# TARGET T0469 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str4-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 21 (1 str4 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0469.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 20.9914 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M P Q R S T U V W 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.003 0.005 0.037 0.032 0.109 0.003 0.155 0.014 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.038 0.040 0.187 0.069 0.108 0.192 0.001 2 T 0.004 0.005 0.035 0.041 0.107 0.005 0.156 0.010 0.002 0.001 0.002 0.001 0.003 0.002 0.054 0.051 0.094 0.141 0.143 0.142 0.001 3 Q 0.009 0.013 0.092 0.052 0.164 0.005 0.045 0.013 0.001 0.001 0.002 0.002 0.006 0.005 0.052 0.062 0.067 0.071 0.148 0.187 0.002 4 K 0.013 0.012 0.113 0.084 0.100 0.005 0.032 0.025 0.001 0.001 0.007 0.005 0.012 0.012 0.130 0.061 0.103 0.043 0.139 0.096 0.005 5 F 0.013 0.016 0.033 0.043 0.236 0.002 0.049 0.020 0.001 0.001 0.005 0.007 0.015 0.020 0.099 0.107 0.088 0.051 0.083 0.106 0.005 6 T 0.009 0.010 0.082 0.074 0.046 0.001 0.028 0.021 0.002 0.001 0.005 0.005 0.006 0.015 0.163 0.074 0.043 0.022 0.157 0.236 0.001 7 K 0.004 0.004 0.021 0.028 0.099 0.003 0.037 0.017 0.002 0.001 0.002 0.002 0.004 0.009 0.049 0.036 0.549 0.044 0.023 0.066 0.001 8 D 0.004 0.006 0.015 0.021 0.047 0.010 0.464 0.097 0.003 0.001 0.003 0.002 0.005 0.004 0.024 0.026 0.055 0.079 0.072 0.062 0.001 9 M 0.007 0.006 0.059 0.039 0.031 0.005 0.040 0.111 0.002 0.001 0.001 0.002 0.006 0.006 0.063 0.026 0.204 0.123 0.109 0.159 0.001 10 T 0.005 0.008 0.016 0.011 0.121 0.004 0.028 0.343 0.003 0.001 0.002 0.002 0.004 0.004 0.013 0.051 0.099 0.033 0.081 0.172 0.001 11 F 0.003 0.004 0.008 0.009 0.014 0.004 0.032 0.514 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.046 0.007 0.311 0.014 0.010 0.012 0.001 12 A 0.001 0.003 0.002 0.002 0.003 0.005 0.020 0.922 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.030 0.002 0.001 0.002 0.001 13 Q 0.002 0.003 0.001 0.002 0.004 0.019 0.027 0.916 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.002 0.001 0.001 0.001 14 A 0.002 0.005 0.001 0.003 0.016 0.005 0.025 0.858 0.013 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.044 0.008 0.003 0.003 0.001 15 L 0.006 0.007 0.006 0.008 0.013 0.015 0.082 0.685 0.029 0.008 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 0.002 0.095 0.010 0.006 0.013 0.001 16 Q 0.003 0.005 0.009 0.011 0.014 0.043 0.171 0.418 0.077 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.003 0.156 0.026 0.010 0.027 0.001 17 T 0.001 0.001 0.003 0.004 0.024 0.015 0.366 0.099 0.038 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.004 0.268 0.083 0.030 0.046 0.001 18 H 0.001 0.001 0.010 0.009 0.007 0.001 0.026 0.044 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.003 0.079 0.075 0.294 0.436 0.001 19 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.002 0.020 0.033 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.808 0.032 0.020 0.062 0.001 20 G 0.001 0.001 0.008 0.005 0.002 0.039 0.454 0.242 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.004 0.102 0.051 0.039 0.039 0.001 21 V 0.001 0.001 0.004 0.004 0.045 0.003 0.087 0.201 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.031 0.227 0.193 0.111 0.077 0.001 22 A 0.001 0.002 0.019 0.010 0.012 0.005 0.032 0.512 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.033 0.013 0.237 0.017 0.033 0.066 0.001 23 G 0.002 0.003 0.004 0.003 0.008 0.031 0.027 0.803 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.004 0.085 0.008 0.004 0.007 0.001 24 V 0.002 0.004 0.001 0.002 0.012 0.008 0.025 0.901 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.004 0.023 0.002 0.002 0.002 0.001 25 L 0.002 0.005 0.004 0.004 0.012 0.001 0.033 0.855 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.005 0.020 0.006 0.027 0.005 0.003 0.006 0.001 26 R 0.006 0.006 0.006 0.008 0.008 0.023 0.107 0.685 0.024 0.006 0.001 0.001 0.002 0.004 0.009 0.003 0.084 0.006 0.005 0.007 0.001 27 S 0.003 0.003 0.006 0.010 0.015 0.044 0.254 0.135 0.215 0.074 0.002 0.002 0.002 0.003 0.008 0.003 0.150 0.050 0.011 0.010 0.001 28 Y 0.003 0.003 0.011 0.009 0.015 0.014 0.460 0.069 0.019 0.008 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 0.007 0.172 0.060 0.049 0.087 0.001 29 N 0.001 0.001 0.008 0.006 0.019 0.005 0.077 0.011 0.009 0.005 0.001 0.001 0.001 0.002 0.014 0.009 0.150 0.438 0.154 0.088 0.001 30 L 0.001 0.001 0.019 0.008 0.023 0.005 0.057 0.012 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.028 0.058 0.237 0.050 0.155 0.330 0.001 31 G 0.002 0.003 0.036 0.017 0.039 0.005 0.082 0.015 0.002 0.001 0.002 0.002 0.003 0.014 0.102 0.044 0.184 0.122 0.144 0.178 0.003 32 C 0.002 0.002 0.027 0.021 0.043 0.006 0.042 0.011 0.004 0.001 0.003 0.003 0.005 0.032 0.076 0.103 0.127 0.058 0.233 0.197 0.003 33 I 0.002 0.003 0.038 0.020 0.033 0.002 0.042 0.009 0.001 0.001 0.002 0.003 0.004 0.035 0.190 0.078 0.291 0.031 0.067 0.147 0.002 34 G 0.005 0.006 0.024 0.028 0.068 0.009 0.143 0.015 0.002 0.001 0.004 0.003 0.010 0.034 0.085 0.135 0.111 0.095 0.089 0.129 0.004 35 C 0.006 0.007 0.058 0.039 0.054 0.003 0.022 0.015 0.002 0.001 0.002 0.003 0.005 0.018 0.082 0.065 0.072 0.043 0.182 0.320 0.001 36 M 0.005 0.005 0.028 0.023 0.069 0.003 0.038 0.034 0.001 0.001 0.002 0.002 0.005 0.013 0.087 0.064 0.406 0.034 0.057 0.122 0.002 37 G 0.007 0.008 0.028 0.034 0.042 0.019 0.208 0.101 0.005 0.001 0.004 0.003 0.007 0.014 0.060 0.043 0.155 0.074 0.083 0.101 0.002 38 A 0.005 0.005 0.030 0.024 0.041 0.007 0.124 0.112 0.005 0.001 0.003 0.002 0.005 0.008 0.041 0.055 0.214 0.061 0.094 0.163 0.001 39 Q 0.004 0.004 0.015 0.016 0.053 0.006 0.172 0.109 0.004 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.028 0.027 0.347 0.086 0.052 0.065 0.001 40 N 0.004 0.005 0.022 0.017 0.028 0.012 0.158 0.305 0.006 0.001 0.002 0.002 0.003 0.003 0.023 0.017 0.174 0.090 0.058 0.069 0.001 41 E 0.004 0.004 0.022 0.012 0.010 0.024 0.054 0.457 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.016 0.007 0.280 0.033 0.024 0.041 0.001 42 S 0.002 0.003 0.003 0.004 0.065 0.005 0.051 0.611 0.008 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.007 0.028 0.067 0.055 0.037 0.047 0.001 43 L 0.001 0.001 0.005 0.005 0.005 0.002 0.015 0.569 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.034 0.004 0.313 0.009 0.011 0.019 0.001 44 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.015 0.859 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.094 0.001 0.001 0.002 0.001 45 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.035 0.046 0.896 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 46 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.013 0.929 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.032 0.006 0.001 0.002 0.001 47 A 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.005 0.041 0.876 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.044 0.003 0.001 0.006 0.001 48 N 0.001 0.001 0.002 0.004 0.003 0.041 0.158 0.574 0.109 0.029 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.048 0.011 0.005 0.007 0.001 49 A 0.001 0.001 0.002 0.004 0.015 0.011 0.290 0.058 0.106 0.056 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.005 0.339 0.049 0.027 0.026 0.001 50 H 0.001 0.001 0.008 0.004 0.009 0.004 0.310 0.020 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.005 0.096 0.164 0.124 0.246 0.001 51 G 0.001 0.001 0.003 0.001 0.013 0.005 0.072 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.072 0.152 0.497 0.091 0.068 0.001 52 L 0.001 0.001 0.024 0.009 0.008 0.003 0.017 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.048 0.034 0.092 0.054 0.267 0.420 0.001 53 N 0.001 0.001 0.002 0.001 0.010 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.030 0.009 0.010 0.304 0.618 0.001 54 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.001 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 55 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.052 0.867 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.062 0.001 0.001 0.002 0.001 56 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.087 0.891 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 57 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.920 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.054 0.007 0.002 0.001 0.001 58 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.008 0.908 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.073 0.001 0.001 0.002 0.001 59 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.018 0.953 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 60 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.071 0.847 0.029 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 0.003 0.001 0.001 0.001 61 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.033 0.697 0.023 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.155 0.044 0.021 0.011 0.001 62 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 0.068 0.623 0.021 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.232 0.014 0.002 0.006 0.001 63 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.073 0.251 0.542 0.028 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.063 0.024 0.004 0.006 0.001 64 L 0.001 0.001 0.002 0.002 0.013 0.007 0.114 0.431 0.017 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.009 0.171 0.091 0.059 0.070 0.001 65 A 0.001 0.001 0.008 0.005 0.016 0.009 0.106 0.260 0.009 0.004 0.001 0.001 0.001 0.002 0.023 0.018 0.284 0.087 0.095 0.072 0.001