(c) 1992-2000 Regents of the University of California, Santa Cruz
Sequence Alignment and Modeling Software System
http://www.cse.ucsc.edu/research/compbio/sam.html

Citations (SAM, SAM-T99, HMMs)

Sequence numbers correspond to the following labels:

    • T0469 GsR195, Geobacter sulfurreducens PCA, 65 residues
                   10            20              30             40     
                   |             |               |              |     
   1 ...MTQKFT.K.DMTFAQALQTH....PG.VAGVL....RS.YNLG.CI..G..CMGAQNESLEQ
   2 ...--MQIT.K.DMTIGEIVRNF....PN.SIEIL....MS.FGMG.CV..G..CPSAQGESLEQ
   3 ...--MQIT.K.DMTIGEIVRNF....PS.SIEIL....MS.FGMG.CV..G..CPSAQGESLEQ
   4 ...MSEKVT.K.DMTISEVLKKN....PK.TAEVF....MK.HGMQ.CL..G..CPSAAGETVEQ
   5 m..--VQIT.K.DTIIGDILDIA....PE.TAPLF....LS.IGMH.CL..G..CPSSRGETVEQ
   6 ...--MKIT.K.DMIIADIIAID....QN.LIPIL....LD.TGMH.CI..G..CPSAQGESLEE
   7 ...--MKIS.K.DMTIGEVVRNH....PE.CVEVL....FN.FGLG.CV..G..CPSAQAETIEE
   8 ...--MTIT.K.EMTITEVVTKY....PK.TIPIF....YK.HGMG.CL..G..CAAAQFENIEQ
   9 ...--MKIT.K.DMIIADVLQMD....RG.TAPIF....IN.NGMH.CL..G..CPSSMGESIED
  10 apvQPGKIT.K.DSIIGQVIRDN....PR.TIAVF....RA.HGMG.CL..G..CPSASGESVEK
  11 sesTSDEIT.K.DTVIGDILKIN....PE.SASTL....ME.AGMH.CL..G..CPASQMETLEE
  12 ...--M-IT.K.DMTIGEILRVK....PE.SAQVL....MD.MGMG.CL..G..CPSAQFETLEQ
  13 ahtAPKQVT.R.DTIIGDILDMD....QT.TAPYF....ME.IGMH.CL..G..CPASRGETIEE
  14 ...MADKIT.K.DMTFFAVMQAY....PQ.SLDVL....RK.HRLG.CV..G..CMGAQNESLEQ
  15 m..--ATIT.K.EMSITEVVSKY....PQ.TVPVF....ME.HGMG.CL..G..CAAARFENIEQ
  16 ...ME-KIT.K.DTLIGNALKIN....PN.SASIL....MS.FGMG.CL..G..CPSSQMETIEQ
  17 ...--MTIT.R.DMLIGDLLRMK....PE.AASIL....MG.FGMG.CL..G..CPSSQMESLEQ
  18 ...MS-KIT.R.DMTMGYIVKEF....PQ.TVEVF....QR.YGMG.CL..S..CPTAQLESLEK
  19 m..--AKVT.K.DMIISDVLNMD....KG.TVPIF....LE.SGMH.CL..G..CPSSSGESIED
  20 ggtNEMAIS.K.DMIIADLIALD....PN.YAAIL....MA.SGMG.CV..G..CPSSQGESIEQ
  21 m..--PRIT.T.DTIIADVLRID....RG.TIPIF....LN.NGLH.CL..G..CPSAQGESIEE
  22 ...--MQIT.K.DMGIMDIVNKY....PQ.AVSVF....QA.YGMG.CI..G..CMAARFETLEE
  23 ...MAL-IT.K.DMTVGQVLRSY....PQ.TVQTF....LE.LGMH.CL..G..CPSSTMESIEG
  24 ...MSQQFT.K.DMTFAQALQAN....PE.VAKVL....RK.YNLG.CI..G..CMGAQNESLEQ
  25 ...--M-IT.K.DWTITDIVEKY....PK.TTEIL....MN.HGMH.CF..G..CMAARFENIEQ
  26 ...--M-IT.K.DMTVGQVLRSY....PQ.TVQTF....LE.LGMH.CL..G..CPSSTMESIEG
  27 m..--AEFS.K.DTKIGELIDQF....PE.SAPIL....ME.IGMH.CL..G..CPASQMETLEE
  28 ...MSDKIT.K.DMKFSEILNYG....QP.VVQVF....MK.YQMG.CL..G..CAVAKFETLEQ
  29 aksENGVIT.K.DMIIADIVSED....AE.NTKIL....ME.FGMH.CI..G..CPSSQMETLED
  30 ...--M-IT.K.DMTIGEVIRKM....PT.AAEVL....MS.FGMG.CV..G..CPSAQAETLEE
  31 m..--AKVT.K.DMLIGQLITLD....PN.IAPIL....MR.AGMH.CL..G..CPSSQMESLEE
  32 ...--M-IT.K.DMTIGEVVKND....SS.KAEVL....MS.FGMG.CV..G..CPSAQAETIEE
  33 ...--MKIT.E.TMGIGECVAKF....PN.TVPVF....MS.FGMS.CL..G..CSAARFENIGQ
  34 mkrRKIMIT.K.DMTVGEIIRIK....EN.AAEIL....MS.FGMG.CI..G..CPSAQSESLED
  35 ervVPLQIT.K.DLSIMDVLRAY....PQ.VRPVF....IR.HGMG.CL..E..CMGAMDETIAS
  36 m..--AQIS.K.TMTISEILSVD....KV.VIPVL....MN.SGMH.CL..G..CPSAQGETLEE
  37 ...--MTIT.K.DSIIGDILDAY....GEvTAPFF....LE.MGMH.CL..G..CPASRGETVAQ
  38 ...MS-QVT.K.DMTFAAVMRMH....PD.VVKVL....AK.YNLG.CI..G..CMGAQNESLEQ
  39 ...--MKIT.K.DMLIGDIIQIH....PD.AVEIL....FN.FGLS.CV..G..CPASQMETLEE
  40 ...--M-IT.K.DMVIQEIVTKY....PQ.TLPVF....GQ.FNMG.CL..G..CSGALFETLEQ
  41 me.ARMPIS.F.DELVDDVMRRR....PE.TIRVF....LA.FQMR.CV..G..CPIACFHNVAD
  42 m..--AKIT.K.DMIIKDIININ....MG.CIPIL....LN.EGMH.CV..G..CPASQGETLEE
  43 ...--MKIN.R.DMTIMDVMQLD....RE.VATIF....MK.YGLH.CL..G..XPGATMESISD
  44 ...--M-IT.K.DMTIGEVVSAD....QS.KAQVL....MS.FGMG.CV..G..CPSAQAETIAE
  45 ...--MPFG.S.DDLVDDIMRTA....PH.TIRVF....LA.FRLA.CV..G..CPIATFHTVED
  46 m..--ATVT.K.DTIIGDILDMD....RT.TAPFF....LE.MGMH.CL..G..CPASRGESLEQ
  47 ...--MKIT.K.DMTIGEIVRNH....EG.AAEVL....MS.FGMG.CV..G..CPSAQSETLAE
  48 ggvMMAQVS.R.DTTIGEALSMN....PG.IAPIL....QE.IGMH.CL..G..CPASQGESLAE
  49 ...MTQKFT.K.DMTFAQALQTH....PG.VAGVL....RS.YNLG.CI..G..CMGAQNESLEQ
  50 ...--M-IT.K.DLTIGEIIRIK....EN.APQIL....MS.FGMG.CV..G..CPSAQAETIED
  51 ...MSQQVT.K.DMTFAQVMRMH....QD.AVKVL....AK.YNLG.CV..G..CMGAQNESLEQ
  52 ...ME-TFT.K.NTTIGELLSVY....PE.CAPIL....ME.IGMH.CL..G..CPSAQMETLGE
  53 ...MN-TIT.K.DMVIGDLLAID....EN.FAAIL....MA.SGMH.CV..G..CPSSQGETLEE
  54 ...--M-VT.K.DMTIGEVIQKN....PG.AAEIL....MS.FGMG.CV..C..CPSALGETIEE
  55 ...MAVNIT.K.EMTMGELLSID....RG.VAVVL....MN.AGMH.CI..G..CPSSIGESLEE
  56 ...--MTIR.D.DLPVDEVMRSW....PA.TIRTF....LD.FRMQ.CC..G..CPIAAFHTMKD
  57 m..PPPKLD.DpDLPLDVLMTTW....PE.TVRVF....MD.HDML.CV..G..CMVSPFHSVSE
  58 ...--MKIK.K.EMLIGQILSEK....PE.SIGTL....MS.FGMG.CI..M..CPSSQMETLEE
  59 ...--M-IS.K.EMTIGEIIRRY....PQ.TLPVF....EK.YGLD.CH..D..CQIADFEAVEH
  60 ...--MKYT.K.DSLVGEVLDND....ES.LARYF....LE.MGMH.CL..G..CPSSRGETIEQ
  61 ...MK-KVT.E.DMTIAEVLKMD....RE.VAGIF....MK.YGLH.CL..G..CPGATMESISD
  62 ...MD-KIN.K.DTTVGEVIRMN....PA.NAQKL....MN.FGMG.CV..G..CPSAQSETLRE
  63 ...--MPIR.H.DSVVDDLMRTQ....PA.TIRTF....LD.FRMG.CC..G..CPIATFHTVDD
  64 m..RHPQPD.DpDIPLIELMALW....PQ.TIPVF....VR.HRML.CV..G..CLVSPFHTVTD
  65 qtkKEDKFH.R.DMLVGSIIGMD....PQ.AAQIL....SD.SGMG.CL..G..CPASQSETLAD
  66 ...--M-IT.K.DMIIGDIIRQH....PA.TVQVF....AR.HGLE.CY..E..CQIADLETLEH
  67 m..--AQIT.K.DMTFGELLSKYystcPK.LVDDL....ME.AGMG.CI..G..CPHSQMESIEE
  68 m..PPPKLD.DpDLPLDVLMTTW....PE.TVRVF....MD.HDML.CV..G..CMVSPFHSVSE
  69 ...--M-IT.R.DMIIADIIRKY....PE.TLPVF....KK.HRLE.CY..E..CQISDLETLEH
  70 ...--MSID.R.TLVVEDVMSRW....PA.TIRVF....LD.FKLA.CV..G..CPIATFHTIED
  71 ...--M-LT.G.AEKITDVVEKY....PQ.SVEVF....QK.YGMH.CF..G..CMAARFENVEQ
  72 isaVRQTLH.D.DMTMDAIMREW....PA.TIRVV....LD.HGLL.CV..G..CPIAPFHTIID
  73 maqATAKIT.K.DMTFLEMLRTY....PE.TAKVL....KK.YNLA.CA..G..CMGAQSEPIDL
  74 ...--MHLD.P.DMTLEEIMRAW....PP.AISVI....LR.HHML.CV..G..CPITAFHTVND
  75 nsaSPCEID.A.ATLVDDLMRQR....PQ.TIGVF....LR.RRLY.CV..G..CPVGHFHTIEE
  76 ...--M-IT.K.DMIIGDIIRKH....PR.TLTVF....VK.YGLD.CN..E..CQIADYEELEH
  77 ...--M-IT.K.TMRIGDIIRTY....PQ.SLKIF....EK.YGLD.CY..E..CQVADYEELEH
  78 ...------.-.-------MRRK....PE.TIRVF....LA.FQMR.CV..G..CPIACFHNVAD
  79 ...MRPDLD.DpDLPLSRLFDRW....PA.TAAVF....LT.RRML.CP..G..CPIAPFHTVVE
  80 ...MKPDPD.DpDLPLARLLQTW....PA.SAGVF....LE.RRML.CP..G..CPIAPFHTVIE
  81 m..--ARVT.K.EMTMGELLQTYyeqcPE.IVDVL....TG.LGMH.CI..G..CPSSIGESLAD
  82 ...MKPDPD.DpDLPLARLFQTW....PA.SAGVF....LE.RRML.CP..G..CPIAPFHTVIE
  83 ...--MALT.A.DSTIAELLREK....PE.SAQVL....FR.FGMG.CL..G..CAIANNETIRE
  84 ...--MALS.K.DSTILEVLQEK....PD.AGAIF....AR.FGMG.CV..G..CAISRGETVAE
  85 me.KEVLIT.K.KMSTGEVTKKY....PA.TKEVF....AKyFGKG.CF..D..CPSFGTEDINL
  86 m..--ADLT.A.DSTIYDLLQAK....PE.ATEAL....FK.FGMG.CV..G..CAIARGETIRE
  87 ...ME-KVT.K.DMNIMEAVEKY....PI.IAQVL....MR.YGLG.CV..G..CIISSAETLGE
  88 m..--PEIDlS.TVTVGEWLRRW....PE.TVRVF....LN.YKMN.CP..A..CPIAPFMTIDE
  89 m..--AKIS.K.DMLINDILAVD....AG.NAAIL....MA.AGMH.CI..G..CLAAAGETLEE
  90 tevVKPRFY.K.EMTVGEAMAVH....PE.AGLVF....SS.YHLGgCS..H..CSINELETIEQ
  91 tevVKPRFY.K.EMTVGEAMAVH....PE.AGLVF....SS.YHLGgCS..H..CSINELETIEQ
  92 mpeTKPKIT.K.KTSIGDVIQNY....PE.TESVV....KKyFGAG.CY..T..CPGSKTEDIAF
  93 m..--AKIS.K.DMLINDILAID....AG.NAAIL....MA.AGMH.CI..G..CLAAAGESLEE
  94 ...--M-VT.G.DMNIMEAVEKY....PV.IVEVL....QR.NGLG.CV..G..CMIASGETLAE
  95 ...--M-VT.G.DMNIMEAVEKY....PI.IVEVL....QR.NGLG.CV..G..CMIASGETLAE
  96 ...--M-VT.G.DMNIMEAVEKY....PV.IVEVL....QR.NGLG.CV..G..CMIASGETLAE
  97 ...------.-.-MTISEILRRY....PE.TLPVF....ER.HHLD.CY..D..CQLADFEQLEH
  98 mp.RRPRFD.DpDLPLSTLFGEW....PD.MVEVF....LA.KQML.CP..G..CPVAPFHAITD
  99 tesTKPRFF.K.EMTVGEAIAIH....PE.AGLVF....SS.YHLGgCS..H..CSINEVETIEQ
 100 ...--MAIT.L.DSTIADLLREK....PE.SAATL....QS.FGMG.CL..G..CAIANNETIRE
 101 ievFKMKFT.L.EMKLKDIMAAN....PK.TVEAM....QE.LGLH.CL..G..CPFSVNETLLN
 102 m..KKHIIN.G.EMKIWDVIQDY....PE.TYGIF....RQ.FGYP.DIrkGdtAVTSHFMKLRT
 103 ...--MKFT.L.EMKLKDIMAAN....PK.TVEAM....QE.LGLH.CL..G..CPFSVNETLLN
 104 ...--MKLD.S.KMTVGELVTRH....PS.VMEVF....IK.RRMP.CV..G..CPTERFHTIED
 105 mg.ENKVIT.K.DMIINDVIQKY....SK.TIGIF....KD.FGVD.--..S..CCGGGF-SIEK
 106 pkkAATEIS.R.SMTIEDILGMF....PY.KAQKLsqeiTN.AGLH.CV..G..CHAAVWETLEA
 107 ...MSM-FD.K.TTKMAAVLKGH....PK.AKEVL....ES.FGLQ.CS..T..CSGAKHESIEL
 108 m..--PVIT.K.EMSIIEVVQKY....PE.TVEVF....RK.YGMG.CF..G..-----------


         50           60         
         |            |         
   1 GANAHG.LN..VEDILRDLNAL....A
   2 AAMVHG.MD..IEKLLEALNKA....I
   3 AAMVHG.MD..IEKLLEALNKA....I
   4 AAMVHG.AD..ADKLLEELNKVfene-
   5 ACMVHG.VD..VDALLAELNKMtag.A
   6 ACMVHG.ID..VDELVAKLNAFeeak-
   7 ACSVHG.MD..VNELVEALNKEak..-
   8 GARAHG.IN..IDELIADLNKVvaeq-
   9 ACAVHG.ID..ADKLVKELNEYfekk-
  10 AAGIHG.ID..LEELLSELNKV....-
  11 ACSVHG.ID..VEELLNKLNA-....-
  12 ACEVHG.QD..VEDILAKLNK-....-
  13 ACEVHG.VN..CDELLEKLNTHlaak-
  14 GANAHG.ID..VNALLKDLNDAv...A
  15 GALAHG.ID..VDGLIADLNKVank.A
  16 AAAVHG.ID..AEALLEKLNA-....-
  17 AAAVHG.IN..IEQLLEKLNA-....-
  18 GAMLHG.LD..VQELLEELNKVvq..-
  19 ACAIHG.ID..ADQLIDNLNKYlenk-
  20 AAYVHG.MD..LDELLGRLNEYaqtk-
  21 ACALHG.ID..AQKLVDELNEYlksk-
  22 GANAHG.IN..VDDLVDDLNEN....I
  23 AALTHG.KK..PDELVEKLNKViaan-
  24 GCSAHG.LD..VNEVLKDLNAIgq..-
  25 GAMAHG.IN..VDELMKELNDAike.-
  26 AALTHG.KK..PDELVEKLNKViaan-
  27 AAMVHG.ID..CGLLVEKINAAaka.M
  28 GANAHG.VD..VDALLKDLNAAidnd-
  29 ACAVHG.LN..VEELIKKLNK-....-
  30 AAIVHG.IN..LDDLIEAINNIe...Y
  31 AAMVHG.MD..ADVLVQQINDFlge.-
  32 AAMVHG.IN..LDELIEALNK-....-
  33 GARAHG.ID..VDKLIEELNKVvgkd-
  34 AANVHG.LN..LDDLLKALN--....-
  35 GARMHG.LD..LDQLLKDLNEAiknr-
  36 ACMHHG.LN..ADELETQINDAlag.I
  37 ACDVHG.VD..ADELVKKLNEAvgn.-
  38 GCAAHG.IS..VDEIVADINKLf...-
  39 ATMVHG.LN..LDLLLDVLNENnts.V
  40 GALAHG.ID..VDAMLKALNDLikk.-
  41 ACREHG.VD..ADTFLSALCACt...-
  42 ACIVHG.LD..ADVLAKKLNDFvvs.V
  43 AGNVHG.ID..VDKLVDDLNKFfeek-
  44 AATVHG.LN..LDDLLEALNR-....-
  45 ACREHG.ID..RDKFLAALCDCvp..A
  46 ACLVHN.VD..PDELVEKLNEHlagk-
  47 AAMVHG.ME..LDALLEALNK-....-
  48 AAMVHG.ID..AELLVEKINAFln..A
  49 GANAHG.LN..VEDILRDLNAL....A
  50 AVKVHG.IN..LEELLEQLNK-....-
  51 GCGAHG.LN..VDDVVRDLNALf...-
  52 AAMVHG.ID..ADLLVEKINAAraak-
  53 AAFVHG.MN..VNELLGRLNEYmetk-
  54 AAMVHG.ID..ADEIIKSLNYSkeen-
  55 ACMVHG.IE..VDELLKNINEYfank-
  56 ACREHG.VD..RDSFVAALEATiag.-
  57 ACAEYH.LD..EEVFRAALAEAvea.A
  58 AAMVHG.ID..PNTIVAALNEDhkee-
  59 GASVHK.VD..IGRLMEDLNRIin..A
  60 ACEVHG.AD..CARLLEQLNGTa...L
  61 AGNVHG.ID..VSLLIADLNKHfesn-
  62 ASLVHG.ID..LDRLIKALSEDkn..-
  63 ACREHD.VD..RDVFLVALRDAmadq-
  64 ACAEYD.LD..EGEFLAELKMAigm.A
  65 ACLVHG.LD..VEEILKQLNQ-....-
  66 GAGHHK.LD..IEALLEELNRTvitp-
  67 GAMGHG.ID..PDLLVAKLNATleas-
  68 ACAEYH.LD..EVVFRAALADAvea.A
  69 GAEVHR.VG..IDGLLEELNRSi...A
  70 SCHEHG.IA..EAPFLAALRKAvaks-
  71 GAMAHG.ID..VPSLIKDLNKAignq-
  72 AAREHD.LD..PASLARDLKRAvaee-
  73 GAINHG.LD..PEQLLADLNAAvk..-
  74 ACREHM.ID..EGAFLEELRAAiaa.V
  75 AAREHG.LE..PKALLAELRFIpclp-
  76 GAGVHK.VN..IEQLLSELNEHigsg-
  77 GAGVHK.TD..LEKLLKELNELiqs.-
  78 ACREHG.VD..PDLFLSALSAAt...-
  79 ACAEYG.LD..EDEFRRALRLLag..I
  80 ACAEYG.LD..EGEVRRALRLVvmp.-
  81 AAYVHG.ID..SDLLVEKLNATinak-
  82 ACAEYG.LD..EGEVRRALRLVvmp.-
  83 AAQAHG.IP..LEEMLSALGVAe...A
  84 AAAAHG.IP..LEELMSALGIS....A
  85 ACMMHN.TD..VDKFVQELNEAayke-
  86 AAEAHG.IP..LAELLNALGIKe...-
  87 GIAVHG.LN..PDIIIEEVNMIlekq-
  88 AASEYR.VD..ANLLKRDLMQMlker-
  89 AAAVHG.LD..AAELEVEINDYlakk-
  90 VCMGYG.VE..VDVLVESLNNLleds-
  91 VCMGYG.VE..VDVLIESLNNLleds-
  92 GATMHN.VD..PEVIIKELNEIiekh-
  93 AAAVHG.LD..AVELEQEINDYlakk-
  94 GIEAHG.LD..TKAILAEINSLike.-
  95 GIEAHG.LD..AKAILDEINSLike.-
  96 GIEAHG.LD..TKAILDEINSLike.-
  97 GATVHK.ID..VESLLCELNCNikk.-
  98 ACEEYE.LD..EEVFRAELRRAarlp-
  99 VCMGYG.VE..VDTLIDSLNNLfaee-
 100 AAMVHG.IP..LEELAKKLGL-....-
 101 AAQMHK.LD..PEKLLEAVNSVeqge-
 102 AAHAYH.ID..LDKLLEALNDAiagh-
 103 AAQMHK.LD..PEKLLEAVNSVeqge-
 104 IARING.IV..LEHLLKDLLDAigvg-
 105 TAAMSG.GD..MEKLLEKLNKAide.-
 106 GMMTHGkTDaqIDELVRRLNALlqep-
 107 GATNHG.LD..VNELLTHLNALfdep-
 108 ------.--..-----------....-