# TARGET T0469 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0469.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 20.9914 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.115 0.023 0.013 0.024 0.032 0.082 0.022 0.689 2 T 0.069 0.011 0.016 0.018 0.032 0.094 0.097 0.665 3 Q 0.014 0.006 0.035 0.058 0.062 0.124 0.046 0.655 4 K 0.020 0.011 0.047 0.038 0.066 0.123 0.034 0.661 5 F 0.061 0.018 0.024 0.029 0.018 0.104 0.022 0.725 6 T 0.360 0.070 0.027 0.010 0.015 0.069 0.196 0.252 7 K 0.040 0.088 0.063 0.011 0.012 0.098 0.166 0.522 8 D 0.024 0.129 0.022 0.007 0.015 0.072 0.085 0.646 9 M 0.008 0.548 0.057 0.045 0.030 0.041 0.095 0.176 10 T 0.016 0.885 0.008 0.007 0.013 0.006 0.026 0.040 11 F 0.019 0.906 0.004 0.006 0.005 0.005 0.036 0.019 12 A 0.037 0.784 0.019 0.009 0.012 0.008 0.095 0.035 13 Q 0.076 0.167 0.028 0.019 0.023 0.024 0.584 0.079 14 A 0.110 0.262 0.058 0.025 0.022 0.064 0.220 0.240 15 L 0.235 0.023 0.045 0.010 0.015 0.097 0.148 0.427 16 Q 0.013 0.020 0.027 0.009 0.007 0.152 0.027 0.746 17 T 0.017 0.023 0.022 0.002 0.004 0.125 0.014 0.793 18 H 0.290 0.255 0.007 0.004 0.002 0.058 0.074 0.310 19 P 0.070 0.132 0.012 0.002 0.002 0.081 0.077 0.624 20 G 0.018 0.320 0.020 0.004 0.007 0.068 0.063 0.501 21 V 0.034 0.699 0.015 0.004 0.008 0.030 0.039 0.171 22 A 0.015 0.756 0.020 0.012 0.015 0.021 0.043 0.118 23 G 0.023 0.519 0.032 0.021 0.029 0.018 0.302 0.056 24 V 0.031 0.414 0.065 0.041 0.054 0.031 0.210 0.155 25 L 0.128 0.093 0.209 0.049 0.046 0.044 0.318 0.114 26 R 0.193 0.092 0.036 0.035 0.029 0.073 0.101 0.442 27 S 0.068 0.015 0.026 0.007 0.013 0.114 0.050 0.706 28 Y 0.085 0.036 0.039 0.018 0.020 0.111 0.047 0.645 29 N 0.079 0.023 0.024 0.011 0.018 0.120 0.044 0.682 30 L 0.013 0.008 0.041 0.016 0.016 0.126 0.031 0.750 31 G 0.044 0.038 0.098 0.052 0.072 0.112 0.101 0.482 32 C 0.046 0.016 0.087 0.024 0.032 0.101 0.052 0.642 33 I 0.024 0.019 0.144 0.035 0.049 0.097 0.058 0.573 34 G 0.061 0.043 0.078 0.030 0.052 0.106 0.067 0.563 35 C 0.150 0.068 0.087 0.023 0.036 0.101 0.062 0.473 36 M 0.143 0.078 0.041 0.021 0.030 0.109 0.127 0.450 37 G 0.153 0.113 0.021 0.011 0.017 0.107 0.062 0.516 38 A 0.131 0.099 0.032 0.008 0.019 0.099 0.247 0.366 39 Q 0.015 0.327 0.011 0.014 0.013 0.093 0.058 0.467 40 N 0.057 0.657 0.005 0.005 0.010 0.040 0.057 0.168 41 E 0.008 0.695 0.011 0.019 0.009 0.027 0.133 0.098 42 S 0.016 0.875 0.004 0.002 0.005 0.006 0.062 0.029 43 L 0.012 0.960 0.001 0.001 0.001 0.002 0.016 0.007 44 E 0.011 0.746 0.008 0.005 0.005 0.011 0.171 0.045 45 Q 0.012 0.809 0.004 0.005 0.005 0.013 0.081 0.072 46 G 0.052 0.650 0.032 0.006 0.008 0.020 0.175 0.058 47 A 0.096 0.139 0.112 0.033 0.010 0.067 0.311 0.232 48 N 0.457 0.054 0.017 0.003 0.004 0.044 0.037 0.385 49 A 0.053 0.012 0.146 0.002 0.003 0.077 0.122 0.585 50 H 0.008 0.007 0.158 0.003 0.003 0.072 0.035 0.713 51 G 0.005 0.015 0.039 0.003 0.004 0.093 0.011 0.831 52 L 0.002 0.015 0.144 0.003 0.002 0.057 0.005 0.772 53 N 0.071 0.823 0.006 0.001 0.001 0.009 0.053 0.036 54 V 0.073 0.878 0.005 0.001 0.001 0.003 0.028 0.013 55 E 0.026 0.627 0.028 0.001 0.001 0.012 0.228 0.078 56 D 0.023 0.654 0.033 0.001 0.002 0.021 0.169 0.097 57 I 0.011 0.838 0.020 0.001 0.001 0.014 0.069 0.046 58 L 0.021 0.638 0.010 0.004 0.001 0.017 0.277 0.032 59 R 0.023 0.828 0.002 0.001 0.001 0.010 0.035 0.101 60 D 0.090 0.509 0.016 0.001 0.002 0.031 0.078 0.272 61 L 0.212 0.341 0.018 0.004 0.002 0.048 0.140 0.235 62 N 0.213 0.103 0.014 0.002 0.003 0.058 0.097 0.511 63 A 0.038 0.030 0.013 0.002 0.002 0.076 0.027 0.813 64 L 0.079 0.046 0.034 0.005 0.008 0.108 0.072 0.649 65 A 0.082 0.022 0.039 0.007 0.007 0.112 0.046 0.686