 0.119 0.183 0.194 0.184 0.118 0.066 0.031 0.014 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 45 Q 0.305 0.229 0.168 0.120 0.092 0.038 0.020 0.013 0.007 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 46 G 0.031 0.037 0.055 0.158 0.191 0.187 0.177 0.109 0.035 0.013 0.004 0.002 0.001 0.001 47 A 0.027 0.035 0.065 0.108 0.153 0.186 0.195 0.118 0.072 0.025 0.010 0.003 0.001 0.001 48 N 0.328 0.234 0.155 0.116 0.067 0.045 0.029 0.015 0.007 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 49 A 0.197 0.136 0.158 0.123 0.135 0.113 0.070 0.026 0.022 0.009 0.007 0.002 0.001 0.001 50 H 0.062 0.050 0.083 0.151 0.221 0.192 0.117 0.053 0.035 0.021 0.011 0.003 0.001 0.001 51 G 0.284 0.196 0.196 0.114 0.094 0.054 0.032 0.016 0.009 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 52 L 0.281 0.101 0.096 0.134 0.149 0.098 0.052 0.046 0.022 0.015 0.005 0.002 0.001 0.001 53 N 0.189 0.192 0.154 0.196 0.118 0.072 0.041 0.018 0.012 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 54 V 0.052 0.051 0.077 0.142 0.192 0.211 0.111 0.061 0.070 0.024 0.006 0.001 0.001 0.001 55 E 0.506 0.273 0.122 0.056 0.028 0.009 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 56 D 0.431 0.343 0.164 0.041 0.012 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 57 I 0.021 0.022 0.035 0.109 0.238 0.284 0.130 0.090 0.062 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 58 L 0.033 0.083 0.113 0.358 0.246 0.073 0.052 0.021 0.015 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 59 R 0.816 0.166 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 60 D 0.185 0.287 0.253 0.120 0.099 0.039 0.011 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 61 L 0.022 0.023 0.067 0.141 0.253 0.187 0.188 0.086 0.025 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 62 N 0.484 0.243 0.137 0.061 0.043 0.021 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 63 A 0.640 0.171 0.098 0.051 0.024 0.009 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 64 L 0.165 0.107 0.128 0.187 0.190 0.117 0.060 0.025 0.012 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 65 A 0.361 0.190 0.178 0.093 0.081 0.049 0.027 0.013 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001